PDB-9eu7: The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 15b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eu7

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with SAFit-analog 15b

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: 1,4-Pyrazolyl-Containing SAFit-Analogues are Selective FKBP51 Inhibitors With Improved Ligand Efficiency and Drug-Like Profile.
著者: Buffa, V. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Bauder, M. / Gaali, S. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eu7.cif.gz	258.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eu7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eu7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eu6C 9eu8C 9eu9C 9euaC 9eubC 9eucC 9eudC 9eueC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.923, 47.923, 160.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1H7A / (2-methyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl (2S)-1-[(2S)-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidine-2-carboxylate 分子量: 530.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₈N₂O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→41.5 Å / Num. obs: 11397 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.188 / R_pim(I) all: 0.115 / R_rim(I) all: 0.221 / Net I/σ(I): 6.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.11-41.5	5.1	0.082	213	0.991	0.048	0.096
2.21-2.28	5.8	1.105	968	0.549	0.736	1.334

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.21→41.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 17.308 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2738	553	4.872 %
R_work	0.1921	10798	-
all	0.196	-	-
obs	-	11351	99.789 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.423 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.659 Å²	-0.33 Å²	0 Å²
2-	-	-0.659 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.139 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→41.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1871	0	74	69	2014

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.557	1.854	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.33	1.808	4237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.997	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.21	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.99	10	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.061	10	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.387	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	409
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.101	0.2	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.324	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.761	2.397	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.76	2.397	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.763	4.284	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.762	4.284	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.177	2.51	963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.175	2.51	964
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.364	4.549	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.363	4.549	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.796	26.739	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.793	26.543	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.144	0.05	3482

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1435	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1435	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.21-2.267	0.369	36	0.272	799	X-RAY DIFFRACTION	99.5232
2.267-2.329	0.349	51	0.262	716	X-RAY DIFFRACTION	99.8698
2.329-2.397	0.253	30	0.224	775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.397-2.47	0.341	33	0.226	696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.551	0.344	39	0.221	695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.551-2.64	0.272	34	0.202	683	X-RAY DIFFRACTION	99.8607
2.64-2.739	0.29	42	0.202	638	X-RAY DIFFRACTION	99.8532
2.739-2.85	0.302	35	0.209	627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.977	0.392	23	0.204	625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.977-3.121	0.262	29	0.181	565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.121-3.289	0.252	30	0.177	565	X-RAY DIFFRACTION	99.8322
3.289-3.487	0.249	25	0.155	525	X-RAY DIFFRACTION	99.4575
3.487-3.726	0.166	27	0.154	508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.726-4.022	0.209	22	0.159	461	X-RAY DIFFRACTION	99.5876
4.022-4.401	0.279	29	0.143	435	X-RAY DIFFRACTION	99.3576
4.401-4.914	0.242	27	0.155	392	X-RAY DIFFRACTION	100
4.914-5.661	0.274	14	0.206	349	X-RAY DIFFRACTION	98.6413
5.661-6.901	0.321	16	0.227	322	X-RAY DIFFRACTION	99.705
6.901-9.628	0.311	6	0.206	254	X-RAY DIFFRACTION	100
9.628-41.5	0.308	5	0.242	168	X-RAY DIFFRACTION	99.4253

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2867	0.56	0.2164	2.6911	0.5514	1.984	0.0219	0.0327	0.0515	-0.0655	-0.0453	-0.2274	0.0119	0.1028	0.0233	0.0042	0.0103	0.0105	0.0433	0.0174	0.0308	-0.3812	15.6443	22.9278
2	2.3186	-0.6402	0.6795	1.7242	-0.5331	2.1655	0.0609	-0.0083	-0.1764	0.0454	0.0103	-0.0101	0.2426	-0.0023	-0.0712	0.1079	-0.0145	0.0066	0.0719	-0.0165	0.023	-13.7951	26.8243	-2.5227

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)