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万見
- EMDB-50091: Vibrio cholerae DdmD-DdmE holo complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50091
タイトルVibrio cholerae DdmD-DdmE holo complex
マップデータUnsharpened EM volume
試料
  • 複合体: DdmD-DdmE Holocomplex
    • タンパク質・ペプチド: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Vibrio cholerae DdmE
    • DNA: 14 nucleotide DNA guide with terminal 5' phosphate
    • DNA: Target DNA strand
    • DNA: Non-target DNA strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードHelicase / Nuclease / Complex / Effector / Argonaute / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Loeff L / Jinek M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)820150European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of plasmid elimination by the DdmDE defense system.
著者: Luuk Loeff / David W Adams / Christelle Chanez / Sandrine Stutzmann / Laurie Righi / Melanie Blokesch / Martin Jinek /
要旨: Seventh-pandemic strains contain two pathogenicity islands that encode the DNA defense modules DdmABC and DdmDE. In this study, we used cryogenic electron microscopy to determine the mechanistic ...Seventh-pandemic strains contain two pathogenicity islands that encode the DNA defense modules DdmABC and DdmDE. In this study, we used cryogenic electron microscopy to determine the mechanistic basis for plasmid defense by DdmDE. The helicase-nuclease DdmD adopts an autoinhibited dimeric architecture. The prokaryotic Argonaute protein DdmE uses a DNA guide to target plasmid DNA. The structure of the DdmDE complex, validated by in vivo mutational studies, shows that DNA binding by DdmE triggers disassembly of the DdmD dimer and loading of monomeric DdmD onto the nontarget DNA strand. In vitro studies indicate that DdmD translocates in the 5'-to-3' direction, while partially degrading the plasmid DNA. These findings provide critical insights into the mechanism of DdmDE systems in plasmid elimination.
履歴
登録2024年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50091.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50091.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 713.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened EM volume
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 572 pix.
= 371.8 Å		0.65 Å/pix.
x 572 pix.
= 371.8 Å		0.65 Å/pix.
x 572 pix.
= 371.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0257
最小 - 最大-0.07145727 - 0.19073372
平均 (標準偏差)-0.000052482726 (±0.0033284551)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ572572572
Spacing572572572
セルA=B=C: 371.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50091_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DdmD-DdmE Holocomplex

全体名称: DdmD-DdmE Holocomplex
要素
  • 複合体: DdmD-DdmE Holocomplex
    • タンパク質・ペプチド: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Vibrio cholerae DdmE
    • DNA: 14 nucleotide DNA guide with terminal 5' phosphate
    • DNA: Target DNA strand
    • DNA: Non-target DNA strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: DdmD-DdmE Holocomplex

超分子名称: DdmD-DdmE Holocomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

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分子 #1: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein

分子名称: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 136.427594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SNAMNVSIEE FTHFDFQLVP EPSPLDLVIT EPLKNHIEVN GVKSGALLPL PFQTGIGKTY TALNFLLQQM LEQVRSELKE ENTGKKSKR LLYYVTDSVD NVVSAKADLL KLIEKQTVKG EPRFTLEQQE YLKAQIVHLP NQSEQLLQCS DAVLNDVLIG F NLNAERDV ...文字列:
SNAMNVSIEE FTHFDFQLVP EPSPLDLVIT EPLKNHIEVN GVKSGALLPL PFQTGIGKTY TALNFLLQQM LEQVRSELKE ENTGKKSKR LLYYVTDSVD NVVSAKADLL KLIEKQTVKG EPRFTLEQQE YLKAQIVHLP NQSEQLLQCS DAVLNDVLIG F NLNAERDV QAEWSAISGL RRHASNPEVK ISLNRQAGYF YRNLIDRLQK KQKGADRVLL SGSLLASVET LLPGEKIRNG SA HVAFLTT SKFLKGFHNT RSRYSPLRDL SGAVLIIDEI DKQNQVILSE LCKQQAQDLI WAIRTLRANF RDHQLESSPR YDK IEDLFE PLRERLEEFG TNWNLAFAFN TEGANLNERP VRLFSDRSFT HVSSATHKLS LKSDFLRRKN LIFSDEKVEG SLIE KHGLL TRFVNEADVI YQWFLGTMRK AVFQYWENVR GLEIEVRENR SLEGTFQEAV QSLLTHFNLQ EFESAVYESF DTRGL RQSA GGKANKLSSS KSYHHTGLKL VEVAHNQGTR DTVNCKASFL NTSPSGVLAD MVDAGAVILG ISATARADTV IHNFDF KYL NERLGNKLLS LSREQKQRVN NYYHSRRNYK DNGVVLTVKY LNSRDAFLDA LLEEYKPEAR SSHFILNHYL GIAESEQ AF VRSWLSKLLA SIKAFISSPD NRYMLSLLNR TLDTTRQNIN DFIQFCCDKW AKEFNVKTKT FFGVNADWMR LVGYDEIS K HLNTELGKVV VFSTYASMGA GKNPDYAVNL ALEGESLISV ADVTYSTQLR SDIDSIYLEK PTQLLLSDDY SHTANQLCQ FHQILSLQEN GELSPKSAEN WCRQQLMGMS RERSLQQYHQ TSDYQSAVRK YIEQAVGRAG RTSLKRKQIL LFVDSGLKEI LAEESRDPS LFSHEYVALV NKAKSAGKSI VEDRAVRRLF NLAQRNNKDG MLSIKALVHR LHNQPASKSD IQEWQDIRTQ L LRYPTVAF QPERFNRLYL QSMTKGYYRY QGNLDGDPNS FEFFDRVPYG DMVSEEDCSL ATLVQNQYVR PWFERKGFAC SW QKEANVM TPIMFTNIYK GALGEQAVEA VLTAFDFTFE EVPNSIYERF DNRVIFAGIE QPIWLDSKYW KHEGNESSEG YSS KIALVE EEFGPSKFIY VNALGDTSKP IRYLNSCFVE TSPQLAKVIE IPALIDDSNA DTNRTAVQEL IKWLHHS

UniProtKB: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein

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分子 #2: Vibrio cholerae DdmE

分子名称: Vibrio cholerae DdmE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 79.468156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SNAMVTPQLE PSSQGPLSTL IEQISIDTDW VDRSFAIYCV SYKGIDFSER PKRLVTLASE TYKSGSVYCL VKGANKEACY WVLLPKDSK LDLKDTSLAI KPSSAAELPT WQLARLLIKA IPKVLSGTMP EIKRFESEGL YYLVKSKKLP KDHSGYELTT V EIDLAPCA ...文字列:
SNAMVTPQLE PSSQGPLSTL IEQISIDTDW VDRSFAIYCV SYKGIDFSER PKRLVTLASE TYKSGSVYCL VKGANKEACY WVLLPKDSK LDLKDTSLAI KPSSAAELPT WQLARLLIKA IPKVLSGTMP EIKRFESEGL YYLVKSKKLP KDHSGYELTT V EIDLAPCA ALGFKQTLSM GTKTFSPLSW FTLENGEVQK KARFATRYQL DDVGKLVSKS IKGDYIKKPL YSNAKNRIQA ID ITKESYS GFQLSKVGIL EQFMQDLKQA YGDSVSVKLQ RIPGEKHRFV SDTIVKNHYV GLFDALKEHR LVICDLTENQ DTD AALTLL HGIEHLDINA EIAEVPIRGA LNILIVGNKD TYKSDEEDPY QVYRKKYQDT VFQSCYPERL WNRQGQPNRH VVEV LLKEL LIKLEVHTRK HLIEYPSGPE RCVYYMPQRP KDESSEVRDE PWPVYASKLV GDEWQYTQAT QEELEDIELD LGNDK RHVF HGFERSPVIY WPETGDYAIF IDTGIQMLPE FEAVAERLRE LKEGRSQDVP IALLAQFIEE NPESKVINKL RAILSE WDD VAPLPFDEFS TIAYKSSDEK QFYDWLREQG FFLKTSIRGQ SEGFFNASLG FFYNREQGMY FAGGKGSPQS KIETFSH LY LIKHSFDALP EEVENLFDVY HLRHRLPTVT PYPFKHLREY VEMQRFRS

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #3: 14 nucleotide DNA guide with terminal 5' phosphate

分子名称: 14 nucleotide DNA guide with terminal 5' phosphate / タイプ: dna / ID: 3
詳細: The first adenosine nucleotide was added to obtain three oxygen groups on the 5' phosphate of the DNA guide. This nucleotide was not present on the DNA guide used for structure determination.
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.567998 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)

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分子 #4: Target DNA strand

分子名称: Target DNA strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 20.341029 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG) (DG) (DT)(DA)(DA)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG) (DG) (DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG) (DC)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)

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分子 #5: Non-target DNA strand

分子名称: Non-target DNA strand / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 20.305029 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DC) ...文字列:
(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC) (DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HClTris hydrochloride
225.0 mMNaClSodium chloride
2.5 mMDesthiobiotinDesthiobiotin
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.99 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1283702
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1.) / 使用した粒子像数: 229173
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1.)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Initial model was generated with alpha fold
得られたモデル

PDB-9ezy:
Vibrio cholerae DdmD-DdmE holo complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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