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万見
- PDB-9f4b: Pre-assembled baseplate cup of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f4b
タイトルPre-assembled baseplate cup of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
要素
  • (Baseplate wedge ...) x 7
  • Baseplate central spike protein
  • Baseplate hub subunit tail length determinator
  • Baseplate subunit
  • Baseplate tail tube cap
  • Gp12 short tail fibers
  • IraD/Gp25-like domain-containing protein
  • Phospholipase
  • Putative baseplate hub subunit
  • Tail tube protein
キーワードVIRUS / Baseplate cup / baseplate wedge / fibers
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism ...symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Baseplate tail-tube protein gp48, T4-like virus / Tail-tube assembly protein / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain ...Baseplate tail-tube protein gp48, T4-like virus / Tail-tube assembly protein / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain / Baseplate wedge protein gp7, domain VI / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, C-terminal / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, N-terminal / Gp27, baseplate hub, domain 3 / Gp27, baseplate hub, domain 4 / Gp27, baseplate hub, domain 2 / Baseplate structural protein, domain 2 / Baseplate structural protein, domain 1 / Baseplate structural protein Gp11 / Bacteriophage T4, Gp11, C-terminal finger domain / Baseplate structural protein Gp11, N-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp11 superfamily / Baseplate structural protein Gp11, C-terminal domain / GP11 baseplate wedge protein / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp6 / : / : / : / : / : / : / Baseplate wedge protein gp6-like, helical domain / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain I / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain II / Baseplate wedge protein gp6, domain II / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain III / Baseplate wedge protein gp10 domain 3 / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / : / Baseplate structural protein Gp10, C-terminal domain / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal / : / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / PAAR motif / PAAR motif / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IraD/Gp25-like domain-containing protein / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge tail fiber connector / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge subunit and tail pin / Tail tube protein / Baseplate wedge protein gp7 / Phospholipase ...: / IraD/Gp25-like domain-containing protein / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge tail fiber connector / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge subunit and tail pin / Tail tube protein / Baseplate wedge protein gp7 / Phospholipase / Baseplate hub subunit tail length determinator / Baseplate tail tube cap / Baseplate wedge subunit / Baseplate subunit / Gp12 short tail fibers / Putative baseplate hub subunit / Baseplate central spike protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella phage KP1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Orlova, E.V. / Isupov, M.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Baseplate cup of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
著者: Orlova, E.V. / Isupov, M.N.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AT: Baseplate wedge protein gp6
AV: Baseplate wedge protein gp6
AX: Baseplate wedge protein gp6
AS: Baseplate wedge protein gp6
AU: Baseplate wedge protein gp6
AW: Baseplate wedge protein gp6
AN: Baseplate wedge protein gp6
AP: Baseplate wedge protein gp6
AR: Baseplate wedge protein gp6
AM: Baseplate wedge protein gp6
AO: Baseplate wedge protein gp6
AQ: Baseplate wedge protein gp6
BL: Baseplate tail tube cap
BN: Baseplate tail tube cap
BP: Baseplate tail tube cap
BK: Baseplate tail tube cap
BM: Baseplate tail tube cap
BO: Baseplate tail tube cap
BQ: Baseplate subunit
BR: Baseplate subunit
BS: Baseplate subunit
BT: Baseplate subunit
BU: Baseplate subunit
BV: Baseplate subunit
AH: Baseplate wedge subunit
AJ: Baseplate wedge subunit
AL: Baseplate wedge subunit
AG: Baseplate wedge subunit
AI: Baseplate wedge subunit
AK: Baseplate wedge subunit
BB: Baseplate central spike protein
BC: Baseplate central spike protein
BD: Baseplate central spike protein
BA: Phospholipase
AY: Baseplate wedge protein gp7
A2: Baseplate wedge protein gp7
AZ: Baseplate wedge protein gp7
A0: Baseplate wedge protein gp7
A1: Baseplate wedge protein gp7
A3: Baseplate wedge protein gp7
Ad: Baseplate wedge subunit
Ac: Baseplate wedge subunit
Ab: Baseplate wedge subunit
Aa: Baseplate wedge subunit
Ae: Baseplate wedge subunit
Af: Baseplate wedge subunit
A4: Baseplate wedge subunit
A5: Baseplate wedge subunit
A6: Baseplate wedge subunit
A7: Baseplate wedge subunit
A8: Baseplate wedge subunit
A9: Baseplate wedge subunit
LA: Baseplate wedge tail fiber connector
LB: Baseplate wedge tail fiber connector
LC: Baseplate wedge tail fiber connector
LD: Baseplate wedge tail fiber connector
LE: Baseplate wedge tail fiber connector
LF: Baseplate wedge tail fiber connector
LG: Baseplate wedge tail fiber connector
LH: Baseplate wedge tail fiber connector
LI: Baseplate wedge tail fiber connector
LJ: Baseplate wedge tail fiber connector
LK: Baseplate wedge tail fiber connector
LL: Baseplate wedge tail fiber connector
LM: Baseplate wedge tail fiber connector
LN: Baseplate wedge tail fiber connector
LO: Baseplate wedge tail fiber connector
LP: Baseplate wedge tail fiber connector
LQ: Baseplate wedge tail fiber connector
LR: Baseplate wedge tail fiber connector
FA: Baseplate wedge protein gp10
FB: Baseplate wedge protein gp10
FC: Baseplate wedge protein gp10
FJ: Baseplate wedge protein gp10
FK: Baseplate wedge protein gp10
FL: Baseplate wedge protein gp10
FS: Baseplate wedge protein gp10
FT: Baseplate wedge protein gp10
FU: Baseplate wedge protein gp10
Fb: Baseplate wedge protein gp10
Fc: Baseplate wedge protein gp10
Fd: Baseplate wedge protein gp10
Fk: Baseplate wedge protein gp10
Fl: Baseplate wedge protein gp10
Fm: Baseplate wedge protein gp10
Ft: Baseplate wedge protein gp10
Fu: Baseplate wedge protein gp10
Fv: Baseplate wedge protein gp10
FD: Baseplate wedge subunit and tail pin
FE: Baseplate wedge subunit and tail pin
FF: Baseplate wedge subunit and tail pin
FM: Baseplate wedge subunit and tail pin
FN: Baseplate wedge subunit and tail pin
FO: Baseplate wedge subunit and tail pin
FV: Baseplate wedge subunit and tail pin
FW: Baseplate wedge subunit and tail pin
FX: Baseplate wedge subunit and tail pin
Fe: Baseplate wedge subunit and tail pin
Ff: Baseplate wedge subunit and tail pin
Fg: Baseplate wedge subunit and tail pin
Fn: Baseplate wedge subunit and tail pin
Fo: Baseplate wedge subunit and tail pin
Fp: Baseplate wedge subunit and tail pin
Fw: Baseplate wedge subunit and tail pin
Fx: Baseplate wedge subunit and tail pin
Fy: Baseplate wedge subunit and tail pin
FG: Gp12 short tail fibers
FI: Gp12 short tail fibers
FH: Gp12 short tail fibers
FP: Gp12 short tail fibers
FR: Gp12 short tail fibers
FQ: Gp12 short tail fibers
FY: Gp12 short tail fibers
Fa: Gp12 short tail fibers
FZ: Gp12 short tail fibers
Fh: Gp12 short tail fibers
Fj: Gp12 short tail fibers
Fi: Gp12 short tail fibers
Fq: Gp12 short tail fibers
Fs: Gp12 short tail fibers
Fr: Gp12 short tail fibers
Fz: Gp12 short tail fibers
F2: Gp12 short tail fibers
F1: Gp12 short tail fibers
BW: Tail tube protein
BX: Tail tube protein
BY: Tail tube protein
BZ: Tail tube protein
B1: Tail tube protein
B2: Tail tube protein
B3: Tail tube protein
B4: Tail tube protein
B5: Tail tube protein
B6: Tail tube protein
B7: Tail tube protein
B8: Tail tube protein
AA: IraD/Gp25-like domain-containing protein
AB: IraD/Gp25-like domain-containing protein
AC: IraD/Gp25-like domain-containing protein
AD: IraD/Gp25-like domain-containing protein
AE: IraD/Gp25-like domain-containing protein
AF: IraD/Gp25-like domain-containing protein
BE: Putative baseplate hub subunit
BF: Putative baseplate hub subunit
BG: Putative baseplate hub subunit
BH: Baseplate hub subunit tail length determinator
BI: Baseplate hub subunit tail length determinator
BJ: Baseplate hub subunit tail length determinator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,577,152161
ポリマ－6,576,490148
非ポリマー66213
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Baseplate wedge ... , 7種, 90分子 ATAVAXASAUAWANAPARAMAOAQAHAJALAGAIAKAYA2AZA0A1A3AdAcAbAaAeAf...

#1: タンパク質
Baseplate wedge protein gp6


分子量: 73689.242 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5R4
#4: タンパク質
Baseplate wedge subunit


分子量: 24693.420 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5R5
#7: タンパク質
Baseplate wedge protein gp7


分子量: 119645.719 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5T9
#8: タンパク質
Baseplate wedge subunit


分子量: 38704.387 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2Z4QAY9
#9: タンパク質
Baseplate wedge tail fiber connector


分子量: 32380.195 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5S1
#10: タンパク質
Baseplate wedge protein gp10


分子量: 66712.070 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5S8
#11: タンパク質
Baseplate wedge subunit and tail pin


分子量: 24534.469 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5T5

-
タンパク質 , 9種, 58分子 BLBNBPBKBMBOBQBRBSBTBUBVBBBCBDBAFGFIFHFPFRFQFYFaFZFhFjFiFqFs...

#2: タンパク質
Baseplate tail tube cap


分子量: 38263.664 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V618
#3: タンパク質
Baseplate subunit


分子量: 33716.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A7I8V4E3
#5: タンパク質 Baseplate central spike protein / Peptidoglycan hydrolase


分子量: 63317.457 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A976LXP5, lysozyme
#6: タンパク質 Phospholipase


分子量: 10096.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5W6
#12: タンパク質
Gp12 short tail fibers


分子量: 48092.477 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A7R8MRX7
#13: タンパク質
Tail tube protein


分子量: 18633.738 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5T6
#14: タンパク質
IraD/Gp25-like domain-containing protein


分子量: 15382.360 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0K1Y5J2
#15: タンパク質 Putative baseplate hub subunit


分子量: 43526.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A7T3TJP2
#16: タンパク質 Baseplate hub subunit tail length determinator


分子量: 64127.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5Z4

-
非ポリマー , 3種, 13分子

#17: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#18: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: vB_Kpn_Lilla1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: vB_Kpn_Lilla1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Klebsiella
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100mM NaCl, 8mM MgSO4, 50mM Tris-HCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 92 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
詳細: Alignment procedure: EPU Autocoma and Autosrigmate Residual tilt (if alignment procedure is coma free, mrad): 68 Software used to collect images EPU 2.4, Tomo 5.13 Film/CCD/Direct electron ...詳細: Alignment procedure: EPU Autocoma and Autosrigmate Residual tilt (if alignment procedure is coma free, mrad): 68 Software used to collect images EPU 2.4, Tomo 5.13 Film/CCD/Direct electron detector model*: post GIF K3
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 83505 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: OTHER
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 93.6 K / 最低温度: 78.7 K / Residual tilt: 68 mradians
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 4092 / 縦: 5760

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.3粒子像選択
2EPU2.4画像取得
3cryoSPARC4.3画像取得
5cryoSPARC4.3CTF補正
8MOLREPモデルフィッティング
10cryoSPARC4.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.3最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.3分類
13cryoSPARC4.3３次元再構成
14REFMACモデル精密化
15ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 34529
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34528 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 98 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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