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万見
- PDB-9f27: Solution structure of the Pyrococcus abyssi Rpa2 winged-helix domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f27
タイトルSolution structure of the Pyrococcus abyssi Rpa2 winged-helix domain
要素RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
キーワードREPLICATION / Winged-helix domain / Polymerase PolD interaction / Primase PriSL interaction / Disordered linker
機能・相同性Replication factor A protein-like / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / nucleic acid binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Le Meur, R.A. / Madru, C. / Cordier, F. / Sauguet, L. / Guijarro, J.I.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Communication between DNA polymerases and Replication Protein A within the archaeal replisome.
著者: Markel Martínez-Carranza / Léa Vialle / Clément Madru / Florence Cordier / Ayten Dizkirici Tekpinar / Ahmed Haouz / Pierre Legrand / Rémy A Le Meur / Patrick England / Rémi Dulermo / J ...著者: Markel Martínez-Carranza / Léa Vialle / Clément Madru / Florence Cordier / Ayten Dizkirici Tekpinar / Ahmed Haouz / Pierre Legrand / Rémy A Le Meur / Patrick England / Rémi Dulermo / J Iñaki Guijarro / Ghislaine Henneke / Ludovic Sauguet /
要旨: Replication Protein A (RPA) plays a pivotal role in DNA replication by coating and protecting exposed single-stranded DNA, and acting as a molecular hub that recruits additional replication factors. ...Replication Protein A (RPA) plays a pivotal role in DNA replication by coating and protecting exposed single-stranded DNA, and acting as a molecular hub that recruits additional replication factors. We demonstrate that archaeal RPA hosts a winged-helix domain (WH) that interacts with two key actors of the replisome: the DNA primase (PriSL) and the replicative DNA polymerase (PolD). Using an integrative structural biology approach, combining nuclear magnetic resonance, X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, we unveil how RPA interacts with PriSL and PolD through two distinct surfaces of the WH domain: an evolutionarily conserved interface and a novel binding site. Finally, RPA is shown to stimulate the activity of PriSL in a WH-dependent manner. This study provides a molecular understanding of the WH-mediated regulatory activity in central replication factors such as RPA, which regulate genome maintenance in Archaea and Eukaryotes.
履歴
登録2024年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0061
ポリマ－11,0061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, NMR self-diffusion and 15N relaxation indicate a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination


分子量: 11006.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The three N-terminal residues GTG result from cloning and do not belong to RPA
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 遺伝子: PAB2165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q9V1Z1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HNCO
181isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D C(CO)NH
161isotropic13D H(CCO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D HBHAN
1141isotropic13D 1H-15N NOESY
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic13D 1H-15N TOCSY
1161isotropic12D CB(CGCD)HD
1171isotropic12D CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] RPA2WH, 20 mM MES, 150 mM NaCl, 95% H2O/5% D2O
Label: 1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMRPA2WH[U-98% 13C; U-98% 15N]1
20 mMMESnatural abundance1
150 mMNaClnatural abundance1
試料状態イオン強度: 170 mM / Label: 1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 308.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: Equipped with a cryogenically cooled TCI probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4.1.3Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr Analysis2.5.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
CNS1.2.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift calculation
CNS1.2.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3
詳細: Structures are calculated using a log-harmonic potential with a total of 1106 restraints: 954 distances, 32 hydrogen bonds and 120 backbone dihedral angles
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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