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- PDB-9f28: Crystal structure of the heterodimeric primase from pyrococcus ab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f28
タイトルCrystal structure of the heterodimeric primase from pyrococcus abyssi (deletion of the PriL-CTD domain)
要素
  • DNA primase large subunit PriL
  • DNA primase small subunit PriS
キーワードREPLICATION / DNA primase / PriS / PriL
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA primase large subunit PriL / DNA primase small subunit PriS / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DNA primase large subunit PriL / DNA primase small subunit PriS
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Madru, C. / Sauguet, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ARCHAPOL フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Communication between DNA polymerases and Replication Protein A within the archaeal replisome.
著者: Markel Martínez-Carranza / Léa Vialle / Clément Madru / Florence Cordier / Ayten Dizkirici Tekpinar / Ahmed Haouz / Pierre Legrand / Rémy A Le Meur / Patrick England / Rémi Dulermo / J ...著者: Markel Martínez-Carranza / Léa Vialle / Clément Madru / Florence Cordier / Ayten Dizkirici Tekpinar / Ahmed Haouz / Pierre Legrand / Rémy A Le Meur / Patrick England / Rémi Dulermo / J Iñaki Guijarro / Ghislaine Henneke / Ludovic Sauguet /
要旨: Replication Protein A (RPA) plays a pivotal role in DNA replication by coating and protecting exposed single-stranded DNA, and acting as a molecular hub that recruits additional replication factors. ...Replication Protein A (RPA) plays a pivotal role in DNA replication by coating and protecting exposed single-stranded DNA, and acting as a molecular hub that recruits additional replication factors. We demonstrate that archaeal RPA hosts a winged-helix domain (WH) that interacts with two key actors of the replisome: the DNA primase (PriSL) and the replicative DNA polymerase (PolD). Using an integrative structural biology approach, combining nuclear magnetic resonance, X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, we unveil how RPA interacts with PriSL and PolD through two distinct surfaces of the WH domain: an evolutionarily conserved interface and a novel binding site. Finally, RPA is shown to stimulate the activity of PriSL in a WH-dependent manner. This study provides a molecular understanding of the WH-mediated regulatory activity in central replication factors such as RPA, which regulate genome maintenance in Archaea and Eukaryotes.
履歴
登録2024年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase small subunit PriS
B: DNA primase large subunit PriL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4037
ポリマ－67,1972
非ポリマー2065
水11,007611
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.574, 116.574, 121.084
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA primase small subunit PriS / DNA primase 41 kDa subunit / Pabp41 / p41


分子量: 41049.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: priS, priA, PYRAB01820, PAB2236 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9V292, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 DNA primase large subunit PriL / DNA primase 46 kDa subunit / Pabp46 / p46


分子量: 26147.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: priL, priB, PYRAB01830, PAB2235 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V291

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非ポリマー , 4種, 616分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Magnesium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→39.51 Å / Num. obs: 67117 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 2.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4200 / CC1/2: 0.592 / Rpim(I) all: 0.609

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→39.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.136 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.118
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 3348 -RANDOM
Rwork0.1987 ---
obs0.1999 67117 93.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6295 Å20 Å20 Å2
2--0.6295 Å20 Å2
3----1.2589 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4606 0 9 611 5226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094716HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.896338HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1739SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes798HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4716HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion580SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4397SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.4
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.89 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 59 -
Rwork0.2557 --
obs0.2554 1343 26.87 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.462-0.6618-0.01380.72510.60520.91820.12650.05630.15080.0563-0.2096-0.32610.1508-0.32610.0832-0.029-0.0677-0.05430.08070.0068-0.03063.9792-37.233528.5735
20.67460.20071.38360.65360.61652.55680.25610.20320.07340.2032-0.0588-0.45480.0734-0.4548-0.19730.0414-0.0244-0.03230.0363-0.0133-0.041913.6857-9.890259.3333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 344
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A350 - 352
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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