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Yorodumi- PDB-9f2f: Carbonic anhydrase II variant with bound iron complex in space gr... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9f2f | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Carbonic anhydrase II variant with bound iron complex in space group R3 (ArPase) | ||||||
Components | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / artificial enzyme / metalloenzyme / peroxidase / human carbonic anhydrase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.52 Å | ||||||
Authors | Jakob, R.P. / Ward, T.R. | ||||||
| Funding support | Switzerland, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2024Title: Directed Evolution of an Artificial Hydroxylase Based on a Thermostable Human Carbonic Anhydrase Protein Authors: Morita, I. / Faraone, A. / Salvisberg, E. / Zhang, K. / Jakob, R.P. / Maier, T. / Ward, T.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9f2f.cif.gz | 471.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9f2f.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 9f2f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9f2f_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9f2f_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
| Data in XML | 9f2f_validation.xml.gz | 64.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 9f2f_validation.cif.gz | 91.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/9f2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/9f2f | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9f15C ![]() 9f2eC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 29283.895 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CA2 / Production host: ![]() References: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase #2: Chemical | ChemComp-A1H9O / Mass: 639.461 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C26H29FeN7O7S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.48 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M MOPS pH 7.5, 12% w/v PEG 8000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.00003 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.52→44.792 Å / Num. obs: 202072 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 21.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 13 |
| Reflection shell | Resolution: 1.52→1.55 Å / Redundancy: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 2.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 20121 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.66 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.52→44.792 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 17.26 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.52→44.792 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Switzerland, 1items
Citation

PDBj









