PDB-9eue: The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 23a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eue

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 23a

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peptidylprolyl isomerase / response to cocaine ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: 1,4-Pyrazolyl-Containing SAFit-Analogues are Selective FKBP51 Inhibitors With Improved Ligand Efficiency and Drug-Like Profile.
著者: Buffa, V. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Bauder, M. / Gaali, S. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9eue_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eue_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9eue_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	9eue_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eue	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9eu6C 9eu7C 9eu8C 9eu9C 9euaC 9eubC 9eucC 9eudC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.027, 49.027, 196.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1H68 / (1-methylpyrazol-4-yl)methyl (2S)-1-[(2S)-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidine-2-carboxylate 分子量: 513.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₉N₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→42.495 Å / Num. obs: 19549 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.94-42.46	8.5	0.047	287	0.999	0.021	0.052
2-2.05	11.1	0.916	1422	0.826	0.412	1.006

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→42.495 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 9.777 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	963	4.942 %
R_work	0.2117	18522	-
all	0.214	-	-
obs	-	19485	99.933 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.664 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.718 Å²	-0.359 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.718 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.328 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.495 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1856	0	74	84	2014

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.84	1.818	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.632	1.73	4247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.562	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.429	14.375	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.452	10	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.779	10	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	977
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	977
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.097	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.012	2.842	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.997	2.841	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.095	5.102	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.097	5.103	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.039	2.893	954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.038	2.893	955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.343	5.257	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.341	5.257	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.143	26.879	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.144	26.685	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.097	0.05	3507

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09741	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09741	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.297	73	0.255	1340	0.257	1414	0.929	0.952	99.9293	0.248
2.052-2.108	0.363	48	0.236	1301	0.24	1349	0.896	0.96	100	0.224
2.108-2.169	0.314	60	0.236	1284	0.24	1344	0.939	0.961	100	0.219
2.169-2.235	0.26	63	0.218	1270	0.22	1333	0.961	0.967	100	0.2
2.235-2.309	0.262	60	0.216	1155	0.218	1215	0.953	0.969	100	0.197
2.309-2.389	0.264	97	0.218	1119	0.222	1216	0.954	0.968	100	0.199
2.389-2.479	0.265	66	0.227	1127	0.229	1194	0.962	0.967	99.9163	0.208
2.479-2.58	0.25	66	0.216	1088	0.218	1154	0.958	0.97	100	0.201
2.58-2.694	0.283	73	0.228	1007	0.232	1080	0.954	0.965	100	0.212
2.694-2.825	0.239	26	0.241	1023	0.241	1049	0.954	0.961	100	0.227
2.825-2.977	0.28	39	0.239	963	0.24	1002	0.945	0.962	100	0.229
2.977-3.157	0.303	36	0.231	929	0.234	965	0.933	0.964	100	0.227
3.157-3.374	0.246	57	0.243	829	0.243	887	0.958	0.961	99.8873	0.246
3.374-3.642	0.257	44	0.222	801	0.224	845	0.966	0.972	100	0.226
3.642-3.987	0.235	33	0.192	761	0.193	794	0.979	0.981	100	0.2
3.987-4.452	0.213	45	0.163	685	0.166	731	0.976	0.985	99.8632	0.18
4.452-5.132	0.165	31	0.156	593	0.157	625	0.985	0.986	99.84	0.181
5.132-6.262	0.246	14	0.195	546	0.196	560	0.954	0.979	100	0.217
6.262-8.762	0.305	15	0.212	434	0.215	451	0.957	0.976	99.5565	0.244
8.762-42.495	0.271	17	0.259	267	0.26	289	0.955	0.934	98.2699	0.304

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8877	-0.5892	1.2469	2.9274	0.1158	2.8295	0.3578	0.3553	-0.4741	-0.2904	-0.1985	0.2548	0.2234	0.1589	-0.1593	0.1477	0.0952	-0.0243	0.0653	-0.0297	0.0716	-9.9729	-14.9065	-29.7673
2	3.0136	-0.275	-0.2592	3.0602	0.3061	3.8909	0.0771	-0.0852	0.5926	-0.1022	-0.1516	0.3376	-0.3296	-0.1253	0.0745	0.0953	-0.0102	0.0129	0.0223	-0.0461	0.1738	-18.5395	0.3143	-4.0938

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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