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- PDB-9ext: Crystal structure of Yeast Clathrin Heavy Chain N-terminal domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ext
タイトルCrystal structure of Yeast Clathrin Heavy Chain N-terminal domain bound to APL2/AP-1 Beta peptide (LLDL)
要素
  • AP-1 complex subunit beta-1
  • Clathrin heavy chain
キーワードENDOCYTOSIS / Clathrin / APL2 / AP-1 Beta / Adaptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle targeting, trans-Golgi to endosome / Lysosome Vesicle Biogenesis / VLDLR internalisation and degradation / Clathrin-mediated endocytosis / Recycling pathway of L1 / RHOV GTPase cycle / LDL clearance / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / RHOU GTPase cycle / clathrin vesicle coat ...vesicle targeting, trans-Golgi to endosome / Lysosome Vesicle Biogenesis / VLDLR internalisation and degradation / Clathrin-mediated endocytosis / Recycling pathway of L1 / RHOV GTPase cycle / LDL clearance / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / RHOU GTPase cycle / clathrin vesicle coat / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / AP-1 adaptor complex / clathrin light chain binding / Golgi to vacuole transport / clathrin complex / Golgi to endosome transport / clathrin coat of coated pit / actin cortical patch / clathrin coat assembly / cortical actin cytoskeleton organization / clathrin binding / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / receptor-mediated endocytosis / intracellular protein transport / endocytosis / structural molecule activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Clathrin heavy chain repeat homology ...Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / AP-1/2/4 complex subunit beta / AP complex subunit beta / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Clathrin heavy chain / AP-1 complex subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Defelipe, L.A. / Bento, I. / Garcia Alai, M.M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission664726European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2024
タイトル: Subtleties in Clathrin heavy chain binding boxes provide selectivity among adaptor proteins of budding yeast.
著者: Defelipe, L.A. / Veith, K. / Burastero, O. / Kupriianova, T. / Bento, I. / Skruzny, M. / Kolbel, K. / Uetrecht, C. / Thuenauer, R. / Garcia-Alai, M.M.
履歴
登録2024年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clathrin heavy chain
B: Clathrin heavy chain
D: AP-1 complex subunit beta-1
E: AP-1 complex subunit beta-1
F: AP-1 complex subunit beta-1
G: AP-1 complex subunit beta-1
H: AP-1 complex subunit beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7037
ポリマ-86,7037
非ポリマー00
1086
1
A: Clathrin heavy chain
D: AP-1 complex subunit beta-1
F: AP-1 complex subunit beta-1
G: AP-1 complex subunit beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8274
ポリマ-43,8274
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Clathrin heavy chain
E: AP-1 complex subunit beta-1
H: AP-1 complex subunit beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8763
ポリマ-42,8763
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.780, 141.780, 168.587
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid -2 through 360)
d_2ens_1(chain "B" and resid -2 through 360)
d_1ens_2chain "D"
d_2ens_2chain "E"
d_3ens_2chain "F"
d_1ens_3chain "G"
d_2ens_3chain "H"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1ALAALAARGARGAA-2 - 3602 - 364
d_2ens_1ALAALAARGARGBB-2 - 3602 - 364
d_1ens_2GLNGLNLEULEUDC2 - 72 - 7
d_2ens_2GLNGLNLEULEUED2 - 72 - 7
d_3ens_2GLNGLNLEULEUFE2 - 72 - 7
d_1ens_3ASPASPASPASPGF3 - 63 - 6
d_2ens_3ASPASPASPASPHG3 - 63 - 6

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.293958514224, -0.601142329535, -0.743112569909), (-0.605827918781, -0.484162161646, 0.631315716624), (-0.739297588756, 0.635778971713, -0.221865216712)87.8913122206, 96.510934086, 4.52844670128
2given(-0.139919162643, -0.65715975771, -0.740650849437), (-0.486203520953, -0.606022235574, 0.629557929187), (-0.862571019765, 0.44819426908, -0.234719264282)88.7144601803, 99.9380151791, 13.194896794
3given(0.812978570779, 0.568174592474, -0.127449895728), (0.380644002784, -0.35292081459, 0.85472629641), (0.44065404412, -0.743387201327, -0.503189310603)-18.8723534092, 69.5617784172, 41.2806934482
4given(-0.0737198983369, -0.718115306939, -0.692008513335), (-0.531488965409, -0.558852671433, 0.636555709487), (-0.843851205034, 0.414721710996, -0.340471799406)98.6294413639, 102.691052502, 19.9960392139

-
要素

#1: タンパク質 Clathrin heavy chain


分子量: 40976.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: CHC1, YGL206C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22137
#2: タンパク質・ペプチド
AP-1 complex subunit beta-1 / Beta-1-adaptin / Clathrin assembly protein complex 1 beta-1 large chain / Clathrin assembly protein ...Beta-1-adaptin / Clathrin assembly protein complex 1 beta-1 large chain / Clathrin assembly protein large beta-1 chain


分子量: 950.045 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36000
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.82 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 4M Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→141.78 Å / Num. obs: 45340 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 92.26 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 2.879 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4359 / CC1/2: 0.589 / Rpim(I) all: 0.785 / Rrim(I) all: 2.992 / Χ2: 1.01 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→100.25 Å / SU ML: 0.4049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.0319
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2585 2259 4.99 %
Rwork0.2289 43006 -
obs0.2304 45265 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→100.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5909 0 0 6 5915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00556009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92048165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0574978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00651052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.16832163
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.21461419901
ens_2d_2CDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.54806318152
ens_2d_3CDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.89381754656
ens_3d_2FGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.03150594506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.810.40611300.35962636X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.880.34171340.33592646X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.950.32551430.32552657X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.030.33721360.33722636X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.120.38771400.38892655X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.220.36321460.32972632X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.330.34881570.2942653X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.460.29441290.26032658X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.620.26981320.24952690X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.810.26011410.25182667X-RAY DIFFRACTION99.96
3.81-4.050.26631580.24852668X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.370.21351540.18812675X-RAY DIFFRACTION100
4.37-4.80.23391300.17312710X-RAY DIFFRACTION100
4.8-5.50.20981290.19452743X-RAY DIFFRACTION100
5.5-6.930.28071360.22852775X-RAY DIFFRACTION100
6.93-100.250.22911640.20162905X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02658585393-0.14158379007-0.5639786435651.660170191541.384065730211.62327865975-0.139218510853-0.3180026436450.760335814340.03303528408320.25757049976-0.127675053994-0.43886019361-0.142110640796-1.7876171186E-61.205653738210.0951712229981-0.05951398102931.12796540685-0.2142763927841.2211026935618.677442279269.85300008024.0883236568
22.93805065610.1320723160011.943970701471.924363109780.1846283907011.333998592860.216813656704-0.3308719742340.63406776947-0.347949226725-0.1517347299810.307175751847-0.613238783449-0.7035637674630.0004179787047751.388995382630.204301016806-0.1029760204181.09982588249-0.1427228792571.401039424291.0682324960973.2847895719-3.41083420997
31.62817637504-0.3924818931931.24852476152.548467009250.472719721991.23502409861-0.0784632284683-0.2217369534380.758106463173-0.570388400281-0.003878721182980.715627046696-0.326549673313-0.580121539275-5.5523662804E-51.14320134680.108482662918-0.1963699833471.12167909663-0.2215006623031.24298217996-4.0399662709858.7730877208-3.67853442076
43.803619240660.1804812531950.7776593201195.078425518590.7115109159020.9401422432270.181929684677-0.313746040629-0.227382986521-0.0197930507748-0.1755946030430.554879096292-0.0694525710816-0.3225655393070.0002837193549690.7907156080260.0162327886279-0.06134441116980.947556742783-0.08696566923090.9103757026736.6020559640747.69484509862.45040399189
54.121190409990.7218545459751.110929704044.497437190430.9747330571461.744453760990.00777326255773-0.181255391405-0.1193653382980.1374955739590.07999659091230.1016032479960.05462139593740.153792288638.13712401976E-50.7525988146970.0154458518439-0.02492761064490.8684688692-0.08989685537540.73242310722321.042859800448.57870127364.52118418759
61.74245389338-0.07283344012290.175601685492.04495672846-0.7919224066550.3194410088620.3450283233240.1882571316520.634436672984-0.764241143278-0.24612317492-0.151324641528-0.847905880235-0.077991595392-0.0002952036875540.9356097131580.05726819803150.08306755014170.948026795831-0.1775699110660.96953012462520.307461989665.26201946932.53093422717
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -2 through 35 )AA-2 - 351 - 38
22chain 'A' and (resid 36 through 103 )AA36 - 10339 - 106
33chain 'A' and (resid 104 through 141 )AA104 - 141107 - 144
44chain 'A' and (resid 142 through 216 )AA142 - 216145 - 219
55chain 'A' and (resid 217 through 303 )AA217 - 303220 - 306
66chain 'A' and (resid 304 through 336 )AA304 - 336307 - 339
77chain 'A' and (resid 337 through 367 )AA337 - 367340 - 370
88chain 'B' and (resid -3 through 35 )BB-3 - 351 - 39
99chain 'B' and (resid 36 through 64 )BB36 - 6440 - 68
1010chain 'B' and (resid 65 through 141 )BB65 - 14169 - 145
1111chain 'B' and (resid 142 through 238 )BB142 - 238146 - 242
1212chain 'B' and (resid 239 through 336 )BB239 - 336243 - 340
1313chain 'B' and (resid 337 through 360 )BB337 - 360341 - 364
1414chain 'D' and (resid 2 through 7 )DD2 - 71 - 6
1515chain 'E' and (resid 2 through 7 )EE2 - 71 - 6
1616chain 'F' and (resid 2 through 7 )FF2 - 71 - 6
1717chain 'G' and (resid 3 through 6 )GG3 - 61 - 4
1818chain 'H' and (resid 3 through 6 )HH3 - 61 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る