PDB-9ewx: Cryo-EM structure of the Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV pilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ewx

タイトル

Cryo-EM structure of the Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV pilus

要素

Pilin

キーワード

CELL ADHESION / Type IV pilus

機能・相同性

Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / pilus / cell adhesion / membrane / Pilin

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å

データ登録者

Ochner, H. / Boehning, J. / Wang, Z. / Tarafder, A. / Caspy, I. / Bharat, T.A.M.

資金援助

英国, 4件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	225317/Z/22/Z	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_UP_1201/31	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/V026623/1	英国
The Lister Institute of Preventive Medicine	Lister Prize	英国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type-IV pilus
著者: Ochner, H. / Boehning, J. / Wang, Z. / Tarafder, A. / Caspy, I. / Bharat, T.A.M.

履歴

登録	2024年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ewx.cif.gz	562.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ewx.ent.gz	473.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ewx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ewx_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ewx_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9ewx_validation.xml.gz	92.9 KB	表示
CIF形式データ	9ewx_validation.cif.gz	123.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/9ewx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/9ewx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	50025MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Pilin

B: Pilin

C: Pilin

D: Pilin

E: Pilin

F: Pilin

G: Pilin

H: Pilin

I: Pilin

J: Pilin

K: Pilin

L: Pilin

M: Pilin

N: Pilin

O: Pilin

P: Pilin

Q: Pilin

R: Pilin

S: Pilin

T: Pilin

U: Pilin

V: Pilin

W: Pilin

342 kDa, 23 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

#1: タンパク質	... Pilin 分子量: 14878.889 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q5DVX0

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	値: 0.015 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
緩衝液	pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl
試料	濃度: 6.46 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影	平均露光時間: 6.66 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5679

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU		画像取得
4	CTFFIND	4	CTF補正
12	RELION	4	分類
13	RELION	4	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 87.39 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10.17 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114537 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	24311
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.397	33143
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.141	3429
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.044	4186
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	4209

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関連情報:EMDBヘッダ

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