PDB-9f08: Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase from Lactobacillus leichman...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f08

タイトル

Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase from Lactobacillus leichmannii. Covalent complex with 2-deoxyribose.

要素

Nucleoside deoxyribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase

機能・相同性

nucleoside deoxyribosyltransferase / nucleotide salvage / nucleoside deoxyribosyltransferase activity / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / 2-deoxy-beta-D-erythro-pentofuranose / Nucleoside deoxyribosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus leichmannii (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.371 Å

データ登録者

Ascham, A. / Salihovic, A. / Burley, G. / Grogan, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Gram-scale enzymatic synthesis of 2'-deoxyribonucleoside analogues using nucleoside transglycosylase-2.
著者: Salihovic, A. / Ascham, A. / Taladriz-Sender, A. / Bryson, S. / Withers, J.M. / McKean, I.J.W. / Hoskisson, P.A. / Grogan, G. / Burley, G.A.

履歴

登録	2024年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f08.cif.gz	79.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f08.ent.gz	57.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/9f08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/9f08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ezkC 9f09C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

ヘテロ分子

36.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside deoxyribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	148.461, 148.461, 148.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 157 / Label seq-ID: 1 - 157

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Nucleoside deoxyribosyltransferase 分子量: 18098.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus leichmannii (乳酸菌) 遺伝子: ntd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R5V5
#2: 糖	ChemComp-2DR / 2-deoxy-beta-D-erythro-pentofuranose / 2-deoxy-beta-D-ribofuranose / 2-deoxy-beta-D-erythro-pentose / 2-deoxy-D-erythro-pentose / 2-deoxy-erythro-pentose / 2-デオキシ-β-D-リボフラノ-スタイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 134.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% tascimate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976277 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976277 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→60.61 Å / Num. obs: 22224 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.01 / Net I/σ(I): 42.5
反射シェル	解像度: 2.37→2.46 Å / R_merge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 2312 / CC_1/2: 0.95 / R_pim(I) all: 0.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.371→60.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 6.41 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	1115	5.02 %
R_work	0.199	21097	-
all	0.201	-	-
obs	-	22212	99.982 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.329 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.371→60.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2523	0	16	37	2576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.827	3537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.578	1.767	5463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.67	5	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.856	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.146	10	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.764	10	131
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	585
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.788	6.323	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.783	6.322	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.331	11.359	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.329	11.358	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.247	6.74	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.245	6.739	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.36	12.242	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.358	12.241	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.61	61.251	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.613	61.258	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.075	0.05	5103

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07536	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07536	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-60.61	0.252	16	0.241	275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.371-2.432	0.37	67	0.25	1532	X-RAY DIFFRACTION	99.8751
2.432-2.499	0.281	78	0.254	1500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.499-2.571	0.35	89	0.272	1472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.571-2.65	0.329	46	0.268	1452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.737	0.384	59	0.261	1393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.737-2.832	0.289	72	0.233	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.832-2.939	0.223	77	0.22	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.939-3.059	0.281	58	0.214	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.059-3.195	0.254	77	0.23	1190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.195-3.35	0.244	69	0.226	1130	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.531	0.228	48	0.213	1090	X-RAY DIFFRACTION	100
3.531-3.744	0.23	54	0.199	1042	X-RAY DIFFRACTION	100
3.744-4.001	0.184	58	0.18	964	X-RAY DIFFRACTION	100
4.001-4.32	0.194	50	0.172	908	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.73	0.208	55	0.156	831	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-5.285	0.199	46	0.177	753	X-RAY DIFFRACTION	100
5.285-6.095	0.246	32	0.196	683	X-RAY DIFFRACTION	100
6.095-7.446	0.238	31	0.182	579	X-RAY DIFFRACTION	100
7.446-10.451	0.177	33	0.159	444	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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