PDB-9eu3: GH29A alpha-L-fucosidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eu3

タイトル

GH29A alpha-L-fucosidase

要素

Alpha-L-fucosidase

キーワード

HYDROLASE / GH29A / GH29 / fucosidase / fucose

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Yang, Y.Y. / Zeuner, B. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Structural elucidation and characterization of GH29A alpha-l-fucosidases and the effect of pH on their transglycosylation.
著者: Yang, Y. / Holck, J. / Thorhallsson, A.T. / Hunt, C.J. / Yang, H. / Morth, J.P. / Meyer, A.S. / Zeuner, B.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.

#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9eu3.ent.gz	836.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	9eu3_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eu3_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
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CIF形式データ	9eu3_validation.cif.gz	98.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eu1C 9eu2C 9eu4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Alpha-L-fucosidase

B: Alpha-L-fucosidase

C: Alpha-L-fucosidase

D: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

200 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	146.871, 146.871, 196.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-502- ZN

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 25 through 53 or resid 55 through 354 or resid 356 through 446 or resid 501))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 25 through 53 or resid 55 through 354 or resid 356 through 446 or resid 501))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 25 through 53 or resid 55 through 354 or resid 356 through 446 or resid 501))
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 25 through 53 or resid 55 through 354 or resid 356 through 446 or resid 501))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLY	GLY	TYR	TYR	A	A	25 - 53	6 - 34
d_1	2	MET	MET	THR	THR	A	A	55 - 354	36 - 335
d_1	3	GLN	GLN	ASN	ASN	A	A	356 - 446	337 - 427
d_1	4	FUL	FUL	FUL	FUL	A	E	501
d_2	1	GLY	GLY	TYR	TYR	B	B	25 - 53	6 - 34
d_2	2	MET	MET	THR	THR	B	B	55 - 354	36 - 335
d_2	3	GLN	GLN	ASN	ASN	B	B	356 - 446	337 - 427
d_2	4	FUL	FUL	FUL	FUL	B	H	501
d_3	1	GLY	GLY	TYR	TYR	C	C	25 - 53	6 - 34
d_3	2	MET	MET	THR	THR	C	C	55 - 354	36 - 335
d_3	3	GLN	GLN	ASN	ASN	C	C	356 - 446	337 - 427
d_3	4	FUL	FUL	FUL	FUL	C	I	501
d_4	1	GLY	GLY	TYR	TYR	D	D	25 - 53	6 - 34
d_4	2	MET	MET	THR	THR	D	D	55 - 354	36 - 335
d_4	3	GLN	GLN	ASN	ASN	D	D	356 - 446	337 - 427
d_4	4	FUL	FUL	FUL	FUL	D	K	501

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.492535568985, -0.870275533712, -0.00540450796371), (0.870287543609, -0.492502808535, -0.00636985270122), (0.00288179160834, -0.0078408549847, 0.999965107526)	-72.6676425552, 127.006876306, 31.7797551317
2	given	(-0.867515917145, 0.0958234471645, -0.48809220489), (-0.134256509473, 0.899740560651, 0.415261499761), (0.478948142459, 0.425775516549, -0.767674336123)	-165.690095456, -48.8003594366, 48.5531607492
3	given	(0.542855868175, -0.834411516055, -0.0952099168321), (-0.680522505186, -0.370614082679, -0.632087273765), (0.492134764392, 0.407924776883, -0.769025844872)	51.2457044293, 8.80932127087, 85.4599989381

#1: タンパク質

Alpha-L-fucosidase

分子量: 49849.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Tannerella forsythia (バクテリア)
遺伝子: BFO_2737 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UMQ6, alpha-L-fucosidase

#2: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 8% Ethylene glycol 0.1M HEPES pH 7.3 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→58.28 Å / Num. obs: 111956 / % possible obs: 97.66 % / 冗長度: 20.7 % / B_iso Wilson estimate: 60.17 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.2258 / R_pim(I) all: 0.05089 / R_rim(I) all: 0.2316 / Net I/σ(I): 7.92
反射シェル	解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 21.3 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 0.28 / Num. unique obs: 11067 / CC_1/2: 0.369 / CC star: 0.734 / R_pim(I) all: 1 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 78.11

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→58.28 Å / SU ML: 0.4358 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.6883
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	10019	5.13 %
R_work	0.2121	185214	-
obs	0.2137	111956	90.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→58.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13612	0	47	447	14106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0139	14077
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6418	19113
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0729	2015
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0255	2462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.1156	1870

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.521754565538
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.757523484097
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.746130652073

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.31	0.4176	35	0.4327	634	X-RAY DIFFRACTION	9.34
2.31-2.33	0.4886	58	0.4326	1051	X-RAY DIFFRACTION	15.25
2.33-2.36	0.4365	161	0.4116	3484	X-RAY DIFFRACTION	50.75
2.36-2.39	0.4344	182	0.4054	4169	X-RAY DIFFRACTION	60.57
2.39-2.42	0.3881	349	0.3948	5562	X-RAY DIFFRACTION	82.22
2.42-2.46	0.4105	358	0.3963	6449	X-RAY DIFFRACTION	93.5
2.46-2.49	0.4033	390	0.3828	6770	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.49-2.53	0.3877	370	0.3754	6740	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.53-2.57	0.3908	376	0.373	6812	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.57-2.61	0.3767	328	0.3578	6898	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.61-2.65	0.3745	382	0.3533	6819	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.66-2.7	0.3462	422	0.3383	6792	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.7-2.76	0.3783	442	0.3252	6792	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.76-2.81	0.313	383	0.3032	6741	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.81-2.87	0.301	396	0.2894	6852	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.87-2.94	0.2884	380	0.2819	6850	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.94-3.01	0.2933	292	0.2658	6884	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.01-3.09	0.3035	360	0.2602	6867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.19	0.2866	370	0.262	6913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.29	0.2734	372	0.2475	6745	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.29-3.41	0.2869	346	0.2223	6901	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.41-3.54	0.2724	388	0.2166	6824	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.54-3.7	0.2337	340	0.1936	6853	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.7-3.9	0.2241	381	0.1869	6864	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.9-4.14	0.1971	412	0.1645	6765	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.46	0.1766	370	0.144	6912	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.46-4.91	0.1582	346	0.1342	6872	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.91-5.62	0.1814	321	0.152	6854	X-RAY DIFFRACTION	99.99
5.62-7.08	0.2096	362	0.1793	6863	X-RAY DIFFRACTION	99.94
7.08-58.28	0.178	347	0.1645	6682	X-RAY DIFFRACTION	97.42

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.28844229937	0.597500724953	1.26594294398	1.79876724582	0.821020974743	2.13559727751	0.101520092894	-0.206823040511	-0.0978070897301	0.0760746393933	-0.149572109598	-0.172452727716	0.130832438955	0.03072523644	0.0577673153198	0.473838223581	-0.0495167133349	-0.00911031331909	0.535319099799	0.0419424925136	0.395654200979	-60.471299468	62.8960884704	38.3053256359
2	2.96234320571	0.440600105424	-0.262582517284	3.24972027305	0.0325547386291	2.23496953701	0.337584170086	0.0939281468295	0.307364719251	-0.234576529879	-0.0261874387326	-0.4868928523	-0.00603616694151	0.72545111475	-0.184014716729	0.694938969674	-0.0545444805235	0.00607976760752	0.80707153886	0.0525557496265	0.717838196398	-44.5037095849	57.2704941718	34.5864319419
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Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 25 through 164 )	A	A	25 - 164	1 - 140
2	2	chain 'A' and (resid 165 through 195 )	A	A	165 - 195	141 - 171
3	3	chain 'A' and (resid 196 through 266 )	A	A	196 - 266	172 - 242
4	4	chain 'A' and (resid 267 through 287 )	A	A	267 - 287	243 - 263
5	5	chain 'A' and (resid 288 through 411 )	A	A	288 - 411	264 - 387
6	6	chain 'A' and (resid 412 through 446 )	A	A	412 - 446	388 - 422
7	7	chain 'B' and (resid 25 through 69 )	B	C	25 - 69	1 - 45
8	8	chain 'B' and (resid 70 through 164 )	B	C	70 - 164	46 - 140
9	9	chain 'B' and (resid 165 through 195 )	B	C	165 - 195	141 - 171
10	10	chain 'B' and (resid 196 through 237 )	B	C	196 - 237	172 - 213
11	11	chain 'B' and (resid 238 through 266 )	B	C	238 - 266	214 - 242
12	12	chain 'B' and (resid 267 through 287 )	B	C	267 - 287	243 - 263
13	13	chain 'B' and (resid 288 through 382 )	B	C	288 - 382	264 - 358
14	14	chain 'B' and (resid 383 through 411 )	B	C	383 - 411	359 - 387
15	15	chain 'B' and (resid 412 through 446 )	B	C	412 - 446	388 - 422
16	16	chain 'C' and (resid 25 through 237 )	C	E	25 - 237	1 - 213
17	17	chain 'C' and (resid 238 through 287 )	C	E	238 - 287	214 - 263
18	18	chain 'C' and (resid 288 through 354 )	C	E	288 - 354	264 - 330
19	19	chain 'C' and (resid 355 through 412 )	C	E	355 - 412	331 - 388
20	20	chain 'C' and (resid 413 through 446 )	C	E	413 - 446	389 - 422
21	21	chain 'D' and (resid 25 through 195 )	D	G	25 - 195	1 - 171
22	22	chain 'D' and (resid 196 through 287 )	D	G	196 - 287	172 - 263
23	23	chain 'D' and (resid 288 through 382 )	D	G	288 - 382	264 - 358
24	24	chain 'D' and (resid 383 through 446 )	D	G	383 - 446	359 - 422

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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