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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9eyv | ||||||
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タイトル | Human PRMT5 in complex with AZ compound 12 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / methyl transferase / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / E-box binding / methyl-CpG binding / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / regulation of mitotic nuclear division / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / histone methyltransferase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / histone methyltransferase activity / negative regulation of cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ribonucleoprotein complex binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / spliceosomal snRNP assembly / liver regeneration / nuclear receptor coactivator activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / DNA-templated transcription termination / circadian regulation of gene expression / Regulation of TP53 Activity through Methylation / p53 binding / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Debreczeni, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024 タイトル: Discovery and In Vivo Efficacy of AZ-PRMT5i-1, a Novel PRMT5 Inhibitor with High MTA Cooperativity. 著者: Smith, J.M. / Barlaam, B. / Beattie, D. / Bradshaw, L. / Chan, H.M. / Chiarparin, E. / Collingwood, O. / Cooke, S.L. / Cronin, A. / Cumming, I. / Dean, E. / Debreczeni, J.E. / Del Barco ...著者: Smith, J.M. / Barlaam, B. / Beattie, D. / Bradshaw, L. / Chan, H.M. / Chiarparin, E. / Collingwood, O. / Cooke, S.L. / Cronin, A. / Cumming, I. / Dean, E. / Debreczeni, J.E. / Del Barco Barrantes, I. / Diene, C. / Gianni, D. / Guerot, C. / Guo, X. / Guven, S. / Hayhow, T.G. / Hong, T. / Kemmitt, P.D. / Lamont, G.M. / Lamont, S. / Lynch, J.T. / McWilliams, L. / Moore, S. / Raubo, P. / Robb, G.R. / Robinson, J. / Scott, J.S. / Srinivasan, B. / Steward, O. / Stubbs, C.J. / Syson, K. / Tan, L. / Turner, O. / Underwood, E. / Urosevic, J. / Vazquez-Chantada, M. / Whittaker, A.L. / Wilson, D.M. / Winter-Holt, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9eyv.cif.gz | 377.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9eyv.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9eyv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9eyv_validation.pdf.gz | 413.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9eyv_full_validation.pdf.gz | 413.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9eyv_validation.xml.gz | 1.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9eyv_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/9eyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/9eyv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9eyuC 9eywC 9eyxC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 72766.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O14744 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 36757.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9BQA1 |
-非ポリマー , 4種, 73分子
#3: 化合物 | ChemComp-A1H76 / ( 分子量: 414.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H19FN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
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#4: 化合物 | ChemComp-MTA / |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 14-16 w/v % PEG3350, 24-25 v/v % 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.1 M tri-sodium-citrate buffer at pH 5.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.147→109.318 Å / Num. obs: 30022 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.147→2.458 Å / Num. unique obs: 1501 / CC1/2: 0.728 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→109.318 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.874 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 20.84 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.013 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.15→109.318 Å
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拘束条件 |
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