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- PDB-9f00: Complex between D-SH2 domain of ABL with monobody DAM27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f00
タイトルComplex between D-SH2 domain of ABL with monobody DAM27
要素
  • monobody DAM27
  • synthetic D-SH2 domain
キーワードPROTEIN BINDING / Complex / monobody / SH2 domain / mirror-image phage display / D-protein
機能・相同性polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Hantschel, O. / Schmidt, N. / Korf, L.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2016-CoG 682311European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Development of mirror-image monobodies targeting the oncogenic BCR::ABL1 kinase.
著者: Schmidt, N. / Kumar, A. / Korf, L. / Dinh-Fricke, A.V. / Abendroth, F. / Koide, A. / Linne, U. / Rakwalska-Bange, M. / Koide, S. / Essen, L.O. / Vazquez, O. / Hantschel, O.
履歴
登録2024年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: synthetic D-SH2 domain
B: synthetic D-SH2 domain
D: monobody DAM27
C: monobody DAM27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0364
ポリマ－43,0364
非ポリマー00
水23413
1
A: synthetic D-SH2 domain
C: monobody DAM27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5182
ポリマ－21,5182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10130 Å2
2
B: synthetic D-SH2 domain
D: monobody DAM27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5182
ポリマ－21,5182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10520 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)111.326, 111.326, 205.749
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 synthetic D-SH2 domain


分子量: 11205.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D-configured SH2 domain from human ABL, isoform IB / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 抗体 monobody DAM27


分子量: 10312.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.8 M tri-Sodium citrate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.96 Å / Num. obs: 17398 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.258 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.9-3.0828.73.7831.227440.6110.9953.91399.9
8.71-48.96230.04851.376610.0130.0599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.91→48.96 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 868 5.02 %
Rwork0.2094 --
obs0.2117 17286 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→48.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2994 0 0 13 3007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3434204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.176789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01537
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-3.090.37941390.36472649X-RAY DIFFRACTION99
3.09-3.330.34921440.29612661X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.660.31751400.24852696X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.190.28091310.20912725X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.280.19041620.16032746X-RAY DIFFRACTION100
5.28-48.960.24061520.19082941X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9981.67730.0716.80861.11041.8283-0.0551-0.2633-0.3074-0.03760.0086-0.39310.08510.11330.00040.7634-0.12610.13430.64030.02050.7428-68.3725-13.2381-31.143
24.4792-0.8255-2.52473.4411.2294.71460.2692-0.2859-0.175-0.0408-0.1444-0.32440.16070.5356-0.00060.7815-0.10330.06920.6771-0.07080.7262-46.73946.9529-41.2838
34.35490.5205-1.41613.60730.61845.36170.6257-1.17670.29120.8714-0.4180.0884-0.24950.6274-0.00041.0829-0.33640.09691.215-0.22040.7561-54.603612.3385-16.2385
44.0233-0.5119-1.71993.78410.74163.89560.23250.14650.68620.3548-0.02220.5947-0.517-0.5392-0.00010.80980.01460.1780.726-0.05771.0024-77.694311.4388-33.3159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 6 through 98 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 3 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 142 through 239 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 141 through 239 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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