PDB-9ezk: Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase from Lactobacillus leichman...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ezk

タイトル

Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase from Lactobacillus leichmannii (apo).

要素

Nucleoside deoxyribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase

機能・相同性

nucleoside deoxyribosyltransferase / nucleotide salvage / nucleoside deoxyribosyltransferase activity / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside deoxyribosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus leichmannii (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Ascham, A. / Salihovic, A. / Burley, G. / Grogan, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Gram-scale enzymatic synthesis of 2'-deoxyribonucleoside analogues using nucleoside transglycosylase-2.
著者: Salihovic, A. / Ascham, A. / Taladriz-Sender, A. / Bryson, S. / Withers, J.M. / McKean, I.J.W. / Hoskisson, P.A. / Grogan, G. / Burley, G.A.

履歴

登録	2024年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ezk.cif.gz	77.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ezk.ent.gz	55.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ezk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/9ezk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/9ezk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f08C 9f09C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

36.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	149.270, 149.270, 149.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 156 / Label seq-ID: 2 - 156

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Nucleoside deoxyribosyltransferase 分子量: 18098.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus leichmannii (乳酸菌) 遺伝子: ntd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R5V5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 mM NaH2PO4 buffer; 0.2M sodium citrate; 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976277 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976277 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→60.94 Å / Num. obs: 13954 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.8 % / B_iso Wilson estimate: 75 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 2.79→2.94 Å / R_merge(I) obs: 2.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2028 / CC_1/2: 0.82 / R_pim(I) all: 0.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.79→52.831 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 12.347 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.294 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2374	723	5.182 %	RANDOM
R_work	0.1717	13228	-	-
all	0.175	-	-	-
obs	-	13951	99.971 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.264 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→52.831 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2500	0	0	10	2510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.838	1.818	3490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.635	1.752	5322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.382	5	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.252	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.396	10	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.954	10	129
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	585
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.098	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.043	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.963	7.742	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.963	7.742	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.882	13.947	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.882	13.947	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.388	8.199	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.388	8.199	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.688	14.913	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.686	14.911	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.357	74.717	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.355	74.728	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.08	0.05	4953

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07976	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07976	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.79-2.862	0.439	54	0.262	972	0.271	1026	0.9	0.957	100	0.239
2.862-2.941	0.385	41	0.282	952	0.286	993	0.909	0.954	100	0.254
2.941-3.026	0.33	45	0.264	926	0.268	971	0.941	0.958	100	0.235
3.026-3.118	0.3	53	0.253	883	0.256	936	0.941	0.958	100	0.22
3.118-3.22	0.405	30	0.254	876	0.26	906	0.913	0.961	100	0.223
3.22-3.333	0.297	53	0.22	832	0.225	885	0.946	0.969	100	0.194
3.333-3.458	0.24	52	0.198	781	0.2	833	0.966	0.979	100	0.171
3.458-3.599	0.223	54	0.164	765	0.168	820	0.971	0.984	99.8781	0.142
3.599-3.758	0.226	32	0.163	760	0.165	792	0.975	0.984	100	0.142
3.758-3.94	0.241	30	0.16	721	0.164	751	0.966	0.983	100	0.141
3.94-4.152	0.186	47	0.14	678	0.143	725	0.981	0.988	100	0.123
4.152-4.403	0.168	32	0.118	659	0.121	691	0.986	0.991	100	0.109
4.403-4.704	0.178	31	0.108	595	0.112	626	0.988	0.993	100	0.103
4.704-5.078	0.193	26	0.139	583	0.141	609	0.974	0.99	100	0.135
5.078-5.557	0.265	31	0.137	525	0.143	556	0.972	0.99	100	0.133
5.557-6.205	0.201	36	0.147	467	0.151	503	0.979	0.987	100	0.143
6.205-7.148	0.275	22	0.161	421	0.165	443	0.946	0.984	100	0.159
7.148-8.715	0.247	23	0.161	367	0.166	390	0.964	0.983	100	0.165
8.715-12.16	0.23	20	0.174	282	0.178	302	0.977	0.987	100	0.188
12.16-52.831	0.223	11	0.273	183	0.269	194	0.976	0.961	100	0.29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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