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- PDB-9f2f: Carbonic anhydrase II variant with bound iron complex in space gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f2f
タイトルCarbonic anhydrase II variant with bound iron complex in space group R3 (ArPase)
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / artificial enzyme / metalloenzyme / peroxidase / human carbonic anhydrase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Ward, T.R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号
Swiss National Science Foundation180544 スイス
引用ジャーナル: Acs Catalysis / : 2024
タイトル: Directed Evolution of an Artificial Hydroxylase Based on a Thermostable Human Carbonic Anhydrase Protein
著者: Morita, I. / Faraone, A. / Salvisberg, E. / Zhang, K. / Jakob, R.P. / Maier, T. / Ward, T.R.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
C: Carbonic anhydrase 2
D: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,29233
ポリマ-117,1364
非ポリマー4,15629
29,4001632
1
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3098
ポリマ-29,2841
非ポリマー1,0257
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3719
ポリマ-29,2841
非ポリマー1,0878
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3659
ポリマ-29,2841
非ポリマー1,0818
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2477
ポリマ-29,2841
非ポリマー9636
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)179.167, 179.167, 109.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2


分子量: 29283.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物
ChemComp-A1H9O / 4,4,7,10,10-pentamethyl-3,6,8,11-tetrakis(oxidanylidene)-N-[2-(4-sulfamoylphenyl)ethyl]-2,5,7,9,12-pentazabicyclo[11.4.0]heptadeca-1(13),14,16-triene-15-carboxamide containing iron


分子量: 639.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C26H29FeN7O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1632 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M MOPS pH 7.5, 12% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→44.792 Å / Num. obs: 202072 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 2.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 20121 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.66 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12rc1_2801: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.52→44.792 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 17.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.167 10204 5.06 %
Rwork0.1465 --
obs0.1476 201826 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→44.792 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8264 0 226 1640 10130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0168919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48312184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4125231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.53730.28232870.24116332X-RAY DIFFRACTION100
1.5373-1.55540.2643690.22536344X-RAY DIFFRACTION99
1.5554-1.57430.23523200.21266389X-RAY DIFFRACTION100
1.5743-1.59430.22913890.21276329X-RAY DIFFRACTION100
1.5943-1.61520.28962450.22376590X-RAY DIFFRACTION100
1.6152-1.63740.2073400.17886370X-RAY DIFFRACTION100
1.6374-1.66080.2172920.18916315X-RAY DIFFRACTION100
1.6608-1.68560.23444000.18466415X-RAY DIFFRACTION100
1.6856-1.71190.19083480.17216338X-RAY DIFFRACTION100
1.7119-1.740.16993120.16416440X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.770.20112820.15926529X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.80210.17163190.15176309X-RAY DIFFRACTION100
1.8021-1.83680.20622950.15136450X-RAY DIFFRACTION100
1.8368-1.87430.17333360.14696341X-RAY DIFFRACTION100
1.8743-1.91510.16423670.15236352X-RAY DIFFRACTION100
1.9151-1.95960.17724080.14996398X-RAY DIFFRACTION100
1.9596-2.00860.16422440.15576437X-RAY DIFFRACTION100
2.0086-2.06290.18324240.15256289X-RAY DIFFRACTION100
2.0629-2.12360.18182780.14946513X-RAY DIFFRACTION100
2.1236-2.19220.16984480.14746314X-RAY DIFFRACTION100
2.1922-2.27050.16483200.14176387X-RAY DIFFRACTION100
2.2705-2.36140.18283800.14696375X-RAY DIFFRACTION100
2.3614-2.46890.15323920.1456322X-RAY DIFFRACTION100
2.4689-2.5990.18692920.14736487X-RAY DIFFRACTION100
2.599-2.76190.16114090.14126312X-RAY DIFFRACTION100
2.7619-2.97510.19014440.14366299X-RAY DIFFRACTION100
2.9751-3.27440.16782370.14036413X-RAY DIFFRACTION100
3.2744-3.7480.14982600.13776533X-RAY DIFFRACTION100
3.748-4.72120.11773840.11166357X-RAY DIFFRACTION100
4.7212-44.7920.1483830.13866343X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64890.14590.26081.27950.08551.60060.0758-0.01320.0690.0298-0.0322-0.16140.04160.1591-0.04770.0954-0.0120.00180.1181-0.00110.118250.48321.715-1.8025
21.20180.49280.36541.3090.40031.02850.2357-0.55050.26190.5237-0.20480.20270.0905-0.5102-0.05330.4459-0.14070.03840.3612-0.0350.156636.6368-2.103121.8176
31.5030.4841-0.46491.47120.08421.41230.2453-0.03110.07060.1629-0.09670.26510.0252-0.2868-0.1230.2088-0.0638-0.00690.20610.01730.19633.5622-14.3663-1.6728
40.87460.33460.55441.46560.49911.04770.1267-0.2545-0.07630.2147-0.11420.04850.1969-0.1659-0.02140.2085-0.0709-0.00420.19220.01410.131239.2311-8.73627.4033
50.99590.63860.09081.37540.45561.07560.1126-0.15320.00680.1366-0.07120.12230.1091-0.1532-0.05070.1771-0.06040.01790.2068-0.00250.143135.8281-5.46575.6787
61.3021.3948-0.06692.1073-2.20367.3497-0.0204-0.0062-0.3494-0.3792-0.0925-0.18081.5278-0.04270.09250.4417-0.0572-0.05690.19790.03010.228639.8704-25.0546-0.123
70.4870.22770.37460.99230.36990.79660.1385-0.1825-0.1430.168-0.13560.03620.2724-0.1047-0.02410.2809-0.1011-0.02110.2070.01370.170635.6376-18.27162.5742
80.76230.19970.22381.07590.31920.96350.1457-0.1881-0.08060.237-0.1225-0.01520.1535-0.0883-0.04490.1922-0.0558-0.01250.20140.0070.140541.959-4.36679.7319
91.94740.3249-0.39222.4127-1.07854.22360.03430.2576-0.2509-0.32830.0448-0.22370.58430.2163-0.09890.3127-0.0024-0.02360.2008-0.03050.240649.619-19.9835-6.14
101.05070.6497-0.21951.3398-0.6120.29250.2019-0.1620.02740.2058-0.0621-0.1747-0.0635-0.0002-0.05190.1792-0.0284-0.04560.19320.00060.14948.8444-2.25748.057
110.84310.14840.2711.4436-0.49751.2101-0.00830.1681-0.0764-0.119-0.0606-0.0767-0.02920.06520.06230.12490.0040.00230.1171-0.00680.094623.6759-56.103214.5007
120.915-0.12140.17750.7122-0.27332.3459-0.10010.08830.2460.2597-0.08030.2111-0.8789-0.38090.21020.48750.0144-0.10350.17950.01940.305720.0098-29.007718.9086
131.1472-0.19280.46050.6999-0.18211.5191-0.0448-0.06910.10660.1275-0.0345-0.0251-0.32320.02380.05480.2417-0.0197-0.02580.1288-0.01050.135225.8955-44.11828.2875
141.25172.52510.35755.08910.60721.14880.0752-0.034-0.24590.6133-0.1815-1.1928-0.22460.36190.04210.3012-0.0878-0.11420.25170.05990.282641.339-47.73935.2257
150.818-0.0770.4950.5702-0.34860.9887-0.0579-0.08740.11580.142-0.0383-0.1547-0.35080.10280.09410.3196-0.0419-0.06250.17870.00640.166933.4623-43.850734.5635
160.8648-0.04620.32090.7318-0.23841.2019-0.07970.02640.12480.0266-0.0101-0.0089-0.34810.09860.07430.2459-0.0211-0.01690.13630.00710.129724.7569-41.764520.4938
171.86340.8179-0.00714.4540.00391.97710.0270.0208-0.2770.1577-0.0821-0.53650.21910.43610.07950.23060.0034-0.05160.26050.03860.242841.999-56.592826.9891
180.9220.41480.22090.77310.87441.0984-0.00220.21010.0145-0.1427-0.07420.1558-0.27010.13930.04250.2066-0.02360.00210.16350.03310.125926.3843-45.683814.4298
191.2640.55680.10721.1187-0.08311.186-0.0687-0.0198-0.1513-0.02930.0983-0.03780.14370.0807-0.01610.11660.0072-0.00750.09680.0090.120860.4277-23.36958.2171
200.97350.3288-0.37791.8017-0.60041.0819-0.18630.00480.1406-0.1840.33450.89780.1178-0.4208-0.11270.2427-0.1119-0.10040.3620.0980.363535.1275-22.687746.9741
210.90570.2811-0.31831.2946-0.49491.0689-0.060.10780.0869-0.19860.12710.2248-0.021-0.1406-0.06030.1711-0.0228-0.0530.15610.040.1751.1511-12.999946.1532
223.65662.14392.87972.710.46073.2955-0.3840.94980.0731-0.54610.4336-0.0518-0.17030.7574-0.03060.3462-0.1216-0.02870.31850.02740.179361.5231-10.518532.3538
230.71710.4409-0.3280.9686-0.36530.9519-0.07310.21330.0654-0.30270.16590.17580.014-0.0514-0.06770.2475-0.0668-0.06430.19480.06450.19755.2506-9.25337.8542
240.97790.2905-0.1771.0693-0.35670.9492-0.04970.08820.0033-0.24790.13390.18640.1392-0.1782-0.07750.1896-0.0344-0.04640.15010.02750.189448.5458-20.416848.5785
253.45780.43511.68972.36370.28213.8958-0.15520.3324-0.0499-0.33630.093-0.4083-0.02550.50190.07590.249-0.04960.03810.26510.02090.225370.0119-16.802439.319
260.5459-0.64640.38410.8126-0.59461.664-0.0731-0.1702-0.1463-0.18040.0930.110.2364-0.1108-0.04180.2011-0.0402-0.01710.1291-0.00240.182652.7519-25.94751.1178
271.3358-0.2118-0.06461.44960.23170.6223-0.0293-0.1414-0.07520.08790.0338-0.08660.1485-0.04310.00810.1326-0.00240.00590.11680.01250.124452.8365-61.416360.3056
280.69760.15160.07612.7638-0.17071.15940.02140.36480.0142-0.66080.0801-0.63550.2840.01550.02490.25840.01090.14580.2664-0.04710.459874.4176-62.811243.1047
291.3330.2008-0.28551.60580.20871.5464-0.08370.26610.1872-0.25120.0737-0.2684-0.1235-0.08220.03760.1729-0.02020.02820.15010.02430.262162.2628-40.953754.1021
300.6774-0.01180.21322.12140.02351.3339-0.00240.13230.1253-0.4351-0.0514-0.3355-0.09880.14040.02280.2265-0.00720.07370.15530.03130.259164.4356-47.457645.784
310.10530.52650.11812.79620.7210.30750.0532-0.1059-0.09250.2960.0178-0.56030.10040.0628-0.02240.1830.0218-0.05280.16630.00050.300769.6307-60.04464.7884
321.11290.2213-0.09222.12330.20580.919-0.0280.0960.0732-0.19310.0141-0.2470.00780.037-0.00320.1548-0.00440.06130.12690.01550.199862.9141-51.731849.138
337.9893-0.4712-1.16031.7746-0.54360.37980.1793-0.86690.93880.17410.0591-0.5122-0.17250.2977-0.09010.1867-0.0146-0.02770.209-0.07750.441468.9054-38.180163.8793
340.65190.03460.02351.18620.32930.582-0.0066-0.01790.1161-0.08760.0047-0.3772-0.08310.10430.01250.171-0.01020.04540.13760.00370.351968.3343-41.708255.8324
350.8085-0.13410.04481.3010.14420.8799-0.01650.0394-0.0174-0.0774-0.0014-0.3730.01360.11320.01460.15320.01220.03530.13590.01680.237565.6061-57.941752.3047
364.01-0.3021-0.69471.8305-0.1951.8270.0108-0.4280.5230.47480.0496-0.0796-0.1774-0.0406-0.02610.24470.0004-0.0140.1976-0.06130.278361.5291-44.187671.3136
371.27220.9607-0.06890.9708-0.44860.649-0.03440.0725-0.18980.0587-0.0593-0.27330.21-0.07650.09720.1560.0316-0.00580.12950.01720.222463.2122-62.439657.6253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 34 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 50 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 51 through 70 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 115 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 116 through 153 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 154 through 165 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 166 through 189 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 190 through 218 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 219 through 237 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 238 through 260 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 2 through 34 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 35 through 50 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 51 through 153 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 154 through 166 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 167 through 189 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 190 through 218 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 219 through 237 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 238 through 260 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 2 through 34 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 35 through 50 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 51 through 153 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 154 through 165 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 166 through 189 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 190 through 218 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 219 through 237 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 238 through 260 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 2 through 34 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 35 through 50 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 51 through 70 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 71 through 97 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 98 through 115 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 116 through 153 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 154 through 166 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 167 through 189 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 190 through 218 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 219 through 237 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 238 through 260 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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