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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9f43 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of human LST2 bound to human mTOR complex 1, focused on RAPTOR | |||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / MTOR / MTORC1 / LST2 / ZFYVE28 / EGFR / TOS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / positive regulation of pentose-phosphate shunt / TORC1 complex / TORC1 signaling / positive regulation of odontoblast differentiation / cellular response to L-leucine / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / phosphatidylinositol-3-phosphate binding ...negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / positive regulation of pentose-phosphate shunt / TORC1 complex / TORC1 signaling / positive regulation of odontoblast differentiation / cellular response to L-leucine / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of osteoclast differentiation / cellular response to osmotic stress / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / regulation of cell size / Macroautophagy / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein kinase activator activity / mTORC1-mediated signalling / social behavior / HSF1-dependent transactivation / positive regulation of TOR signaling / TOR signaling / cellular response to nutrient levels / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of lipid biosynthetic process / 14-3-3 protein binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to starvation / positive regulation of glycolytic process / negative regulation of autophagy / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of autophagy / Regulation of PTEN gene transcription / regulation of cell growth / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to glucose stimulus / cellular response to amino acid stimulus / small GTPase binding / cytoplasmic stress granule / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / protein-macromolecule adaptor activity / early endosome membrane / cellular response to hypoxia / positive regulation of cell growth / lysosome / response to xenobiotic stimulus / lysosomal membrane / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein-containing complex binding / protein kinase binding / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | |||||||||
![]() | Craigie, L.M. / Maier, T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: mTORC1 phosphorylates and stabilizes LST2 to negatively regulate EGFR 著者: Battaglioni, S. / Craigie, L.M. / Filippini, S. / Maier, T. / Hall, M.N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 248.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 50182 ![]() 50181 ![]() 50183 ![]() 50184 ![]() 50253 ![]() 50254 ![]() 50255 ![]() 9f42C ![]() 9f44C ![]() 9f45C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 152764.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8N122 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 96604.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HCC9 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: mTORC1 in complex with LST2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4719 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1057805 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 545524 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7PEB Accession code: 7PEB / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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