PDB-9eu9: The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 15i

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eu9

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 15i

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: 1,4-Pyrazolyl-Containing SAFit-Analogues are Selective FKBP51 Inhibitors With Improved Ligand Efficiency and Drug-Like Profile.
著者: Buffa, V. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Bauder, M. / Gaali, S. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eu9.cif.gz	261.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eu9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eu9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9eu6C 9eu7C 9eu8C 9euaC 9eubC 9eucC 9eudC 9eueC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.896, 48.896, 194.925
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1H7C / (4-chloranyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl (2S)-1-[(2S)-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidine-2-carboxylate 分子量: 551.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅ClN₂O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→42.381 Å / Num. obs: 26175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 27.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-42.35	12.4	0.031	276	0.998	0.011	0.033
1.8-1.84	20.5	1.006	1495	0.875	0.319	1.056

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→42.381 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 6.414 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2573	1314	5.034 %
R_work	0.2197	24790	-
all	0.221	-	-
obs	-	26104	99.977 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.181 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.469 Å²	-0.234 Å²	0 Å²
2-	-	-0.469 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.381 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1848	0	74	119	2041

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.796	1.854	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.148	1.801	4180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.453	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.137	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.616	10	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.641	10	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.48	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	988
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	994
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.444	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.324	2.426	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.324	2.426	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.32	4.353	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.319	4.353	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.412	2.499	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.411	2.499	941
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.503	4.536	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.502	4.535	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.008	23.759	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.988	23.438	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	3554

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09613	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09613	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.321	117	0.27	1749	0.273	1866	0.924	0.947	100	0.25
1.847-1.897	0.301	76	0.247	1765	0.25	1841	0.931	0.958	100	0.224
1.897-1.952	0.286	117	0.23	1691	0.234	1808	0.948	0.963	100	0.203
1.952-2.012	0.256	79	0.231	1629	0.232	1708	0.955	0.964	100	0.203
2.012-2.078	0.267	89	0.213	1616	0.216	1705	0.952	0.97	100	0.19
2.078-2.151	0.25	78	0.206	1568	0.208	1646	0.962	0.972	100	0.185
2.151-2.232	0.265	86	0.214	1528	0.216	1614	0.959	0.971	100	0.192
2.232-2.322	0.262	72	0.219	1433	0.221	1505	0.952	0.968	100	0.198
2.322-2.425	0.247	65	0.209	1390	0.211	1455	0.965	0.973	100	0.188
2.425-2.543	0.276	84	0.215	1331	0.219	1415	0.957	0.971	100	0.197
2.543-2.68	0.296	82	0.233	1269	0.237	1351	0.947	0.965	100	0.219
2.68-2.842	0.303	54	0.231	1222	0.234	1276	0.937	0.964	100	0.22
2.842-3.037	0.277	62	0.229	1159	0.231	1221	0.952	0.966	100	0.223
3.037-3.279	0.234	45	0.243	1082	0.242	1127	0.965	0.964	100	0.243
3.279-3.59	0.31	54	0.232	987	0.236	1041	0.951	0.97	100	0.236
3.59-4.01	0.192	50	0.213	912	0.212	962	0.978	0.975	100	0.228
4.01-4.624	0.223	31	0.169	820	0.171	851	0.971	0.984	100	0.189
4.624-5.646	0.213	38	0.191	699	0.192	737	0.977	0.978	100	0.219
5.646-7.915	0.204	15	0.252	583	0.251	598	0.966	0.966	100	0.283
7.915-42.381	0.325	20	0.256	357	0.26	382	0.925	0.947	98.6911	0.314

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4327	0.2376	-1.0305	3.0574	0.2082	3.2366	0.3475	-0.2585	0.4536	0.1645	-0.2278	0.2679	-0.1955	0.19	-0.1197	0.1196	-0.0858	-0.0075	0.0674	-0.0105	0.0905	-9.5656	15.7137	-3.0664
2	2.3777	0.6806	0.427	3.6161	0.6344	4.8719	0.0484	-0.0305	-0.3838	0.222	-0.1673	0.2999	0.2992	-0.2011	0.1189	0.0568	-0.0022	-0.0034	0.0245	-0.0352	0.1405	-18.3325	-0.5769	-28.4479

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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