PDB-9eud: The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 23c

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eud

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 23c

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / peptidylprolyl isomerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.022 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: 1,4-Pyrazolyl-Containing SAFit-Analogues are Selective FKBP51 Inhibitors With Improved Ligand Efficiency and Drug-Like Profile.
著者: Buffa, V. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Bauder, M. / Gaali, S. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb9eud.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9eud_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eud_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9eud_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	9eud_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eud	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
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グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.439, 48.439, 190.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 20 - 139 / Label seq-ID: 8 - 127

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1H7G / (1-propan-2-ylpyrazol-4-yl)methyl (2S)-1-[(2S)-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidine-2-carboxylate 分子量: 541.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₃N₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG3350, 0.2M sodium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.02→47.54 Å / Num. obs: 16731 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.04-47.54	7.9	0.06	265	0.999	0.028	0.067
2.02-2.07	3.5	1.411	1106	0.324	0.852	1.663

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.022→40.998 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 18.993 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.221 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	831	4.984 %
R_work	0.264	15841	-
all	0.266	-	-
obs	-	16672	93.616 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.001 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.427 Å²	-0.213 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.427 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.385 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.022→40.998 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1747	0	78	25	1850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.696	1.841	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.22	1.795	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.833	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.586	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.165	10	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.412	10	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.37	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	919
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.446	2.803	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.445	2.803	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.717	5.03	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.716	5.029	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.097	2.769	870
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.096	2.769	871
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.118	5.088	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.117	5.086	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.083	25.853	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.082	25.851	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.101	0.05	3257

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10085	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10085	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.022-2.074	0.395	68	0.373	1035	0.374	1253	0.846	0.884	88.0287	0.374
2.074-2.131	0.404	71	0.338	1058	0.342	1257	0.863	0.907	89.817	0.34
2.131-2.193	0.355	36	0.341	1105	0.341	1227	0.893	0.898	92.991	0.336
2.193-2.26	0.363	42	0.319	1014	0.321	1174	0.899	0.914	89.9489	0.308
2.26-2.334	0.317	46	0.304	984	0.304	1159	0.924	0.932	88.8697	0.295
2.334-2.415	0.324	55	0.282	975	0.284	1129	0.923	0.942	91.2312	0.267
2.415-2.506	0.326	40	0.268	926	0.271	1059	0.914	0.945	91.2181	0.254
2.506-2.608	0.33	60	0.259	900	0.264	1053	0.929	0.956	91.1681	0.24
2.608-2.724	0.317	51	0.267	875	0.269	993	0.916	0.954	93.2528	0.25
2.724-2.856	0.363	34	0.255	879	0.259	973	0.907	0.954	93.8335	0.247
2.856-3.01	0.31	48	0.245	825	0.249	917	0.937	0.956	95.2017	0.237
3.01-3.191	0.345	47	0.236	787	0.241	862	0.915	0.959	96.7517	0.248
3.191-3.41	0.252	32	0.259	766	0.258	818	0.961	0.957	97.555	0.269
3.41-3.681	0.282	50	0.262	726	0.263	782	0.95	0.957	99.2327	0.278
3.681-4.029	0.287	30	0.263	698	0.264	731	0.932	0.954	99.5896	0.28
4.029-4.499	0.233	48	0.237	585	0.237	639	0.956	0.96	99.061	0.267
4.499-5.185	0.337	18	0.215	568	0.219	589	0.926	0.966	99.4907	0.249
5.185-6.325	0.35	20	0.26	492	0.263	512	0.929	0.953	100	0.302
6.325-8.84	0.279	17	0.285	394	0.285	411	0.953	0.945	100	0.363
8.84-40.998	0.337	18	0.281	249	0.286	269	0.905	0.934	99.2565	0.426

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8966	-0.4665	1.3067	2.5801	-0.3259	3.3069	-0.0348	-0.0054	-0.5783	-0.1462	0.0325	-0.1866	0.055	0.0457	0.0023	0.0739	-0.0147	0.0033	0.0087	0.006	0.1298	19.1982	0.8717	-4.1537
2	5.0807	-0.3748	-1.239	2.8424	-0.2892	2.3377	0.2993	0.2484	0.3453	-0.2821	-0.2089	-0.1384	-0.1769	-0.0455	-0.0904	0.1713	0.1131	-0.0229	0.0787	-0.0123	0.0536	9.3026	16.1907	-28.3617

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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