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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9eve | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ARM domain of human ZNFX1 | ||||||
![]() | NFX1-type zinc finger-containing protein 1 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Helicase / E3 ligase / armadillo domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / negative regulation of viral genome replication / activation of innate immune response / helicase activity / cytoplasmic stress granule / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / defense response to bacterium / innate immune response ...nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / negative regulation of viral genome replication / activation of innate immune response / helicase activity / cytoplasmic stress granule / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / defense response to bacterium / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grabarczyk, D.B. / Deszcz, L. / Clausen, T. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Antiviral mechanism of the non-canonical E3 ligase ZNFX1 著者: Grabarczyk, D.B. / Clausen, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 17 - 189 / Label seq-ID: 17 - 189
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.909738830297, -0.0293364556705, 0.414143251808), (-0.0317716052761, -0.999494646069, -0.00100875084877), (0.413963556062, -0.012240296107, -0.910211156493) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.909738830297, -0.0293364556705, 0.414143251808), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22463.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, NaCl, citrate pH 4.2, glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.67→51.57 Å / Num. obs: 4452 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 66.91 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.67→4.02 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Num. unique obs: 961 / CC1/2: 0.995 / % possible all: 89.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.67→44.3 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.398054491818 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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