PDB-9f09: Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase from Lactobacillus leichman...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f09

タイトル

Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase from Lactobacillus leichmannii. Complex with 2-deoxyribose, 7-Bromo-1H-imidazo[4,5-b]pyridine and 2'-deoxycytidine

要素

Nucleoside deoxyribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase

機能・相同性

nucleoside deoxyribosyltransferase / nucleotide salvage / nucleoside deoxyribosyltransferase activity / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / 2-deoxy-beta-D-erythro-pentofuranose / : / 2'-DEOXYCYTIDINE / Nucleoside deoxyribosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus leichmannii (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Ascham, A. / Salihovic, A. / Burley, G. / Grogan, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Gram-scale enzymatic synthesis of 2'-deoxyribonucleoside analogues using nucleoside transglycosylase-2.
著者: Salihovic, A. / Ascham, A. / Taladriz-Sender, A. / Bryson, S. / Withers, J.M. / McKean, I.J.W. / Hoskisson, P.A. / Grogan, G. / Burley, G.A.

履歴

登録	2024年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f09.cif.gz	83.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f09.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/9f09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/9f09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

ヘテロ分子

37 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
111 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	148.885, 148.885, 148.885
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 157 / Label seq-ID: 1 - 157

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Nucleoside deoxyribosyltransferase 分子量: 18098.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus leichmannii (乳酸菌) 遺伝子: ntd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R5V5
#2: 化合物	ChemComp-DCZ / 2'-DEOXYCYTIDINE / デオキシシチジンタイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 227.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1H8P / 7-bromanyl-3~{H}-imidazo[4,5-b]pyridine 分子量: 198.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄BrN₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖	ChemComp-2DR / 2-deoxy-beta-D-erythro-pentofuranose / 2-deoxy-beta-D-ribofuranose / 2-deoxy-beta-D-erythro-pentose / 2-deoxy-D-erythro-pentose / 2-deoxy-erythro-pentose / 2-デオキシ-β-D-リボフラノ-スタイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 134.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium citrate; 20% PEG 3350 pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976277 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976277 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→60.856 Å / Num. obs: 22441 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.7 % / B_iso Wilson estimate: 56 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 33.3
反射シェル	解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 43.5 % / R_merge(I) obs: 1.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2337 / CC_1/2: 0.91 / R_pim(I) all: 0.32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.37→60.856 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 6.086 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	1133	5.049 %
R_work	0.184	21306	-
all	0.185	-	-
obs	-	22439	99.982 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.782 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→60.856 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2524	0	44	56	2624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	1.823	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.605	1.765	5502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.401	5	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.986	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	19.764	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.849	10	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.034	10	130
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.442	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.241	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.514	5.903	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.494	5.902	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.317	10.596	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.315	10.596	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.42	6.444	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.419	6.444	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.795	11.641	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.793	11.641	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.629	57.823	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.628	57.825	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.082	0.05	5164

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08194	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08194	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.37-2.432	0.315	77	0.24	1580	0.243	1659	0.941	0.969	99.8794	0.209
2.432-2.498	0.276	80	0.23	1525	0.232	1605	0.959	0.971	100	0.197
2.498-2.57	0.311	83	0.247	1458	0.251	1541	0.946	0.969	100	0.211
2.57-2.649	0.246	53	0.226	1461	0.227	1514	0.968	0.973	100	0.191
2.649-2.736	0.338	63	0.235	1404	0.239	1467	0.936	0.971	100	0.2
2.736-2.832	0.263	65	0.212	1345	0.214	1410	0.956	0.974	100	0.182
2.832-2.939	0.212	79	0.193	1305	0.194	1384	0.972	0.976	100	0.168
2.939-3.058	0.23	60	0.203	1268	0.205	1328	0.96	0.973	100	0.181
3.058-3.194	0.262	79	0.228	1188	0.23	1267	0.957	0.968	100	0.207
3.194-3.349	0.264	63	0.21	1130	0.214	1193	0.956	0.972	100	0.196
3.349-3.53	0.236	54	0.207	1110	0.208	1164	0.971	0.977	100	0.194
3.53-3.743	0.23	48	0.19	1054	0.192	1102	0.98	0.979	100	0.183
3.743-4.001	0.199	63	0.177	967	0.178	1030	0.978	0.986	100	0.172
4.001-4.32	0.152	53	0.145	917	0.146	970	0.987	0.989	100	0.142
4.32-4.73	0.17	51	0.129	822	0.131	873	0.985	0.99	100	0.128
4.73-5.284	0.132	47	0.152	781	0.15	828	0.991	0.987	100	0.15
5.284-6.094	0.242	35	0.179	669	0.182	704	0.967	0.983	100	0.178
6.094-7.444	0.196	31	0.167	593	0.168	624	0.976	0.984	100	0.168
7.444-10.45	0.179	33	0.145	450	0.147	483	0.978	0.988	100	0.153
10.45-60.856	0.238	16	0.242	279	0.242	295	0.969	0.962	100	0.252

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