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- PDB-9eyh: Ubiquitin conjugating enzyme Ubc6 UBC domain with isopeptide-link... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eyh
タイトルUbiquitin conjugating enzyme Ubc6 UBC domain with isopeptide-linked ubiquitin
要素
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 6
キーワードTRANSFERASE / ubiquitin / Endoplasmic Reticulum Associated Degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S27a-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues ...S27a-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc-binding ribosomal protein / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Swarnkar, A. / Stein, A.
資金援助European Union, ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)677770European Union
German Research Foundation (DFG)SFB1190 ドイツ
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Determinants of chemoselectivity in ubiquitination by the J2 family of ubiquitin-conjugating enzymes.
著者: Swarnkar, A. / Leidner, F. / Rout, A.K. / Ainatzi, S. / Schmidt, C.C. / Becker, S. / Urlaub, H. / Griesinger, C. / Grubmuller, H. / Stein, A.
履歴
登録2024年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 6
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 6
C: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
D000: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8844
ポリマ－57,8844
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.753, 53.490, 111.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.152, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 6 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 6 / Ubiquitin carrier protein UBC6 / Ubiquitin-protein ligase UBC6


分子量: 20373.053 Da / 分子数: 2 / 変異: C87K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UBC6, GI527_G0001907 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A8H8ULW7, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 8568.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RPS31, RPS37, UBI3, YLR167W, L9470.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05759
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG smear, sodium acetate, sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.01 Å / Num. obs: 19017 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 63.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0848 / Net I/σ(I): 17.41
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 11.8 % / Num. unique obs: 1903 / CC1/2: 0.945 / % possible all: 99.53

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→48.01 Å / SU ML: 0.3587 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6574
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 895 4.72 %
Rwork0.2341 18073 -
obs0.2356 18968 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3937 0 0 0 3937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50625472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0368611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4141544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.760.34781600.31922962X-RAY DIFFRACTION99.49
2.76-2.980.3321700.31882970X-RAY DIFFRACTION99.59
2.98-3.280.35271300.28682982X-RAY DIFFRACTION99.65
3.28-3.750.30041420.2593019X-RAY DIFFRACTION99.62
3.75-4.720.22721420.20913024X-RAY DIFFRACTION99.81
4.72-48.010.23211510.23116X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.00271406623-0.08379544244020.1311288614511.046953061850.1764620568251.33473193209-0.2000348185670.7495525982990.0899494308492-0.2057498914930.164657492209-0.103284073298-0.420764709693-0.161437029643-7.05240795896E-50.751207002913-0.1189034115380.009596018631750.888626180586-0.05234841317440.725433051676-33.0960043904-14.5998892573-12.1004991454
22.737183438480.49933318602-0.3392071434651.358170321390.9697612269932.36691131575-0.4438493012150.2349961075250.391212357376-0.2812633331810.305979104562-0.264150984352-0.569170300599-0.0658712331837-0.0002031417341250.755383819711-0.118535695095-0.09625825673280.6292064555570.01727124939250.75476785756-28.462069693-7.68177532765-1.45791545737
31.238806287182.268353778120.1984020341281.601388679690.2988531838280.9301900081960.1252677543520.4704649461310.1108323680530.155502973360.277251326744-0.290410766827-0.2265741519631.277116729550.001139654640210.772406405488-0.0605195776356-0.04704397881940.721444961974-0.04361018451520.699294235794-21.7751213628-9.510436816990.410991061478
41.154870493271.0262461190.1118375007990.988730893621-0.7837428237990.739943105553-0.002839680818930.130274858626-0.333597055999-0.07473329512460.07405123360620.1157710435560.289769047536-0.04764099402284.44029140296E-50.676265920404-0.06354938995310.008403659727290.653674651917-0.07497808297910.750708913591-35.4621640736-25.5842788415.96155397027
52.70769783379-1.405545869741.485840311011.80704488593-0.7378335700624.42568163111-0.185120842125-0.2583638568620.2511241044870.1480467086760.183084799022-0.227707042761-0.5654574278-0.3636327912718.91334980181E-50.6839613902350.0410389160306-0.02307596989890.623382888050.06517788928990.729437036597-43.2262740736-23.485730261124.6791780487
61.14473055868-1.530264445571.463956819581.8272570835-1.509630970921.523020490971.556150600531.562765441470.363337810138-1.567113554980.06506591913350.04570048407411.04473525004-1.142169562930.1693415348291.138324144770.360223238660.02805981323270.9773022928180.2255883195331.12153121744-42.5052185617-6.7084004071630.7762068822
73.169002177360.805508960266-0.59741999832.57857174037-1.123429062994.3394805875-0.0263450200768-0.227163107743-0.5802604534770.2609730988830.502397945050.4318467931240.482438030216-1.409144866142.27032051335E-50.836434522814-0.0298165568502-0.1600191307110.9247299809870.1765604275930.777979603436-54.2120163361-30.197521807320.0122552495
80.2246350990550.273761253826-0.199791190790.988774255878-0.05751570607780.170832924676-0.3316638887181.33168185257-0.684274177656-0.5653125302390.777432643524-0.478797798393-0.3081835248771.21544349010.0004483998431980.95204809572-0.05966881036270.1668667334461.40291163029-0.17942692880.989568555653-7.95041736848-16.3917552343-15.6928079718
9-0.00731926741709-0.0246924439356-0.11718086978-0.01040686052250.007135597273120.05668401699720.244635724146-0.1314469923381.139212409610.188744680884-0.453506622191-0.496108908295-1.112712003120.63604299468-0.001160427716461.47232339628-0.391571990989-0.1235529528691.319191176980.05167724802181.34988401199-6.23216844652-6.81292491941-15.1103159291
100.5268632509120.351103722820.1257697744840.2502716620370.1380975297690.180036298972-0.881575696141-0.527791267430.496471299725-0.123804120290.61839779939-0.806509676151-0.756123110334-0.2414792831690.0004010935245030.683944769944-0.03866751130710.1006638089350.952069188019-0.08993374704240.972850492734-8.07546939597-15.4715978219-3.98064720073
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 2:44)AA2 - 441 - 43
22(chain A and resid 45:98)AA45 - 9844 - 97
33(chain A and resid 99:130)AA99 - 13098 - 129
44(chain A and resid 131:170)AA131 - 170130 - 169
55(chain B and resid 2:88)BB3 - 881 - 86
66(chain B and resid 89:103)BB89 - 10387 - 101
77(chain B and resid 104:171)BB104 - 171102 - 169
88(chain C and resid 1:24)CC1 - 241 - 24
99(chain C and resid 25:40)CC25 - 4025 - 40
1010(chain C and resid 41:59)CC41 - 5941 - 59
1111(chain C and resid 60:76)CC60 - 7660 - 76
1212(chain D and resid 1:22)D000D2 - 221 - 21
1313(chain D and resid 23:49)D000D23 - 4922 - 48
1414(chain D and resid 50:59)D000D50 - 5949 - 58
1515(chain D and resid 60:76)D000D60 - 7659 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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