PDB-9f01: Complex between D-SH2 domain of ABL with monobody 'DAM21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f01

タイトル

Complex between D-SH2 domain of ABL with monobody 'DAM21

要素

nanobody DAM21.3
synthetic D-SH2 domain NS1-10

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex / nanobody / SH2 domain / mirror-image phage display / D-protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Essen, L.-O. / Hantschel, O. / Schmidt, N. / Korf, L.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Development of mirror-image monobodies targeting the oncogenic BCR::ABL1 kinase.
著者: Schmidt, N. / Kumar, A. / Korf, L. / Dinh-Fricke, A.V. / Abendroth, F. / Koide, A. / Linne, U. / Rakwalska-Bange, M. / Koide, S. / Essen, L.O. / Vazquez, O. / Hantschel, O.

履歴

登録	2024年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f01.cif.gz	321.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f01.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f01_validation.pdf.gz	520.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f01_full_validation.pdf.gz	532.8 KB	表示
XML形式データ	9f01_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	9f01_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/9f01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/9f01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f00C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: synthetic D-SH2 domain NS1-10

B: synthetic D-SH2 domain NS1-10

C: synthetic D-SH2 domain NS1-10

D: synthetic D-SH2 domain NS1-10

E: nanobody DAM21.3

F: nanobody DAM21.3

G: nanobody DAM21.3

H: nanobody DAM21.3

ヘテロ分子

86.5 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: synthetic D-SH2 domain NS1-10

H: nanobody DAM21.3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: synthetic D-SH2 domain NS1-10

G: nanobody DAM21.3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: synthetic D-SH2 domain NS1-10

ヘテロ分子

F: nanobody DAM21.3

登録者が定義した集合体
根拠: disulfide linkage via C198
21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: synthetic D-SH2 domain NS1-10

ヘテロ分子

E: nanobody DAM21.3

登録者が定義した集合体
根拠: disulfide linkage via C198
21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.637, 62.290, 116.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	synthetic D-SH2 domain NS1-10 分子量: 11206.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D-configured SH2 domain from ABL / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 抗体	nanobody DAM21.3 分子量: 10391.442 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M sodium acetate pH 4.6, 20 % (w/v) PEG 4000, 20 % (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.727→48.15 Å / Num. obs: 25843 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 36.77 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.146 / R_pim(I) all: 0.087 / R_rim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.727-2.81	2.3	0.81	2.2	1293	0.53	0.52	0.968	51.1
7.831-48.15	3.4	0.068	12.1	1291	0.993	0.041	0.08	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.73→48.15 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2704	644	2.5 %
R_work	0.2221	-	-
obs	0.2233	25791	87.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→48.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5972	0	4	126	6102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6136
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.172	8392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.957	1568
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	940
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1068

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.73-2.94	0.2981	84	0.237	3279	X-RAY DIFFRACTION	58
2.94-3.23	0.3071	120	0.2469	4700	X-RAY DIFFRACTION	83
3.23-3.7	0.3064	145	0.2269	5620	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7-4.66	0.25	146	0.2026	5726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-48.15	0.2436	149	0.2236	5822	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7351	0.5122	0.2155	3.0548	-2.0278	3.4242	-0.0343	0.3258	0.3003	0.0449	-0.0693	0.071	-0.256	0.0236	-0.013	0.1394	0.0738	0.0379	0.1451	0.007	0.2575	-24.8746	-14.6461	-10.0069
2	5.0538	-0.4856	2.4385	3.9171	-3.7086	5.5985	-0.2343	0.087	0.0639	0.1755	-0.2001	-0.4793	-0.2828	0.5766	-0.0677	0.2345	-0.0423	-0.0384	0.3188	-0.0054	0.1966	-3.294	0.5858	-33.7782
3	2.593	0.8076	0.625	3.1959	1.8676	4.4537	0.0405	0.3124	-0.2063	0.2593	-0.0167	-0.2627	0.3273	0.2483	0.0157	0.3329	0.0793	-0.061	0.1748	0.0069	0.2533	-40.3284	10.4972	-70.9569
4	4.6492	-1.1779	-2.2013	2.7361	1.5234	4.8266	-0.2321	0.2181	-0.2049	0.6515	-0.1712	0.573	0.7294	-0.998	-0.1653	0.1888	-0.0993	0.1682	0.3756	0.0035	0.3391	-54.1157	-4.9138	-99.567
5	2.4775	-0.9222	1.3077	3.3304	1.0892	3.4208	-0.1156	-0.5549	0.1651	0.5012	0.3104	-0.1175	0.7504	-0.1373	0.0151	0.2792	0.1056	-0.0644	0.3882	-0.0143	0.2859	-14.757	-23.3196	12.8141
6	2.2051	-0.6353	1.2803	3.4932	-0.8988	2.6312	-0.0194	0.1071	0.211	-0.2632	0.0077	0.1073	-0.0915	0.1123	0.0007	0.3254	0.0091	-0.0673	0.2249	-0.0274	0.2766	-19.7859	10.9031	-52.2417
7	2.7991	-0.7069	-0.4707	2.3855	1.8036	2.7637	0.3698	0.4733	0.0074	-0.714	-0.1312	-0.2348	-0.4976	0.6982	0.0009	0.5446	0.0614	0.0808	0.4779	-0.066	0.3413	-3.6479	-12.118	-63.6641
8	2.5958	1.4246	-1.0523	4.0369	-0.5432	1.3083	0.0285	-0.114	-0.4268	0.076	-0.1974	-0.0134	0.1393	0.0263	-0.011	0.2004	0.0145	-0.0069	0.2388	-0.0203	0.3092	-26.9316	-46.1609	-2.5173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 143 through 240)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 143 through 240)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 143 through 240)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 143 through 240)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 7 through 98)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 7 through 98)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 7 through 98)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 7 through 98)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)