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- PDB-9etp: CDK2-cyclin A in complex with FragLite 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9etp
タイトルCDK2-cyclin A in complex with FragLite 1
要素
  • Cyclin-A2
  • Cyclin-dependent kinase 2
キーワードCELL CYCLE / cyclin-dependent kinase / FragLite / CDK2 / cyclin A / Fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


cell cycle G1/S phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity ...cell cycle G1/S phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / microtubule organizing center / regulation of DNA replication / telomere maintenance in response to DNA damage / centrosome duplication / G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Cajal body / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / male germ cell nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / peptidyl-serine phosphorylation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / potassium ion transport / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Meiotic recombination / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G2/M transition of mitotic cell cycle / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / cellular senescence / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / transcription regulator complex / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein phosphorylation / endosome / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA-templated transcription / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal ...Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-bromo-1H-pyrazole / Cyclin-dependent kinase 2 / Cyclin-A2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Hope, I. / Martin, M.P. / Waring, M.J. / Noble, M.E.M. / Endicott, J.A. / Tatum, N.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009738/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V029142/1 英国
Cancer Research UKC2115/A21421 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Crystallographic fragment screening of CDK2-cyclin A: FragLites map sites of protein-protein interaction.
著者: Hope, I. / Martin, M.P. / Jiang, Z. / Waring, M.J. / Noble, M.E.M. / Endicott, J.A. / Tatum, N.J.
履歴
登録2024年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2
B: Cyclin-A2
C: Cyclin-dependent kinase 2
D: Cyclin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,25517
ポリマ－130,3444
非ポリマー1,91113
水7,458414
1
A: Cyclin-dependent kinase 2
B: Cyclin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,34810
ポリマ－65,1722
非ポリマー1,1768
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA
2
C: Cyclin-dependent kinase 2
D: Cyclin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9077
ポリマ－65,1722
非ポリマー7355
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.864, 133.717, 147.866
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 34354.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 Cyclin-A2 / Cyclin-A


分子量: 30817.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CCNA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30274
#3: 化合物
ChemComp-BYZ / 4-bromo-1H-pyrazole


分子量: 146.973 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H3BrN2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein at 10 mg/ml. 0.6 to 0.8 M KCl, 0.9 to 1.2 M (NH4)2SO4, and 100 mM HEPES pH 7.0
PH範囲: 7-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.89842 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→147.87 Å / Num. obs: 50159 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.48→2.56 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.225 / Num. unique obs: 2559 / CC1/2: 0.779 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 1.32

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→99.375 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.509 / ESU R Free: 0.264 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2307 2559 5.109 %
Rwork0.2004 47529 -
all0.202 --
obs-50088 95.074 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 51.217 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.338 Å20 Å20 Å2
2---0.125 Å20 Å2
3---1.464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→99.375 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8902 0 84 414 9400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0129285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7511.85212603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05851113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.372546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.052101608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.39910402
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.24582
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.26279
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2260.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2370.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8784.964452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7068.9025565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1135.2614833
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4639.5277038
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.91255.74314402
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.48-2.5440.3621780.33936760.3438540.9250.9391000.339
2.544-2.6140.3391890.29235310.29437200.9350.9481000.285
2.614-2.690.289880.28818540.28836480.9450.94853.23460.276
2.69-2.7730.2971620.25633660.25835280.9390.9571000.243
2.773-2.8630.2761750.25732710.25834460.9550.9571000.24
2.863-2.9640.3191610.25131620.25433230.9360.9581000.236
2.964-3.0760.2851870.23530540.23832410.9510.9651000.221
3.076-3.2010.2581620.22529130.22730750.9580.9671000.211
3.201-3.3430.2541500.21528320.21729820.9570.9711000.201
3.343-3.5060.2341060.20318710.20528640.9680.97569.02930.19
3.506-3.6960.2081380.18525790.18627170.9720.9811000.176
3.696-3.9190.2141490.16924350.17125840.9770.9841000.162
3.919-4.190.1871320.15622830.15824150.9790.9851000.15
4.19-4.5250.1771140.14921620.15122760.9790.9871000.146
4.525-4.9550.1831150.1519840.15220990.9810.9861000.147
4.955-5.5390.199860.17118220.17219080.9780.9831000.166
5.539-6.3920.226850.19816170.19917020.9760.981000.193
6.392-7.8210.211740.20913720.20914460.9740.9771000.207
7.821-11.0260.161620.14911030.1511650.9870.9871000.158
11.026-99.3750.267460.2476420.2486900.9670.95799.71010.273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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