PDB-9evl: Crystal Structure of human Collagen Hydroxylysine Galactosyltrans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9evl

タイトル

Crystal Structure of human Collagen Hydroxylysine Galactosyltransferase GLT25D1/COLGALT1: Hg2+ soak for experimental phasing

要素

Procollagen galactosyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / Collagen Biosynthesis / Extracellular Matrix / Post-translational modifications / Glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

procollagen galactosyltransferase / procollagen galactosyltransferase activity / positive regulation of collagen fibril organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / protein O-linked glycosylation / collagen fibril organization / endoplasmic reticulum lumen / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

De Marco, M. / Scietti, L. / Rai, S.R. / Mattoteia, D. / Pinnola, A. / Forneris, F.

資金援助

イタリア,

米国,

日本, 5件

組織	認可番号	国
Italian Association for Cancer Research	MFAG 20075	イタリア
Italian Association for Cancer Research	BRIDGE 27004	イタリア
The Giovanni Armenise-Harvard Foundation	CDA 2013	米国
Mizutani Foundation for Glycoscience	200039	日本
Other private		米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular structure and enzymatic mechanism of the human collagen hydroxylysine galactosyltransferase GLT25D1/COLGALT1.
著者: De Marco, M. / Rai, S.R. / Scietti, L. / Mattoteia, D. / Liberi, S. / Moroni, E. / Pinnola, A. / Vetrano, A. / Iacobucci, C. / Santambrogio, C. / Colombo, G. / Forneris, F.

履歴

登録	2024年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_assembly_prop.value

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9evl.cif.gz	451.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9evl.ent.gz	371.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9evl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9evl_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9evl_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9evl_validation.xml.gz	41.7 KB	表示
CIF形式データ	9evl_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/9evl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/9evl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9evjC 9evkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SAS5562associated SAS data, draft id 5562

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
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セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
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ロドプシン (Rhodopsin)
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アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Procollagen galactosyltransferase 1

B: Procollagen galactosyltransferase 1

ヘテロ分子

141 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS confirms dimers in solution, microscopy, mass photometry confirms dimers, SAXS, SEC-SAXS confirms elongated dimers

単位格子

Length a, b, c (Å)	220.187, 220.187, 220.187
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Procollagen galactosyltransferase 1 / Collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 / ColGalT 1 / Glycosyltransferase 25 family member 1 / ...Collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 / ColGalT 1 / Glycosyltransferase 25 family member 1 / Hydroxylysine galactosyltransferase 1 分子量: 68589.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal GS and C-terminal AAA are restriction scars introduced by recombinant expression vector 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COLGALT1, GLT25D1, PSEC0241 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NBJ5, procollagen galactosyltransferase

#1: タンパク質

Procollagen galactosyltransferase 1 / Collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 / ColGalT 1 / Glycosyltransferase 25 family member 1 / ...

分子量: 68589.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal GS and C-terminal AAA are restriction scars introduced by recombinant expression vector
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COLGALT1, GLT25D1, PSEC0241 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NBJ5, procollagen galactosyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 26分子

#2: 化合物	ChemComp-HG / MERCURY (II) ION 分子量: 200.590 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE / UDP-ガラクト-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 8% poly-ethylene-glycol (PEG) MW 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES)/NaOH, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49.24 Å / Num. obs: 84831 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.169 / R_pim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.91 Å / 冗長度: 23.3 % / R_merge(I) obs: 3.609 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4551 / CC_1/2: 0.599 / R_pim(I) all: 1.093 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→49.24 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	4203	4.95 %
R_work	0.2021	-	-
obs	0.204	84831	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8503	0	114	4	8621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.564	12003
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.355	3325
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1282
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.83	0.3483	114	0.358	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.87	0.3544	128	0.3303	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.9	0.3643	162	0.3409	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.94	0.4515	122	0.4312	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-2.98	0.4304	114	0.3869	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.02	0.3929	144	0.3444	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.06	0.3466	116	0.3043	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.11	0.2818	112	0.2834	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.15	0.2983	152	0.2722	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.2	0.287	104	0.2602	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.26	0.3025	112	0.2675	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.32	0.2858	174	0.2549	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.38	0.2698	140	0.2545	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.45	0.3237	160	0.2487	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.53	0.3063	150	0.2458	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.61	0.2587	190	0.2211	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.7	0.2358	138	0.2108	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.8	0.251	122	0.195	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-3.91	0.3097	154	0.1835	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.04	0.2713	148	0.1727	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.18	0.2215	168	0.199	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.35	0.216	150	0.1793	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-4.55	0.1723	110	0.1621	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-4.79	0.2036	138	0.157	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-5.09	0.2072	176	0.1622	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-5.48	0.2057	148	0.1908	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
5.48-6.03	0.226	156	0.208	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
6.03-6.89	0.2929	116	0.1901	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9-8.68	0.2085	118	0.1724	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
8.69-49.24	0.1757	167	0.1627	2634	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4755	-0.2707	-0.2389	2.8274	0.9575	3.3517	-0.2927	-0.4629	0.0035	0.2558	0.1686	0.0972	-0.5319	0.222	0.1314	0.8258	0.1548	0.0062	0.5549	0.0348	0.4071	44.9806	56.196	81.9793
2	1.2339	-0.7807	-1.0909	2.9302	2.5442	2.445	-0.0305	0.0533	-0.1553	0.0232	-0.4799	0.9237	-0.0363	-0.7899	0.4371	1.0618	0.1984	0.1087	1.1837	-0.0743	0.8617	22.5494	66.6544	98.294
3	1.99	1.8612	0.6322	6.0552	-0.9077	2.8951	-0.3819	0.7921	1.2797	-0.3239	0.1911	0.8633	-0.9174	-1.2906	0.2758	1.5389	0.5226	-0.0761	1.9886	0.0873	1.5887	4.3009	92.5196	93.9402
4	2.6034	0.6305	0.3705	2.6295	-0.4436	3.4515	0.2742	-0.4855	0.6129	0.1734	-0.2419	0.6481	-0.9793	-0.5288	-0.0493	1.2358	0.312	0.2253	1.1153	-0.1349	0.8036	22.82	86.6247	105.0549
5	1.7906	-1.9024	0.1783	5.6636	0.7301	0.9105	-0.1466	0.1989	0.4546	-0.2958	-0.1604	1.3116	-1.1012	-0.2194	0.295	1.7545	0.3461	0.1106	1.0568	-0.111	1.1303	22.5229	94.0341	100.6088
6	1.894	-0.1701	0.0152	2.0919	0.3875	2.0755	-0.1246	-0.2037	-0.4731	0.1841	0.0884	0.0497	0.2184	0.1195	0.012	0.6565	0.0447	0.1403	0.4255	0.0669	0.5816	47.5177	23.5157	64.2842
7	4.4982	-0.4115	-2.5497	2.9796	-0.5979	7.4492	-0.5289	0.9333	-0.55	-0.5227	0.0646	-0.1654	0.7461	-0.9999	0.444	0.9855	-0.0285	-0.0436	0.7113	-0.1146	0.7551	34.7845	19.3381	45.6642
8	2.9025	0.2486	0.1747	3.6265	-0.5224	1.9674	-0.0847	0.1569	-0.1294	-0.4263	0.233	0.8899	-0.1835	-0.3996	-0.0331	0.7242	-0.0173	0.1099	0.5742	0.0439	0.8213	29.9135	24.3829	61.2734
9	2.6367	-1.8643	-0.5507	1.3218	0.7066	2.8081	0.0691	0.1994	-0.396	-0.563	-0.0605	-0.419	0.3346	0.1059	0.0724	0.9072	-0.0391	0.1559	0.5783	-0.0609	0.8523	49.5095	12.2356	49.0791
10	1.3095	-0.0731	-1.2064	1.1035	2.0085	5.0944	-0.2692	0.3993	-0.0779	-0.2977	0.2338	0.0764	0.1896	0.6602	-0.0266	1.2837	0.1453	0.2057	0.9255	-0.0066	1.0097	67.3154	6.8782	29.762
11	2.8966	0.6564	-0.5001	2.7783	-0.9443	4.3528	-0.285	0.6652	-0.822	-0.3359	-0.2286	0.7828	1.2153	-0.1834	0.4076	1.4849	0.0292	0.2343	0.8451	-0.1847	1.3263	53.7138	-4.9817	33.1341
12	2.6126	0.0936	-0.5906	3.7258	0.4701	5.0569	-0.1785	1.0634	-0.7953	-1.3376	-0.0915	0.5324	1.2541	0.0772	0.2801	1.9028	0.1945	0.1881	1.2635	-0.224	1.1347	63.7017	-5.849	19.9902
13	1.1795	-1.3038	-0.6294	5.8673	4.8263	7.7468	-0.2496	1.237	-0.7785	-0.6235	-0.4421	1.0529	0.8514	0.2353	0.6976	1.5531	0.0201	-0.0027	1.2235	-0.3655	1.2728	54.1753	-3.6591	21.3744

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 300 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 301 through 373 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 374 through 407 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 408 through 528 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 529 through 561 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 42 through 190 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 191 through 236 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 237 through 283 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 284 through 318 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 319 through 426 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 427 through 497 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 498 through 528 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 529 through 561 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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