PDB-9ewl: The sTeLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel (wild-type) in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ewl

タイトル

The sTeLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel (wild-type) in complex with 4-bromoamphetamine

要素

Cys-loop ligand-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

endosymbiont of Tevnia jerichonana (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Fourati, Z. / Delarue, M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Br J Pharmacol / 年: 2025
タイトル: Vestibular modulation by stimulant derivatives in a pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Emelia Karlsson / Olivia Andén / Chen Fan / Zaineb Fourati / Ahmed Haouz / Yuxuan Zhuang / Rebecca J Howard / Marc Delarue / Erik Lindahl /

要旨: BACKGROUND AND PURPOSE: Allosteric modulation of pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) are critical for the action of neurotransmitters and many psychoactive drugs. However, details of their ...
EXPERIMENTAL APPROACH: We have characterised the effects of psychostimulant derivatives on sTeLIC using two-electrode voltage-clamp electrophysiology in the presence and absence of engineered ...
KEY RESULTS: We have shown that sTeLIC is sensitive to potentiation by several amphiphilic compounds, which preferentially bind to a vestibular pocket in the contracted open-state extracellular domain.
CONCLUSIONS AND IMPLICATIONS: This work provides a detailed structure-function mechanism for allosteric potentiation via a noncanonical ligand site, with potential conservation of the eukaryotic ...

履歴

登録	2024年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ewl.cif.gz	340.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ewl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ewl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ewl_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ewl_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	9ewl_validation.xml.gz	66.2 KB	表示
CIF形式データ	9ewl_validation.cif.gz	82.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/9ewl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/9ewl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	50030C 50031C 50194C 50195C 9ewaC 9ex4C 9ex6C 9f5nC 9f5oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Cys-loop ligand-gated ion channel

BBB: Cys-loop ligand-gated ion channel

CCC: Cys-loop ligand-gated ion channel

DDD: Cys-loop ligand-gated ion channel

EEE: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

189 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	218.380, 114.320, 142.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.052, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	2	Chains AAA CCC
3	3	Chains AAA DDD
4	4	Chains AAA EEE
5	5	Chains BBB CCC
6	6	Chains BBB DDD
7	7	Chains BBB EEE
8	8	Chains CCC DDD
9	9	Chains CCC EEE
10	10	Chains DDD EEE

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 7 - 316 / Label seq-ID: 7 - 316

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質

Cys-loop ligand-gated ion channel

分子量: 37310.820 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

endosymbiont of Tevnia jerichonana (vent Tica) (バクテリア)
遺伝子: TevJSym_bc00020 / 発現宿主:

Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: G2FID1

#2: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-A1H7R / (2S)-1-(4-bromophenyl)propan-2-amine / N,N'-(9-{[4-(dimethylamino)phenyl]amino}acridine-3,6-diyl)bis(3-pyrrolidin-1-ylpropanamide)

分子量: 214.102 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂BrN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.95 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Tris pH 8.0; 150 mM MgCl2; 3% DMSO; 32% PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→25 Å / Num. obs: 33187 / % possible obs: 62.05 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 15.11
反射シェル	解像度: 3.2→3.314 Å / Num. unique obs: 1016 / CC_1/2: 0.724

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→24.001 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.84 / SU B: 21.452 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.637 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2602	1609	4.848 %
R_work	0.2154	31578	-
all	0.218	-	-
obs	-	33187	62.136 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.629 Å²	0 Å²	2.586 Å²
2-	-	-0.433 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.836 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→24.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12830	0	139	36	13005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	13334
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	1.639	18089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.187	1.583	28429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.735	5	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.337	21.722	755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.449	15	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.481	15	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	14795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	12647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	6366
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	6092
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.102	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.778	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.439	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.315	7.792	6195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.308	7.792	6194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.562	11.68	7735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.561	11.681	7736
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.003	8.418	7139
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.003	8.419	7140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.438	12.457	10354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.438	12.457	10355
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.959	88.806	14846
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.96	88.821	14843
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.039	0.05	10639
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.034	0.05	10653
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.028	0.05	10654
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.04	0.05	10634
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.043	0.05	10624
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.038	0.05	10652
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.045	0.05	10623
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.034	0.05	10613
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.041	0.05	10604
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.039	0.05	10629

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.282	0.301	36	0.311	670	X-RAY DIFFRACTION	18.3472
3.282-3.37	0.291	48	0.309	788	X-RAY DIFFRACTION	21.902
3.37-3.466	0.332	51	0.28	966	X-RAY DIFFRACTION	27.7566
3.466-3.57	0.273	43	0.249	1086	X-RAY DIFFRACTION	31.6512
3.57-3.685	0.296	59	0.259	1180	X-RAY DIFFRACTION	36.0804
3.685-3.811	0.307	63	0.241	1330	X-RAY DIFFRACTION	41.5449
3.811-3.952	0.297	76	0.237	1492	X-RAY DIFFRACTION	48.2759
3.952-4.109	0.286	88	0.245	1713	X-RAY DIFFRACTION	57.7059
4.109-4.286	0.283	97	0.225	2055	X-RAY DIFFRACTION	72.3118
4.286-4.489	0.278	108	0.231	2234	X-RAY DIFFRACTION	81.8595
4.489-4.723	0.231	129	0.194	2351	X-RAY DIFFRACTION	89.5954
4.723-4.999	0.263	117	0.2	2361	X-RAY DIFFRACTION	96.5329
4.999-5.329	0.253	117	0.208	2340	X-RAY DIFFRACTION	99.7969
5.329-5.734	0.253	116	0.203	2162	X-RAY DIFFRACTION	99.781
5.734-6.248	0.239	115	0.174	2005	X-RAY DIFFRACTION	99.9529
6.248-6.932	0.235	82	0.177	1859	X-RAY DIFFRACTION	100
6.932-7.904	0.216	89	0.154	1643	X-RAY DIFFRACTION	100
7.904-9.447	0.177	74	0.157	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
9.447-12.497	0.177	55	0.169	1148	X-RAY DIFFRACTION	100
12.497-24.001	0.421	46	0.409	779	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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