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- PDB-9f13: Crystal structure of HLA-C*12:02 in complex with KAYNVTQAF (KF9),... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f13
タイトルCrystal structure of HLA-C*12:02 in complex with KAYNVTQAF (KF9), a 9-mer epitope from SARS-CoV-2 Nucleocapsid (N266-274)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen C alpha chain
  • Nucleoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / human leukocyte antigen / major histocompatibility complex / HLA-C12 / HLA-C*12:02 / SARS-CoV-2 / Nucleocapsid
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein binding ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / VEGFR2 mediated vascular permeability / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / molecular condensate scaffold activity / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / T cell mediated cytotoxicity / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / RNA stem-loop binding / specific granule lumen / Interleukin-1 signaling / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / viral capsid / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / PIP3 activates AKT signaling / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / early endosome membrane / protein homotetramerization / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / amyloid fibril formation / Induction of Cell-Cell Fusion / intracellular iron ion homeostasis / Attachment and Entry / learning or memory / host cell perinuclear region of cytoplasm / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / ribonucleoprotein complex / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin / HLA class I histocompatibility antigen C alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Ahn, Y.M. / Maddumage, J.C. / Chatzileontiadou, D.S.M. / Gras, S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of potent antiviral HLA-C-restricted CD8 + T cell response to an immunodominant SARS-CoV-2 nucleocapsid epitope.
著者: Goto, Y. / Ahn, Y.M. / Toyoda, M. / Hamana, H. / Jin, Y. / Aritsu, Y. / Nakama, T. / Tajima, Y. / Maddumage, J.C. / Li, H. / Kitamatsu, M. / Kishi, H. / Yonekawa, A. / Jayasinghe, D. / ...著者: Goto, Y. / Ahn, Y.M. / Toyoda, M. / Hamana, H. / Jin, Y. / Aritsu, Y. / Nakama, T. / Tajima, Y. / Maddumage, J.C. / Li, H. / Kitamatsu, M. / Kishi, H. / Yonekawa, A. / Jayasinghe, D. / Shimono, N. / Nagasaki, Y. / Minami, R. / Toya, T. / Sekiya, N. / Tomita, Y. / Chatzileontiadou, D.S.M. / Nakata, H. / Nakagawa, S. / Sakagami, T. / Ueno, T. / Gras, S. / Motozono, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen C alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8573
ポリマ－53,8573
非ポリマー00
水3,747208
1
A: HLA class I histocompatibility antigen C alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Nucleoprotein

A: HLA class I histocompatibility antigen C alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7146
ポリマ－107,7146
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area12780 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area34230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.102, 77.123, 83.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.201, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen C alpha chain / HLA-C protein / MHC class I antigen / MHC class I protein


分子量: 40935.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-C, HLA-Cw
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q546I6
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 1042.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC9
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2% PEG400, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→47.9 Å / Num. obs: 49905 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 21.04 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.61→1.64 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2442 / CC1/2: 0.922 / Rpim(I) all: 0.202 / Rrim(I) all: 0.53 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5127精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→45.27 Å / SU ML: 0.1865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.9193
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 2588 5.19 %
Rwork0.2038 47303 -
obs0.2052 49891 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→45.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3167 0 0 208 3375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00353315
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65264513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.30781247
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.61-1.640.26661390.24042632X-RAY DIFFRACTION99.96
1.64-1.670.30281420.22092590X-RAY DIFFRACTION99.85
1.67-1.710.24251320.22822626X-RAY DIFFRACTION99.96
1.71-1.750.24221500.21892621X-RAY DIFFRACTION99.93
1.75-1.790.26131420.21732641X-RAY DIFFRACTION99.96
1.79-1.840.2841350.23072614X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.90.27011400.23572632X-RAY DIFFRACTION99.96
1.9-1.960.26671550.22092589X-RAY DIFFRACTION99.96
1.96-2.030.27691390.22312634X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.110.27291480.22332618X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.210.23651420.21282617X-RAY DIFFRACTION99.96
2.21-2.320.26391420.21882626X-RAY DIFFRACTION99.89
2.32-2.470.21271480.22462621X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.660.24061600.21752625X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.930.21941410.22472646X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.350.25511390.20872631X-RAY DIFFRACTION99.93
3.35-4.220.20111500.18542641X-RAY DIFFRACTION99.79
4.22-45.270.18691440.15762699X-RAY DIFFRACTION99.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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