PDB-9euc: The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 23b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9euc

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 23b

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: 1,4-Pyrazolyl-containing SAFit-analogues are selective FKBP51 inhibitors with improved ligand efficiency and drug-like profile.
著者: Buffa, V. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Bauder, M. / Gaali, S. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9euc.cif.gz	241.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9euc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9euc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9euc_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9euc_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9euc_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	9euc_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9euc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9euc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eu6C 9eu7C 9eu8C 9eu9C 9euaC 9eubC 9eudC 9eueC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.962, 48.962, 195.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1H7F / (1-ethylpyrazol-4-yl)methyl (2S)-1-[(2S)-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidine-2-carboxylate 分子量: 527.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₁N₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG3350, 0.2M sodium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→42.438 Å / Num. obs: 11402 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 25.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.98-42.4	7.5	0.032	283	0.998	0.016	0.036
2.4-2.49	9.8	0.287	1181	0.963	0.139	0.32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→42.438 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 19.469 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.28 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2788	613	5.399 %
R_work	0.2505	10742	-
all	0.252	-	-
obs	-	11355	99.921 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.746 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.535 Å²	-0.268 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.535 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.737 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.438 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1722	0	76	20	1818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.573	1.848	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.247	1.797	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.457	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.034	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.01	10	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.097	10	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.412	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	372
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	909
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.051	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.106	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.042	2.907	981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.041	2.907	981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.122	5.209	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.121	5.21	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.049	2.996	859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.048	2.997	860
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.19	5.474	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.189	5.474	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.854	27.188	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.855	27.193	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.086	0.05	3161

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08575	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08575	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.463	0.418	43	0.312	780	0.318	823	0.897	0.935	100	0.282
2.463-2.53	0.34	32	0.259	748	0.262	780	0.934	0.958	100	0.236
2.53-2.603	0.254	22	0.232	769	0.233	791	0.941	0.964	100	0.214
2.603-2.683	0.273	32	0.255	719	0.255	751	0.952	0.963	100	0.23
2.683-2.77	0.289	38	0.25	677	0.252	715	0.95	0.962	100	0.229
2.77-2.867	0.339	36	0.245	687	0.249	724	0.901	0.959	99.8619	0.23
2.867-2.975	0.326	25	0.264	642	0.266	667	0.931	0.951	100	0.25
2.975-3.096	0.375	46	0.267	638	0.274	685	0.919	0.947	99.854	0.258
3.096-3.232	0.294	34	0.274	598	0.275	632	0.938	0.942	100	0.264
3.232-3.389	0.315	30	0.28	571	0.281	601	0.902	0.948	100	0.279
3.389-3.571	0.339	49	0.263	537	0.269	586	0.944	0.958	100	0.265
3.571-3.786	0.256	27	0.251	533	0.251	560	0.954	0.966	100	0.254
3.786-4.045	0.219	28	0.224	504	0.223	532	0.97	0.971	100	0.232
4.045-4.366	0.236	33	0.212	446	0.214	480	0.961	0.973	99.7917	0.225
4.366-4.778	0.195	33	0.199	436	0.198	469	0.978	0.973	100	0.216
4.778-5.333	0.256	25	0.218	398	0.22	424	0.957	0.968	99.7642	0.242
5.333-6.142	0.3	20	0.274	362	0.276	383	0.937	0.952	99.7389	0.298
6.142-7.484	0.285	21	0.303	287	0.302	309	0.944	0.945	99.6764	0.333
7.484-10.423	0.301	23	0.234	247	0.239	271	0.933	0.966	99.631	0.271
10.423-42.438	0.276	16	0.332	163	0.328	180	0.955	0.936	99.4444	0.403

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4118	-1.5776	-0.5325	4.5543	1.3491	4.1523	-0.1162	-0.6384	0.5451	0.1054	0.339	-0.2337	-0.0642	0.3421	-0.2228	0.0066	0.013	-0.0109	0.3191	0.0299	0.1408	7.893	15.8372	29.1554
2	3.1195	0.3954	0.7053	2.9926	-0.8302	4.6587	-0.0795	-0.1335	-0.1321	-0.0137	-0.1383	0.678	-0.1879	-0.1736	0.2179	0.1715	-0.0345	-0.0813	0.1539	0.0202	0.2634	-9.3323	16.1454	3.7712

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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