PDB-9eyt: Crystal structure of Yeast Clathrin Heavy Chain N-terminal domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eyt

タイトル

Crystal structure of Yeast Clathrin Heavy Chain N-terminal domain bound to Epsin-1 peptide (LIDL)

要素

Clathrin heavy chain
Epsin-1

キーワード

ENDOCYTOSIS / Clathrin / Ent1 / Adaptor protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Lysosome Vesicle Biogenesis / VLDLR internalisation and degradation / Clathrin-mediated endocytosis / Recycling pathway of L1 / RHOV GTPase cycle / LDL clearance / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / RHOU GTPase cycle / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Defelipe, L.A. / Bento, I. / Garcia Alai, M.M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Subtleties in Clathrin heavy chain binding boxes provide selectivity among adaptor proteins of budding yeast.
著者: Defelipe, L.A. / Veith, K. / Burastero, O. / Kupriianova, T. / Bento, I. / Skruzny, M. / Kolbel, K. / Uetrecht, C. / Thuenauer, R. / Garcia-Alai, M.M.

履歴

登録	2024年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eyt.cif.gz	369.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eyt.ent.gz	250 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eyt_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eyt_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	9eyt_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	9eyt_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/9eyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/9eyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ex5C 9exfC 9exgC 9extC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (12) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Clathrin heavy chain

E: Epsin-1

G: Epsin-1

M: Epsin-1

43.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.31, 56.31, 254.6
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Clathrin heavy chain 分子量: 40976.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: CHC1, YGL206C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22137
#2: タンパク質・ペプチド	Epsin-1 分子量: 793.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12518
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M potassium/sodium tartrate 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→127.3 Å / Num. obs: 43582 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 27.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.04-127.3	18.4	0.035	422	0.999	0.01	0.037
1.74-1.77	27.5	2.019	2365	0.843	0.545	2.092

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→63.731 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 5.387 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	2118	4.876 %
R_work	0.1853	41317	-
all	0.187	-	-
obs	-	43435	99.942 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.413 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.916 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.916 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.832 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→63.731 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2995	0	0	324	3319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.687	1.785	4174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.573	1.734	6693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.451	5	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.658	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.701	10	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.05	10	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3617
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.337	2.417	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.336	2.417	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.437	4.333	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.437	4.333	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.826	2.649	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.825	2.65	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.281	4.752	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.28	4.752	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.607	31.429	12880
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.463	29.806	12478

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.74-1.785	0.305	163	0.297	2979	0.297	3142	0.935	0.947	100	0.282
1.785-1.834	0.328	142	0.261	2915	0.264	3057	0.94	0.959	100	0.244
1.834-1.887	0.305	144	0.241	2848	0.244	2993	0.94	0.963	99.9666	0.218
1.887-1.945	0.382	140	0.287	2780	0.291	2927	0.897	0.942	99.7608	0.251
1.945-2.009	0.214	139	0.196	2659	0.197	2798	0.971	0.975	100	0.177
2.009-2.079	0.21	123	0.189	2580	0.19	2703	0.97	0.977	100	0.167
2.079-2.158	0.182	128	0.177	2534	0.177	2662	0.978	0.981	100	0.159
2.158-2.246	0.224	159	0.183	2379	0.186	2546	0.964	0.978	99.6858	0.161
2.246-2.345	0.248	107	0.187	2346	0.189	2459	0.965	0.977	99.756	0.166
2.345-2.46	0.224	113	0.185	2201	0.187	2314	0.968	0.978	100	0.168
2.46-2.593	0.276	113	0.184	2125	0.189	2238	0.956	0.979	100	0.169
2.593-2.75	0.282	99	0.187	2037	0.191	2136	0.948	0.978	100	0.177
2.75-2.939	0.238	86	0.19	1929	0.192	2015	0.969	0.978	100	0.182
2.939-3.174	0.235	89	0.189	1791	0.191	1880	0.968	0.979	100	0.185
3.174-3.476	0.236	88	0.182	1650	0.185	1738	0.973	0.981	100	0.185
3.476-3.885	0.225	70	0.182	1519	0.184	1590	0.97	0.981	99.9371	0.187
3.885-4.483	0.161	75	0.137	1353	0.139	1428	0.987	0.989	100	0.148
4.483-5.484	0.186	59	0.151	1168	0.152	1227	0.98	0.988	100	0.167
5.484-7.727	0.235	51	0.202	938	0.203	989	0.971	0.98	100	0.218
7.727-63.731	0.272	30	0.214	586	0.217	618	0.973	0.966	99.6764	0.238

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8798	-0.0233	-0.0378	0.8782	0.2291	2.7049	-0.0714	0.0573	0.0099	-0.0338	0.0236	0.0704	-0.4968	0.0016	0.0479	0.1023	-0.0118	-0.0262	0.0152	0.0296	0.0743	10.5277	27.3246	20.2407
2	3.5671	0.1884	-1.2963	1.8315	-2.8191	8.3424	-0.0757	-0.1178	-0.1506	0.1244	0.0571	0.0179	0.2257	-0.1727	0.0186	0.126	-0.0164	-0.002	0.1433	-0.0191	0.2037	-0.9775	9.8635	17.6416
3	1.6471	-1.9022	-1.0769	3.7737	-1.7536	6.7752	-0.1211	-0.1099	-0.1365	0.3235	-0.0092	0.1734	-0.0909	0.1059	0.1303	0.1958	-0.041	-0.0111	0.245	-0.0174	0.2086	17.2731	37.0301	46.1293
4	4.386	-0.323	-1.5958	7.7575	0.9765	1.42	0.0424	-0.113	-0.1657	0.2318	-0.0553	-0.2296	0.0491	0.1537	0.0129	0.119	-0.0198	-0.0012	0.1652	0.0081	0.1733	25.6684	20.2042	24.5037

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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