PDB-9eu8: The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 15h

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eu8

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 15h

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: 1,4-Pyrazolyl-Containing SAFit-Analogues are Selective FKBP51 Inhibitors With Improved Ligand Efficiency and Drug-Like Profile.
著者: Buffa, V. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Bauder, M. / Gaali, S. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eu8.cif.gz	255.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eu8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9eu6C 9eu7C 9eu9C 9euaC 9eubC 9eucC 9eudC 9eueC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.293, 48.293, 186.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 20 - 138 / Label seq-ID: 8 - 126

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1H7B / (4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl (2S)-1-[(2S)-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidine-2-carboxylate 分子量: 530.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₈N₂O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→46.51 Å / Num. obs: 11940 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.91-46.51	8	0.111	269	0.994	0.052	0.123
2.3-2.38	10.1	1.284	1130	0.696	0.611	1.424

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→41.858 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 28.821 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.251 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2595	610	5.14 %
R_work	0.2328	11258	-
all	0.234	-	-
obs	-	11868	99.739 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.582 Å²	-1.291 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.582 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.377 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.858 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1818	0	74	20	1912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.902	1.864	2623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.772	1.81	4166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.647	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.82	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.475	10	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.002	10	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.875	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.539	3.764	996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.539	3.764	996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.464	6.755	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.462	6.754	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.045	3.755	941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.044	3.755	942
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.805	6.853	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.803	6.852	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.194	33.914	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.192	33.91	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.112	0.05	3244

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11175	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11175	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.368	34	0.382	791	0.382	826	0.815	0.851	99.8789	0.383
2.36-2.424	0.296	40	0.365	807	0.362	848	0.876	0.879	99.8821	0.367
2.424-2.494	0.431	31	0.304	759	0.308	791	0.852	0.92	99.8736	0.302
2.494-2.571	0.295	50	0.27	747	0.271	799	0.925	0.946	99.7497	0.267
2.571-2.655	0.319	57	0.308	719	0.309	776	0.927	0.932	100	0.307
2.655-2.747	0.437	35	0.298	690	0.304	726	0.883	0.932	99.8623	0.292
2.747-2.851	0.24	26	0.289	718	0.287	747	0.957	0.937	99.5984	0.286
2.851-2.966	0.293	28	0.25	652	0.252	681	0.935	0.954	99.8532	0.245
2.966-3.098	0.299	38	0.246	627	0.249	667	0.94	0.958	99.7001	0.243
3.098-3.248	0.269	37	0.25	614	0.251	651	0.93	0.957	100	0.248
3.248-3.422	0.301	38	0.248	569	0.251	608	0.948	0.959	99.8355	0.249
3.422-3.629	0.282	45	0.242	542	0.246	590	0.951	0.964	99.4915	0.247
3.629-3.877	0.331	28	0.225	507	0.23	537	0.923	0.969	99.6276	0.235
3.877-4.185	0.36	21	0.196	506	0.202	528	0.931	0.976	99.8106	0.214
4.185-4.579	0.232	28	0.144	440	0.148	472	0.972	0.986	99.1525	0.166
4.579-5.112	0.162	26	0.153	420	0.153	448	0.979	0.986	99.5536	0.174
5.112-5.889	0.123	15	0.188	374	0.185	389	0.989	0.978	100	0.219
5.889-7.177	0.184	14	0.247	331	0.244	348	0.979	0.963	99.1379	0.281
7.177-10.003	0.285	13	0.228	265	0.231	279	0.945	0.965	99.6416	0.283
10.003-41.858	0.179	6	0.302	180	0.295	187	0.986	0.928	99.4652	0.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2192	-0.0478	-0.2916	3.34	0.5418	3.1432	0.1024	0.06	0.1316	0.1339	-0.0164	0.0248	-0.2365	0.1538	-0.086	0.183	-0.1003	-0.0304	0.0837	0.0156	0.0166	-8.9244	16.5598	-2.9532
2	3.2911	-0.077	0.5531	4.2016	0.9889	2.7728	-0.0601	-0.145	-0.3268	-0.2434	0.2855	-0.1154	0.167	-0.0508	-0.2254	0.148	-0.1493	0.0264	0.3794	-0.0892	0.0745	-18.5499	0.3325	-27.1315

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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