PDB-9eua: The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 23d

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eua

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 23d

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / peptidylprolyl isomerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: 1,4-Pyrazolyl-Containing SAFit-Analogues are Selective FKBP51 Inhibitors With Improved Ligand Efficiency and Drug-Like Profile.
著者: Buffa, V. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Bauder, M. / Gaali, S. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eua.cif.gz	248.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eua.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9eua_validation.pdf.gz	1015.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eua_full_validation.pdf.gz	1020 KB	表示
XML形式データ	9eua_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	9eua_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eua	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9eu6C 9eu7C 9eu8C 9eu9C 9eubC 9eucC 9eudC 9eueC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.952, 48.952, 195.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1H7D / (1-propylpyrazol-4-yl)methyl (2S)-1-[(2S)-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidine-2-carboxylate 分子量: 541.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₃N₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG3350, 0.2M ammonium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→48.99 Å / Num. obs: 10131 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.093 / R_rim(I) all: 0.209 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.01-48.99	7.1	0.079	274	0.998	0.039	0.088
2.5-2.6	7.5	1.739	1103	0.622	0.894	1.969

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→42.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / SU B: 37.968 / SU ML: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.604 / ESU R Free: 0.34 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3042	478	4.742 %
R_work	0.2562	9603	-
all	0.258	-	-
obs	-	10081	99.753 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.631 Å²	-0.816 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.631 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.293 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1773	0	78	9	1860

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.673	1.848	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.385	1.803	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.637	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.508	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.641	10	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.902	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.54	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	376
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	950
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	994
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.081	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.14	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.044	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.031	2.864	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.031	2.864	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.339	5.139	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.337	5.14	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.926	2.909	867
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.925	2.91	868
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.195	5.326	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.194	5.327	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.133	26.637	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.132	26.644	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.098	0.05	3343

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09801	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09801	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.428	35	0.346	691	0.35	730	0.834	0.884	99.4521	0.347
2.565-2.635	0.39	41	0.339	665	0.342	709	0.827	0.886	99.5769	0.342
2.635-2.711	0.405	40	0.327	636	0.331	677	0.877	0.912	99.8523	0.326
2.711-2.794	0.563	16	0.315	633	0.32	651	0.814	0.919	99.6928	0.313
2.794-2.885	0.265	22	0.302	654	0.301	677	0.948	0.927	99.8523	0.292
2.885-2.986	0.388	26	0.303	580	0.307	606	0.908	0.927	100	0.291
2.986-3.098	0.359	35	0.284	585	0.289	624	0.911	0.935	99.359	0.271
3.098-3.224	0.328	35	0.257	545	0.261	580	0.924	0.95	100	0.241
3.224-3.366	0.277	27	0.266	533	0.266	561	0.94	0.943	99.8217	0.258
3.366-3.529	0.278	30	0.247	530	0.249	560	0.947	0.957	100	0.235
3.529-3.719	0.329	20	0.245	500	0.248	520	0.922	0.96	100	0.239
3.719-3.943	0.26	23	0.222	466	0.224	490	0.967	0.968	99.7959	0.216
3.943-4.212	0.213	19	0.217	446	0.217	465	0.962	0.968	100	0.212
4.212-4.546	0.27	29	0.183	408	0.188	437	0.939	0.977	100	0.185
4.546-4.974	0.249	26	0.199	399	0.202	425	0.956	0.972	100	0.2
4.974-5.552	0.381	15	0.259	342	0.264	358	0.915	0.96	99.7207	0.263
5.552-6.392	0.331	15	0.275	317	0.277	332	0.958	0.957	100	0.274
6.392-7.785	0.525	7	0.275	295	0.279	302	0.962	0.949	100	0.286
7.785-10.829	0.213	10	0.228	226	0.228	239	0.972	0.967	98.7448	0.254
10.829-42.43	0.275	7	0.327	152	0.326	162	0.949	0.923	98.1481	0.447

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9325	0.7251	1.7101	2.4433	0.0953	4.4456	0.4868	-0.3252	-0.4522	0.3116	-0.2943	-0.298	0.3354	-0.1761	-0.1925	0.1812	-0.1136	0.0206	0.0764	0.0062	0.1351	9.9	-14.8575	-3.5128
2	3.5409	-0.1134	-1.2032	3.9096	-0.3016	4.3484	0.0622	0.0611	0.9696	0.1175	-0.1341	-0.3565	-0.2112	0.0899	0.0719	0.1492	0.0353	0.0907	0.0382	0.0664	0.403	18.7133	-0.172	-28.4425

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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