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万見
- PDB-9ezy: Vibrio cholerae DdmD-DdmE holo complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ezy
タイトルVibrio cholerae DdmD-DdmE holo complex
要素
  • 14 nucleotide DNA guide with terminal 5' phosphate
  • Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein
  • Non-target DNA strand
  • Target DNA strand
  • Vibrio cholerae DdmE
キーワードIMMUNE SYSTEM / Helicase / Nuclease / Complex / Effector / Argonaute
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Loeff, L. / Jinek, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)820150European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of plasmid elimination by the DdmDE defense system.
著者: Luuk Loeff / David W Adams / Christelle Chanez / Sandrine Stutzmann / Laurie Righi / Melanie Blokesch / Martin Jinek /
要旨: Seventh-pandemic strains contain two pathogenicity islands that encode the DNA defense modules DdmABC and DdmDE. In this study, we used cryogenic electron microscopy to determine the mechanistic ...Seventh-pandemic strains contain two pathogenicity islands that encode the DNA defense modules DdmABC and DdmDE. In this study, we used cryogenic electron microscopy to determine the mechanistic basis for plasmid defense by DdmDE. The helicase-nuclease DdmD adopts an autoinhibited dimeric architecture. The prokaryotic Argonaute protein DdmE uses a DNA guide to target plasmid DNA. The structure of the DdmDE complex, validated by in vivo mutational studies, shows that DNA binding by DdmE triggers disassembly of the DdmD dimer and loading of monomeric DdmD onto the nontarget DNA strand. In vitro studies indicate that DdmD translocates in the 5'-to-3' direction, while partially degrading the plasmid DNA. These findings provide critical insights into the mechanism of DdmDE systems in plasmid elimination.
履歴
登録2024年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein
B: Vibrio cholerae DdmE
C: 14 nucleotide DNA guide with terminal 5' phosphate
D: Target DNA strand
E: Non-target DNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,1346
ポリマ－261,1105
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein


分子量: 136427.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC_1771 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KR72
#2: タンパク質 Vibrio cholerae DdmE


分子量: 79468.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC_1770 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KR73

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DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE

#3: DNA鎖 14 nucleotide DNA guide with terminal 5' phosphate


分子量: 4567.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The first adenosine nucleotide was added to obtain three oxygen groups on the 5' phosphate of the DNA guide. This nucleotide was not present on the DNA guide used for structure determination.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 Target DNA strand


分子量: 20341.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 Non-target DNA strand


分子量: 20305.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DdmD-DdmE Holocomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris hydrochlorideTris-HCl1
2225 mMSodium chlorideNaCl1
32.5 mMDesthiobiotinDesthiobiotin1
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60.99 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1.粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.4.1.CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC4.4.1.最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.4.1.分類
13cryoSPARC4.4.1.３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1283702
3次元再構成解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 229173 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Initial model was generated with alpha fold / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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