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- PDB-9exb: SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain NTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9exb
タイトルSARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain NTD
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Nucleocapsid / N-terminal domain
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / RNA stem-loop binding / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dhamotharan, K. / Schlundt, A. / Guenther, S.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SCHL2062/2-1 and 2-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)161793742 ドイツ
Other governmentGoethe-Corona-Funds
Other governmentJohanna Quandt Young Academy at Goethe (stipend number 2019/AS01)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A core network in the SARS-CoV-2 nucleocapsid NTD mediates structural integrity and selective RNA-binding.
著者: Dhamotharan, K. / Korn, S.M. / Wacker, A. / Becker, M.A. / Gunther, S. / Schwalbe, H. / Schlundt, A.
履歴
登録2024年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5784
ポリマ－59,5784
非ポリマー00
水3,981221
1
A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8951
ポリマ－14,8951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8951
ポリマ－14,8951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8951
ポリマ－14,8951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8951
ポリマ－14,8951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.916, 93.073, 96.936
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 14894.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 6000 100mM MES pH 6.0 10mM Zinc Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→96.98 Å / Num. obs: 24362 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 1.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
8.91-96.9818.30.06339.25010.9980.020.0661.1799.9
2.3-2.38224.0690.923590.5991.2244.2521.03100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
Coot0.9.8.8モデル構築
BUCCANEER3.5.2モデル構築
Aimless0.7.13データスケーリング
pointless1.12.15データスケーリング
STARANISO2.3.74データスケーリング
autoPROC1.1.17データ削減
XDSBUILT 20230630データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→67.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.485 / SU Rfree Blow DPI: 0.306
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 1154 -RANDOM
Rwork0.2686 ---
obs0.271 24288 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.9827 Å20 Å20 Å2
2---5.2236 Å20 Å2
3----14.7591 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→67.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3913 0 0 221 4134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0077838HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.914114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2250SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1263HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4024HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion512SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5685SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.12
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.31 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4006 32 -
Rwork0.3991 --
obs0.3992 486 100 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67470.22120.70630.6283-0.02910.0287-0.0794-0.0759-0.0482-0.07590.09930.1295-0.04820.1295-0.0199-0.0007-0.0402-0.01990.05840.0062-0.0776-10.2399-4.494912.3706
20.1953-0.59650.03252.5174-0.00730.21620.09230.0319-0.13340.0319-0.02340.1618-0.13340.1618-0.06890.034-0.01250.0246-0.0692-0.0135-0.0336-10.8123-29.564227.2736
30.0959-0.0506-0.71240.7751-0.40961.16240.04280.30190.03670.3019-0.1287-0.10.0367-0.10.08590.112-0.0669-0.0538-0.06640.0283-0.06485.077-1.702640.9066
40.5994-0.6385-0.376300.30131.2252-0.11280.0650.18790.065-0.06180.04130.18790.04130.1746-0.01520.0389-0.0035-0.08560.03090.202422.3257-13.006218.0096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A48 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B47 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C48 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D47 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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