PDB-9eyg: Structure of Tannerella forsythia endopeptidase O (TfPepO)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eyg

タイトル

Structure of Tannerella forsythia endopeptidase O (TfPepO)

要素

Peptidase family M13

キーワード

HYDROLASE / protease Tannerella forsythia

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / protein processing / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zak, K.M. / Grudnik, P. / Waligorska, I. / Ksiazek, M.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Tannerella forsythia endopeptidase O (TfPepO)
著者: Zak, K. / Waligorska, I. / Ksiazek, M.

履歴

登録	2024年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eyg.cif.gz	661.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eyg.ent.gz	451 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eyg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eyg_validation.pdf.gz	496.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eyg_full_validation.pdf.gz	514.7 KB	表示
XML形式データ	9eyg_validation.xml.gz	64.9 KB	表示
CIF形式データ	9eyg_validation.cif.gz	88.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/9eyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/9eyg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidase family M13

B: Peptidase family M13

ヘテロ分子

152 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidase family M13

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
76.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidase family M13

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.414, 95.414, 301.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 28 through 62 or resid 66...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 28 through 66 or resid 68...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ASP	ASP	THR	THR	A	A	28 - 62	3 - 37
d_1	2	SER	SER	SER	SER	A	A	66	41
d_1	3	PHE	PHE	ASP	ASP	A	A	68 - 112	43 - 87
d_1	4	THR	THR	GLU	GLU	A	A	114 - 217	89 - 192
d_1	5	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	219 - 355	194 - 330
d_1	6	LEU	LEU	HIS	HIS	A	A	357 - 383	332 - 358
d_1	7	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	385 - 445	360 - 420
d_1	8	PHE	PHE	GLU	GLU	A	A	447 - 451	422 - 426
d_1	9	LEU	LEU	ILE	ILE	A	A	453 - 483	428 - 458
d_1	10	PHE	PHE	GLU	GLU	A	A	485 - 515	460 - 490
d_1	11	THR	THR	GLU	GLU	A	A	517 - 575	492 - 550
d_1	12	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	577 - 578	552 - 553
d_1	13	TYR	TYR	ALA	ALA	A	A	580 - 638	555 - 613
d_1	14	GLY	GLY	ILE	ILE	A	A	640 - 676	615 - 651
d_1	15	PEG	PEG	PEG	PEG	A	D	702
d_1	16	EDO	EDO	EDO	EDO	A	E	703
d_1	17	EDO	EDO	EDO	EDO	A	G	705
d_1	18	EDO	EDO	EDO	EDO	A	H	706
d_1	19	EDO	EDO	EDO	EDO	A	I	707
d_1	20	EDO	EDO	EDO	EDO	A	J	708
d_1	21	EDO	EDO	EDO	EDO	A	K	709
d_2	1	ASP	ASP	SER	SER	B	B	28 - 66	3 - 41
d_2	2	PHE	PHE	ASP	ASP	B	B	68 - 112	43 - 87
d_2	3	THR	THR	GLU	GLU	B	B	114 - 217	89 - 192
d_2	4	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	219 - 355	194 - 330
d_2	5	LEU	LEU	HIS	HIS	B	B	357 - 383	332 - 358
d_2	6	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	385 - 445	360 - 420
d_2	7	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	447 - 451	422 - 426
d_2	8	LEU	LEU	ILE	ILE	B	B	453 - 483	428 - 458
d_2	9	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	485 - 515	460 - 490
d_2	10	THR	THR	GLU	GLU	B	B	517 - 575	492 - 550
d_2	11	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	577 - 578	552 - 553
d_2	12	TYR	TYR	ALA	ALA	B	B	580 - 638	555 - 613
d_2	13	GLY	GLY	ILE	ILE	B	B	640 - 676	615 - 651
d_2	14	PEG	PEG	PEG	PEG	B	Y	702
d_2	15	EDO	EDO	EDO	EDO	B	Z	703
d_2	16	EDO	EDO	EDO	EDO	B	BA	705
d_2	17	EDO	EDO	EDO	EDO	B	CA	706
d_2	18	EDO	EDO	EDO	EDO	B	DA	707
d_2	19	EDO	EDO	EDO	EDO	B	EA	708
d_2	20	EDO	EDO	EDO	EDO	B	FA	709

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.994546595776, 0.0613502061254, 0.0843399136764), (0.0532694356421, 0.994057337369, -0.0949335412183), (-0.0896629023451, -0.08992309064, -0.991904431744)ベクター: ...

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Peptidase family M13 分子量: 74667.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 遺伝子: BFO_0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G8UQE9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

-
非ポリマー , 6種, 832分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE 分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3 M sodium fluoride, 0.3 M sodium bromide, 0.3 M sodium iodide, 0.1M buffer system containing imidazole / MES mix, 40% (v/v) ethylene glycol, 20% (w/v) PEG 8000, pH=6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.8 Å / Num. obs: 148384 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 9.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.07979 / Net I/σ(I): 16.92
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 1.132 / Num. unique obs: 14612 / % possible all: 99.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→48.75 Å / SU ML: 0.2543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4448
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2233	7428	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1941	140940	-	-
obs	0.1955	148368	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10482	0	153	799	11434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0089	10982
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9727	14815
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0584	1536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	1925
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.1272	4086

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.8778499016 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.4188	258	0.3789	4579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.3688	243	0.3363	4675	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.84-1.86	0.3454	261	0.3119	4596	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.86-1.89	0.3329	260	0.286	4602	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.89-1.91	0.3602	231	0.3038	4694	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.91-1.94	0.3201	232	0.2873	4637	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.94-1.97	0.2517	260	0.2408	4650	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.97-2	0.2913	257	0.2338	4611	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.2737	254	0.2294	4679	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.03-2.06	0.2554	265	0.2346	4618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2932	241	0.2628	4619	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.1-2.13	0.2952	249	0.2355	4668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2206	227	0.2081	4751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.239	248	0.2	4652	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.22-2.27	0.2313	210	0.2108	4654	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.27-2.32	0.231	266	0.205	4651	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.32-2.38	0.2397	269	0.1949	4688	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.44	0.2409	216	0.194	4692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.2289	239	0.1996	4722	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.51-2.6	0.2418	255	0.1947	4629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.2242	247	0.2016	4700	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.69-2.8	0.2541	281	0.2114	4715	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.8-2.92	0.2321	233	0.2031	4683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.08	0.2286	279	0.2008	4749	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.08-3.27	0.2205	238	0.1969	4710	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.27-3.52	0.2171	234	0.1893	4773	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.52-3.88	0.1869	219	0.1611	4761	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.88-4.44	0.1722	235	0.1485	4824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.59	0.1825	261	0.1517	4882	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-48.75	0.173	260	0.1727	5076	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.877802542269	-0.756510329917	1.10355883609	0.878597103281	-0.820076401908	0.944976264832	-0.0109011074693	-0.190702367124	0.136943395095	0.229912939065	0.0269714280902	-0.149380457522	-0.117095607388	-0.0578984215122	-0.0402097813687	0.331190964029	-0.0345896706763	0.00927951603823	0.31867331651	-0.004801634839	0.341173527567	51.6906617215	-1.2200175148	0.594828402767
2	1.07015591521	-0.0131684941479	-0.309371861798	1.23243330302	0.154797066581	0.957980861061	0.0897375074191	-0.0417345976874	-0.052814881723	-0.0398551667799	-0.00710082809216	0.0201041238769	0.062596200044	-0.0529258767919	-0.0770065576974	0.173528980236	0.00181170272892	-0.0148639059863	0.212773137134	-0.00445428340892	0.237306199569	16.6704042092	-5.319833669	-11.0345990051
3	0.548179117295	-0.271654085551	-0.0684528206745	1.11777632673	-0.718534851842	0.865212499855	0.100159750911	0.113316088769	0.0576404450118	-0.125786269053	-0.219880818295	-0.141165137969	0.146034298517	0.0329022513267	0.108623178235	0.288802754486	-0.0165025829412	0.0221996407229	0.238712014095	0.00566103321616	0.183503124598	50.951588005	-16.7698001255	-14.9382423857
4	0.431289434449	-0.942885574466	0.220595254966	0.824025493228	-0.437060061832	0.27215454055	0.109569696865	0.0788580088738	0.103249934886	0.0242114554226	-0.160188198708	0.0531610690829	0.114156324643	-0.00484916844191	0.0491942844681	0.285114216962	-0.0349566752046	0.00737104395995	0.263724802351	0.0153992543912	0.243464113364	44.244022342	-16.7969582391	-11.5029480466
5	1.26258348579	0.524687627435	0.180954771718	2.09895661842	0.372023856831	2.29312259453	0.025541880276	-0.246392259057	0.0185168306112	0.234395284156	-0.141177296103	-0.0699217277721	0.177719559916	-0.122406542168	0.107232071083	0.229862203835	-0.0160987041489	-0.0260526369333	0.204861766731	0.0194838367311	0.180046774774	56.8899659002	-25.0946042912	8.56683700997
6	0.382804529097	0.849476188726	1.2092672356	0.994418607824	1.56442439194	0.97713506647	-0.06972097993	0.0827303798186	0.0163742358611	-0.187592969539	-0.0123207986238	0.051764373712	-0.209700482599	0.0318577572906	0.0534253729223	0.356779336272	0.0629496696247	0.0294043983895	0.369827114195	0.0262235902958	0.289059047111	45.7793927577	-5.18116400783	-53.3388824897
7	1.3141268342	-0.277003500423	0.0190885148656	1.3506863242	-0.243427550371	0.99488182552	0.0825050442267	0.136914767291	-0.167553691797	-0.0169940590671	-0.0560462416873	-0.086039731158	0.164083995561	0.117738679044	-0.0245866306238	0.220612736533	0.0642325325248	-0.0226948020267	0.230926062333	-0.00286853656909	0.227563313586	80.2382851976	-9.45469770599	-38.9907850674
8	0.125781716302	0.470423586389	0.158600630938	0.663619079805	0.580979937296	0.416042784896	0.0494345813743	-0.0348396302537	-0.0157073451609	0.156954302912	-0.132564107704	-0.0139574890185	0.260913921447	0.0168222618202	0.076885352171	0.369454200107	0.057901762562	0.0503183908687	0.221445536853	0.00470306960048	0.22386402989	49.0251677447	-19.3794412923	-38.5222730487
9	1.91282293909	-0.948944880166	0.0297775417376	2.20933312028	0.0629971465477	2.45451501481	0.0328941290384	0.23842940861	-0.00536315235159	0.0567873598858	-0.154843217353	0.0705661641443	0.197790100168	0.115275672817	0.105978289083	0.205994924851	0.030542654737	0.0362202152928	0.196240952952	-0.0234576893972	0.169697432099	40.8185417079	-29.2270453928	-60.0850227983

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 28 through 111 )	A	A	28 - 111	1 - 84
2	2	chain 'A' and (resid 112 through 356 )	A	A	112 - 356	85 - 329
3	3	chain 'A' and (resid 357 through 436 )	A	A	357 - 436	330 - 409
4	4	chain 'A' and (resid 437 through 538 )	A	A	437 - 538	410 - 511
5	5	chain 'A' and (resid 539 through 677 )	A	A	539 - 677	512 - 650
6	6	chain 'B' and (resid 26 through 110 )	B	R	26 - 110	1 - 82
7	7	chain 'B' and (resid 111 through 356 )	B	R	111 - 356	83 - 328
8	8	chain 'B' and (resid 357 through 538 )	B	R	357 - 538	329 - 510
9	9	chain 'B' and (resid 539 through 677 )	B	R	539 - 677	511 - 649

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 832分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 832分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 832分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)