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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9eu6 | ||||||
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Title | The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 23j | ||||||
![]() | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 | ||||||
![]() | ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor / Complex | ||||||
Function / homology | ![]() FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding / protein-macromolecule adaptor activity / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Meyners, C. / Buffa, V. / Hausch, F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: 1,4-Pyrazolyl-containing SAFit-analogues are selective FKBP51 inhibitors with improved ligand efficiency and drug-like profile. Authors: Buffa, V. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Bauder, M. / Gaali, S. / Hausch, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 827 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 9eu7C ![]() 9eu8C ![]() 9eu9C ![]() 9euaC ![]() 9eubC ![]() 9eucC ![]() 9eudC ![]() 9eueC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14004.026 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A19T, C103A, C107I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase #2: Chemical | ChemComp-A1H7U / ( | Mass: 527.652 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Formula: C29H41N3O6 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 45% Pentaerythritol propoxylate 5/4 PO/OH, 15% ethanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 10, 2022 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.54→47.02 Å / Num. obs: 36113 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 14.6 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.975 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.54→41.756 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |