PDB-9f2f: Carbonic anhydrase II variant with bound iron complex in space gr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f2f

タイトル

Carbonic anhydrase II variant with bound iron complex in space group R3 (ArPase)

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / artificial enzyme / metalloenzyme / peroxidase / human carbonic anhydrase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of dipeptide transmembrane transport / : / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Ward, T.R.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Directed Evolution of an Artificial Hydroxylase Based on a Thermostable Human Carbonic Anhydrase Protein
著者: Morita, I. / Faraone, A. / Salvisberg, E. / Zhang, K. / Jakob, R.P. / Maier, T. / Ward, T.R.

履歴

登録	2024年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f2f.cif.gz	471.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f2f.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/9f2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/9f2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f15C 9f2eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.167, 179.167, 109.705
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2 分子量: 29283.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物	ChemComp-A1H9O / 4,4,7,10,10-pentamethyl-3,6,8,11-tetrakis(oxidanylidene)-N-[2-(4-sulfamoylphenyl)ethyl]-2,5,7,9,12-pentazabicyclo[11.4.0]heptadeca-1(13),14,16-triene-15-carboxamide containing iron 分子量: 639.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₉FeN₇O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M MOPS pH 7.5, 12% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→44.792 Å / Num. obs: 202072 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 20.4 % / R_merge(I) obs: 2.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 20121 / CC_1/2: 0.717 / R_pim(I) all: 0.66 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12rc1_2801: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→44.792 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 17.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.167	10204	5.06 %
R_work	0.1465	-	-
obs	0.1476	201826	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→44.792 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8264	0	226	1640	10130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	8919
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.483	12184
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.412	5231
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	1242
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1566

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.5373	0.2823	287	0.2411	6332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5373-1.5554	0.264	369	0.2253	6344	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5554-1.5743	0.2352	320	0.2126	6389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5743-1.5943	0.2291	389	0.2127	6329	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5943-1.6152	0.2896	245	0.2237	6590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6152-1.6374	0.207	340	0.1788	6370	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6374-1.6608	0.217	292	0.1891	6315	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6608-1.6856	0.2344	400	0.1846	6415	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6856-1.7119	0.1908	348	0.1721	6338	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7119-1.74	0.1699	312	0.1641	6440	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.77	0.2011	282	0.1592	6529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8021	0.1716	319	0.1517	6309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8021-1.8368	0.2062	295	0.1513	6450	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8368-1.8743	0.1733	336	0.1469	6341	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8743-1.9151	0.1642	367	0.1523	6352	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9151-1.9596	0.1772	408	0.1499	6398	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9596-2.0086	0.1642	244	0.1557	6437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0086-2.0629	0.1832	424	0.1525	6289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0629-2.1236	0.1818	278	0.1494	6513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1236-2.1922	0.1698	448	0.1474	6314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1922-2.2705	0.1648	320	0.1417	6387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2705-2.3614	0.1828	380	0.1469	6375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3614-2.4689	0.1532	392	0.145	6322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4689-2.599	0.1869	292	0.1473	6487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.599-2.7619	0.1611	409	0.1412	6312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7619-2.9751	0.1901	444	0.1436	6299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9751-3.2744	0.1678	237	0.1403	6413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2744-3.748	0.1498	260	0.1377	6533	X-RAY DIFFRACTION	100
3.748-4.7212	0.1177	384	0.1116	6357	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7212-44.792	0.148	383	0.1386	6343	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6489	0.1459	0.2608	1.2795	0.0855	1.6006	0.0758	-0.0132	0.069	0.0298	-0.0322	-0.1614	0.0416	0.1591	-0.0477	0.0954	-0.012	0.0018	0.1181	-0.0011	0.1182	50.4832	1.715	-1.8025
2	1.2018	0.4928	0.3654	1.309	0.4003	1.0285	0.2357	-0.5505	0.2619	0.5237	-0.2048	0.2027	0.0905	-0.5102	-0.0533	0.4459	-0.1407	0.0384	0.3612	-0.035	0.1566	36.6368	-2.1031	21.8176
3	1.503	0.4841	-0.4649	1.4712	0.0842	1.4123	0.2453	-0.0311	0.0706	0.1629	-0.0967	0.2651	0.0252	-0.2868	-0.123	0.2088	-0.0638	-0.0069	0.2061	0.0173	0.196	33.5622	-14.3663	-1.6728
4	0.8746	0.3346	0.5544	1.4656	0.4991	1.0477	0.1267	-0.2545	-0.0763	0.2147	-0.1142	0.0485	0.1969	-0.1659	-0.0214	0.2085	-0.0709	-0.0042	0.1922	0.0141	0.1312	39.2311	-8.7362	7.4033
5	0.9959	0.6386	0.0908	1.3754	0.4556	1.0756	0.1126	-0.1532	0.0068	0.1366	-0.0712	0.1223	0.1091	-0.1532	-0.0507	0.1771	-0.0604	0.0179	0.2068	-0.0025	0.1431	35.8281	-5.4657	5.6787
6	1.302	1.3948	-0.0669	2.1073	-2.2036	7.3497	-0.0204	-0.0062	-0.3494	-0.3792	-0.0925	-0.1808	1.5278	-0.0427	0.0925	0.4417	-0.0572	-0.0569	0.1979	0.0301	0.2286	39.8704	-25.0546	-0.123
7	0.487	0.2277	0.3746	0.9923	0.3699	0.7966	0.1385	-0.1825	-0.143	0.168	-0.1356	0.0362	0.2724	-0.1047	-0.0241	0.2809	-0.1011	-0.0211	0.207	0.0137	0.1706	35.6376	-18.2716	2.5742
8	0.7623	0.1997	0.2238	1.0759	0.3192	0.9635	0.1457	-0.1881	-0.0806	0.237	-0.1225	-0.0152	0.1535	-0.0883	-0.0449	0.1922	-0.0558	-0.0125	0.2014	0.007	0.1405	41.959	-4.3667	9.7319
9	1.9474	0.3249	-0.3922	2.4127	-1.0785	4.2236	0.0343	0.2576	-0.2509	-0.3283	0.0448	-0.2237	0.5843	0.2163	-0.0989	0.3127	-0.0024	-0.0236	0.2008	-0.0305	0.2406	49.619	-19.9835	-6.14
10	1.0507	0.6497	-0.2195	1.3398	-0.612	0.2925	0.2019	-0.162	0.0274	0.2058	-0.0621	-0.1747	-0.0635	-0.0002	-0.0519	0.1792	-0.0284	-0.0456	0.1932	0.0006	0.149	48.8444	-2.2574	8.057
11	0.8431	0.1484	0.271	1.4436	-0.4975	1.2101	-0.0083	0.1681	-0.0764	-0.119	-0.0606	-0.0767	-0.0292	0.0652	0.0623	0.1249	0.004	0.0023	0.1171	-0.0068	0.0946	23.6759	-56.1032	14.5007
12	0.915	-0.1214	0.1775	0.7122	-0.2733	2.3459	-0.1001	0.0883	0.246	0.2597	-0.0803	0.2111	-0.8789	-0.3809	0.2102	0.4875	0.0144	-0.1035	0.1795	0.0194	0.3057	20.0098	-29.0077	18.9086
13	1.1472	-0.1928	0.4605	0.6999	-0.1821	1.5191	-0.0448	-0.0691	0.1066	0.1275	-0.0345	-0.0251	-0.3232	0.0238	0.0548	0.2417	-0.0197	-0.0258	0.1288	-0.0105	0.1352	25.8955	-44.118	28.2875
14	1.2517	2.5251	0.3575	5.0891	0.6072	1.1488	0.0752	-0.034	-0.2459	0.6133	-0.1815	-1.1928	-0.2246	0.3619	0.0421	0.3012	-0.0878	-0.1142	0.2517	0.0599	0.2826	41.339	-47.739	35.2257
15	0.818	-0.077	0.495	0.5702	-0.3486	0.9887	-0.0579	-0.0874	0.1158	0.142	-0.0383	-0.1547	-0.3508	0.1028	0.0941	0.3196	-0.0419	-0.0625	0.1787	0.0064	0.1669	33.4623	-43.8507	34.5635
16	0.8648	-0.0462	0.3209	0.7318	-0.2384	1.2019	-0.0797	0.0264	0.1248	0.0266	-0.0101	-0.0089	-0.3481	0.0986	0.0743	0.2459	-0.0211	-0.0169	0.1363	0.0071	0.1297	24.7569	-41.7645	20.4938
17	1.8634	0.8179	-0.0071	4.454	0.0039	1.9771	0.027	0.0208	-0.277	0.1577	-0.0821	-0.5365	0.2191	0.4361	0.0795	0.2306	0.0034	-0.0516	0.2605	0.0386	0.2428	41.999	-56.5928	26.9891
18	0.922	0.4148	0.2209	0.7731	0.8744	1.0984	-0.0022	0.2101	0.0145	-0.1427	-0.0742	0.1558	-0.2701	0.1393	0.0425	0.2066	-0.0236	0.0021	0.1635	0.0331	0.1259	26.3843	-45.6838	14.4298
19	1.264	0.5568	0.1072	1.1187	-0.0831	1.186	-0.0687	-0.0198	-0.1513	-0.0293	0.0983	-0.0378	0.1437	0.0807	-0.0161	0.1166	0.0072	-0.0075	0.0968	0.009	0.1208	60.4277	-23.369	58.2171
20	0.9735	0.3288	-0.3779	1.8017	-0.6004	1.0819	-0.1863	0.0048	0.1406	-0.184	0.3345	0.8978	0.1178	-0.4208	-0.1127	0.2427	-0.1119	-0.1004	0.362	0.098	0.3635	35.1275	-22.6877	46.9741
21	0.9057	0.2811	-0.3183	1.2946	-0.4949	1.0689	-0.06	0.1078	0.0869	-0.1986	0.1271	0.2248	-0.021	-0.1406	-0.0603	0.1711	-0.0228	-0.053	0.1561	0.04	0.17	51.1511	-12.9999	46.1532
22	3.6566	2.1439	2.8797	2.71	0.4607	3.2955	-0.384	0.9498	0.0731	-0.5461	0.4336	-0.0518	-0.1703	0.7574	-0.0306	0.3462	-0.1216	-0.0287	0.3185	0.0274	0.1793	61.5231	-10.5185	32.3538
23	0.7171	0.4409	-0.328	0.9686	-0.3653	0.9519	-0.0731	0.2133	0.0654	-0.3027	0.1659	0.1758	0.014	-0.0514	-0.0677	0.2475	-0.0668	-0.0643	0.1948	0.0645	0.197	55.2506	-9.253	37.8542
24	0.9779	0.2905	-0.177	1.0693	-0.3567	0.9492	-0.0497	0.0882	0.0033	-0.2479	0.1339	0.1864	0.1392	-0.1782	-0.0775	0.1896	-0.0344	-0.0464	0.1501	0.0275	0.1894	48.5458	-20.4168	48.5785
25	3.4578	0.4351	1.6897	2.3637	0.2821	3.8958	-0.1552	0.3324	-0.0499	-0.3363	0.093	-0.4083	-0.0255	0.5019	0.0759	0.249	-0.0496	0.0381	0.2651	0.0209	0.2253	70.0119	-16.8024	39.319
26	0.5459	-0.6464	0.3841	0.8126	-0.5946	1.664	-0.0731	-0.1702	-0.1463	-0.1804	0.093	0.11	0.2364	-0.1108	-0.0418	0.2011	-0.0402	-0.0171	0.1291	-0.0024	0.1826	52.7519	-25.947	51.1178
27	1.3358	-0.2118	-0.0646	1.4496	0.2317	0.6223	-0.0293	-0.1414	-0.0752	0.0879	0.0338	-0.0866	0.1485	-0.0431	0.0081	0.1326	-0.0024	0.0059	0.1168	0.0125	0.1244	52.8365	-61.4163	60.3056
28	0.6976	0.1516	0.0761	2.7638	-0.1707	1.1594	0.0214	0.3648	0.0142	-0.6608	0.0801	-0.6355	0.284	0.0155	0.0249	0.2584	0.0109	0.1458	0.2664	-0.0471	0.4598	74.4176	-62.8112	43.1047
29	1.333	0.2008	-0.2855	1.6058	0.2087	1.5464	-0.0837	0.2661	0.1872	-0.2512	0.0737	-0.2684	-0.1235	-0.0822	0.0376	0.1729	-0.0202	0.0282	0.1501	0.0243	0.2621	62.2628	-40.9537	54.1021
30	0.6774	-0.0118	0.2132	2.1214	0.0235	1.3339	-0.0024	0.1323	0.1253	-0.4351	-0.0514	-0.3355	-0.0988	0.1404	0.0228	0.2265	-0.0072	0.0737	0.1553	0.0313	0.2591	64.4356	-47.4576	45.784
31	0.1053	0.5265	0.1181	2.7962	0.721	0.3075	0.0532	-0.1059	-0.0925	0.296	0.0178	-0.5603	0.1004	0.0628	-0.0224	0.183	0.0218	-0.0528	0.1663	0.0005	0.3007	69.6307	-60.044	64.7884
32	1.1129	0.2213	-0.0922	2.1233	0.2058	0.919	-0.028	0.096	0.0732	-0.1931	0.0141	-0.247	0.0078	0.037	-0.0032	0.1548	-0.0044	0.0613	0.1269	0.0155	0.1998	62.9141	-51.7318	49.138
33	7.9893	-0.4712	-1.1603	1.7746	-0.5436	0.3798	0.1793	-0.8669	0.9388	0.1741	0.0591	-0.5122	-0.1725	0.2977	-0.0901	0.1867	-0.0146	-0.0277	0.209	-0.0775	0.4414	68.9054	-38.1801	63.8793
34	0.6519	0.0346	0.0235	1.1862	0.3293	0.582	-0.0066	-0.0179	0.1161	-0.0876	0.0047	-0.3772	-0.0831	0.1043	0.0125	0.171	-0.0102	0.0454	0.1376	0.0037	0.3519	68.3343	-41.7082	55.8324
35	0.8085	-0.1341	0.0448	1.301	0.1442	0.8799	-0.0165	0.0394	-0.0174	-0.0774	-0.0014	-0.373	0.0136	0.1132	0.0146	0.1532	0.0122	0.0353	0.1359	0.0168	0.2375	65.6061	-57.9417	52.3047
36	4.01	-0.3021	-0.6947	1.8305	-0.195	1.827	0.0108	-0.428	0.523	0.4748	0.0496	-0.0796	-0.1774	-0.0406	-0.0261	0.2447	0.0004	-0.014	0.1976	-0.0613	0.2783	61.5291	-44.1876	71.3136
37	1.2722	0.9607	-0.0689	0.9708	-0.4486	0.649	-0.0344	0.0725	-0.1898	0.0587	-0.0593	-0.2733	0.21	-0.0765	0.0972	0.156	0.0316	-0.0058	0.1295	0.0172	0.2224	63.2122	-62.4396	57.6253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 115 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 116 through 153 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 154 through 165 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 166 through 189 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 190 through 218 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 219 through 237 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 238 through 260 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 34 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 35 through 50 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 51 through 153 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 154 through 166 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 167 through 189 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 190 through 218 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 219 through 237 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 238 through 260 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 2 through 34 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 35 through 50 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 51 through 153 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 154 through 165 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 166 through 189 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 190 through 218 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 219 through 237 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 238 through 260 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 2 through 34 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 35 through 50 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 51 through 70 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 71 through 97 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 98 through 115 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 116 through 153 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 154 through 166 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 167 through 189 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 190 through 218 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 219 through 237 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 238 through 260 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)