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- PDB-9evd: In situ structure of the peripheral stalk of the mitochondrial AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9evd
タイトルIn situ structure of the peripheral stalk of the mitochondrial ATPsynthase in whole Polytomella cells
要素
  • (Mitochondrial ATP synthase subunit ...) x 3
  • (Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated ...) x 2
  • ASA-10: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 10
  • ASA-9: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 9
  • ATP synthase associated protein ASA1
  • Mitochondrial ATP synthase associated protein ASA7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ATP synthesis / in situ / OXPHOS
機能・相同性
機能・相同性情報


: / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
: / F1F0 ATP synthase subunit ASA5 / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 14 kDa protein / ASA-9: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 9 / ASA-10: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 10 / Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6 / Mitochondrial ATP synthase associated protein ASA7 / Mitochondrial ATP synthase subunit ASA8 / F-ATPase protein 6 / Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 32 kDa protein / ATP synthase associated protein ASA1
類似検索 - 構成要素
生物種Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Dietrich, L. / Agip, A.N.A. / Kuehlbrandt, W.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR2848 ドイツ
引用
ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: In situ structure and rotary states of mitochondrial ATP synthase in whole cells.
著者: Lea Dietrich / Ahmed-Noor A Agip / Christina Kunz / Andre Schwarz / Werner Kühlbrandt /
要旨: Cells depend on a continuous supply of adenosine triphosphate (ATP), the universal energy currency. In mitochondria, ATP is produced by a series of redox reactions, whereby an electrochemical ...Cells depend on a continuous supply of adenosine triphosphate (ATP), the universal energy currency. In mitochondria, ATP is produced by a series of redox reactions, whereby an electrochemical gradient is established across the inner mitochondrial membrane. The ATP synthase harnesses the energy of the gradient to generate ATP from adenosine diphosphate (ADP) and inorganic phosphate. We determined the structure of ATP synthase within mitochondria of the unicellular flagellate by electron cryo-tomography and subtomogram averaging at up to 4.2-angstrom resolution, revealing six rotary positions of the central stalk, subclassified into 21 substates of the F head. The ATP synthase forms helical arrays with multiple adjacent rows defining the cristae ridges. The structure of ATP synthase under native operating conditions in the presence of a membrane potential represents a pivotal step toward the analysis of membrane protein complexes in situ.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams /
要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps.
#2: ジャーナル: Protein Sci / 年: 2018
タイトル: UCSF ChimeraX: Meeting modern challenges in visualization and analysis.
著者: Thomas D Goddard / Conrad C Huang / Elaine C Meng / Eric F Pettersen / Gregory S Couch / John H Morris / Thomas E Ferrin /
要旨: UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and ...UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and disparate types of data attendant with cutting-edge experimental methods, while providing advanced options for high-quality rendering (interactive ambient occlusion, reliable molecular surface calculations, etc.) and professional approaches to software design and distribution. This article highlights some specific advances in the areas of visualization and usability, performance, and extensibility. ChimeraX is free for noncommercial use and is available from http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ for Windows, Mac, and Linux.
履歴
登録2024年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: ASA-10: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 10
1: ATP synthase associated protein ASA1
3: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 32 kDa protein
5: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 14 kDa protein
6: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6
7: Mitochondrial ATP synthase associated protein ASA7
8: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA8
9: ASA-9: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 9
M: Mitochondrial ATP synthase subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,4119
ポリマ－218,4119
非ポリマー00
水00
1
0: ASA-10: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 10
1: ATP synthase associated protein ASA1
3: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 32 kDa protein
5: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 14 kDa protein
6: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6
7: Mitochondrial ATP synthase associated protein ASA7
8: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA8
9: ASA-9: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 9
M: Mitochondrial ATP synthase subunit 6

0: ASA-10: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 10
1: ATP synthase associated protein ASA1
3: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 32 kDa protein
5: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 14 kDa protein
6: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6
7: Mitochondrial ATP synthase associated protein ASA7
8: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA8
9: ASA-9: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 9
M: Mitochondrial ATP synthase subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)436,82318
ポリマ－436,82318
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 0179

#1: タンパク質 ASA-10: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 10


分子量: 8731.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物) / 参照: UniProt: A0A5H1ZR95
#2: タンパク質 ATP synthase associated protein ASA1


分子量: 68679.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物) / 参照: UniProt: Q85JD5
#6: タンパク質 Mitochondrial ATP synthase associated protein ASA7


分子量: 20553.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物) / 参照: UniProt: D8V7I2
#8: タンパク質 ASA-9: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 9 / Mitochondrial ATP synthase subunit ASA9


分子量: 11001.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物) / 参照: UniProt: A0A5H1ZR73

-
Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated ... , 2種, 2分子 35

#3: タンパク質 Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 32 kDa protein


分子量: 34850.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物) / 参照: UniProt: K0J903
#4: タンパク質 Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 14 kDa protein


分子量: 14004.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物) / 参照: UniProt: A0A024FSR7

-
Mitochondrial ATP synthase subunit ... , 3種, 3分子 68M

#5: タンパク質 Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6


分子量: 15904.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物) / 参照: UniProt: D7P897
#7: タンパク質 Mitochondrial ATP synthase subunit ASA8


分子量: 9883.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物) / 参照: UniProt: D8V7I7
#9: タンパク質 Mitochondrial ATP synthase subunit 6


分子量: 34802.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物) / 参照: UniProt: H8PGG3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Polytomella sp. / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Polytomella (植物)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: GP2

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 53000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.9 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 120 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4040

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1STOPGAPvolume selection
2SerialEM画像取得
4WarpCTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
10RELION最終オイラー角割当
12Coot３次元再構成
13ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238622 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 255 / Num. of volumes extracted: 363061

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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