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- PDB-9esh: Structure of a B-state intermediate committed to discard (Bd-I state) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9esh
タイトルStructure of a B-state intermediate committed to discard (Bd-I state)
要素
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 16
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • G-patch domain-containing protein C1486.03
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ppi1
  • Pre-mRNA-processing protein 45
  • Putative pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase C20H4.09
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U2snRNA
  • U5snRNA
  • U6snRNA
  • UNK1
  • UNK2
  • Uncharacterized protein C20H4.06c
  • pre-mRNA
キーワードSPLICING / Helicase / G-patch protein / discard pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleolar peripheral inclusion body / mRNA Splicing - Major Pathway / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / spliceosomal complex disassembly / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / post-mRNA release spliceosomal complex ...nucleolar peripheral inclusion body / mRNA Splicing - Major Pathway / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / spliceosomal complex disassembly / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / spindle pole body / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2 snRNP / U1 snRNP / U4 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / U5 snRNA binding / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / pericentric heterochromatin / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / peptidylprolyl isomerase / spliceosomal complex / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / metallopeptidase activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nuclear envelope / protein folding / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / cysteine-type deubiquitinase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G patch domain-containing protein, N-terminal / Protein of unknown function (DUF1604) / GCF, C-terminal / GC-rich sequence DNA-binding factor-like protein / TFP11/STIP/Ntr1 / cwf21 / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Torus domain ...G patch domain-containing protein, N-terminal / Protein of unknown function (DUF1604) / GCF, C-terminal / GC-rich sequence DNA-binding factor-like protein / TFP11/STIP/Ntr1 / cwf21 / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Torus domain / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / Torus domain / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / G-patch domain / : / : / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / : / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / : / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / DNA2/NAM7-like helicase / : / MIF4G domain / Myb-like DNA-binding domain / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / U-box domain profile. / Zinc finger, CCCH-type superfamily / Modified RING finger domain / U-box domain / zinc finger / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / : / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Helicase-associated domain / Small nuclear ribonucleoprotein G / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pre-mRNA-splicing factor prp5 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pre-mRNA-splicing factor prp5 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor cwf21 / Pre-mRNA-splicing factor spp42 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor syf2 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Pre-mRNA-splicing factor cwf5 / Pre-mRNA-splicing factor cwf14 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Pre-mRNA-splicing factor cwf10 / Pre-mRNA-splicing factor cwf11 / Pre-mRNA-splicing factor cwf17 / Pre-mRNA-splicing factor cdc5 / Pre-mRNA-splicing factor cwf15 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ppi1 / Pre-mRNA-splicing factor cwf2 / Pre-mRNA-splicing factor cwf4 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Putative pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase C20H4.09 / Uncharacterized protein C20H4.06c / Pre-mRNA-splicing factor cwf22 / Pre-mRNA-splicing factor cwf3 / Pre-mRNA-splicing factor cwf7 / Small nuclear ribonucleoprotein E / G-patch domain-containing protein C1486.03 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Soni, K. / Wild, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SI 586/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Project-ID 439669440, TP B03 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structures of aberrant spliceosome intermediates on their way to disassembly.
著者: Komal Soni / Attila Horvath / Olexandr Dybkov / Merlin Schwan / Sasanan Trakansuebkul / Dirk Flemming / Klemens Wild / Henning Urlaub / Tamás Fischer / Irmgard Sinning /
要旨: Intron removal during pre-mRNA splicing is of extraordinary complexity and its disruption causes a vast number of genetic diseases in humans. While key steps of the canonical spliceosome cycle have ...Intron removal during pre-mRNA splicing is of extraordinary complexity and its disruption causes a vast number of genetic diseases in humans. While key steps of the canonical spliceosome cycle have been revealed by combined structure-function analyses, structural information on an aberrant spliceosome committed to premature disassembly is not available. Here, we report two cryo-electron microscopy structures of post-B spliceosome intermediates from Schizosaccharomyces pombe primed for disassembly. We identify the DEAH-box helicase-G-patch protein pair (Gih35-Gpl1, homologous to human DHX35-GPATCH1) and show how it maintains catalytic dormancy. In both structures, Gpl1 recognizes a remodeled active site introduced by an overstabilization of the U5 loop I interaction with the 5' exon leading to a single-nucleotide insertion at the 5' splice site. Remodeling is communicated to the spliceosome surface and the Ntr1 complex that mediates disassembly is recruited. Our data pave the way for a targeted analysis of splicing quality control.
履歴
登録2024年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: pre-mRNA
2: U2snRNA
5: U5snRNA
6: U6snRNA
A: Pre-mRNA-splicing factor spp42
B: Pre-mRNA-splicing factor cwf10
C: Pre-mRNA-splicing factor cwf17
D: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
E: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
F: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
G: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
H: Small nuclear ribonucleoprotein E
I: Small nuclear ribonucleoprotein F
J: Small nuclear ribonucleoprotein G
K: Pre-mRNA-splicing factor prp5
L: Pre-mRNA-processing protein 45
M: Pre-mRNA-splicing factor cwf5
N: Pre-mRNA-splicing factor cwf11
O: Pre-mRNA-splicing factor cwf14
P: Pre-mRNA-splicing factor cwf2
Q: Pre-mRNA-splicing factor cwf15
R: Pre-mRNA-splicing factor cwf4
S: Pre-mRNA-processing factor 19
T: Pre-mRNA-processing factor 19
U: Pre-mRNA-processing factor 19
V: Pre-mRNA-processing factor 19
W: Pre-mRNA-splicing factor cdc5
X: Pre-mRNA-splicing factor cwf3
Y: Pre-mRNA-splicing factor syf2
Z: Pre-mRNA-splicing factor cwf7
a: Pre-mRNA-processing factor 17
b: Pre-mRNA-splicing factor cwf21
c: Pre-mRNA-splicing factor cwf22
d: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ppi1
f: UNK1
m: G-patch domain-containing protein C1486.03
r: UNK2
y: Uncharacterized protein C20H4.06c
z: Putative pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase C20H4.09
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,040,94252
ポリマ－2,039,23039
非ポリマー1,71213
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 1256

#1: RNA鎖 pre-mRNA


分子量: 9135.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#2: RNA鎖 U2snRNA


分子量: 59207.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 5081
#3: RNA鎖 U5snRNA


分子量: 38191.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 5125
#4: RNA鎖 U6snRNA


分子量: 31863.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 891582601

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 16種, 16分子 ABCKMNOPQRWXYZbc

#5: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor spp42 / Complexed with cdc5 protein 6


分子量: 274917.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14187
#6: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf10 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component homolog / Complexed with cdc5 protein 10


分子量: 111445.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94316
#7: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf17 / Complexed with cdc5 protein 17


分子量: 37477.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94620
#15: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor prp5 / Complexed with cdc5 protein 1 / Pre-mRNA-processing protein 5


分子量: 52492.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13615
#17: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf5 / Complexed with cdc5 protein 5


分子量: 39640.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O59800
#18: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf11 / Complexed with cdc5 protein 11


分子量: 148532.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94508
#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf14 / Complexed with cdc5 protein 14


分子量: 17122.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74772
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf2 / Complexed with cdc5 protein 2 / Pre-mRNA-processing protein 3


分子量: 44343.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P87126
#21: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf15 / Complexed with cdc5 protein 15


分子量: 30478.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P78794
#22: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf4 / Complexed with cdc5 protein 4


分子量: 80964.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P87312
#24: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cdc5 / Cell division control protein 5


分子量: 86981.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P39964
#25: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf3 / Complexed with cdc5 protein 3


分子量: 92759.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P7R9
#26: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor syf2


分子量: 28037.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O59733
#27: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf7 / Complexed with cdc5 protein 7 / Splicing factor 27


分子量: 21348.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9USV3
#29: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf21 / Complexed with cdc5 protein 21


分子量: 34617.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14161
#30: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf22 / Complexed with cdc5 protein 22


分子量: 102928.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P6R9

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 DFGHIJ

#8: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11050.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UUC6
#10: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 13115.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42661
#11: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / Complexed with cdc5 protein 9 / snRNP core protein D2


分子量: 13119.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14036
#12: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / Sm-E / SmE


分子量: 9702.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9USZ3
#13: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / Sm-F / SmF


分子量: 8667.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O59734
#14: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / Sm-G / SmG


分子量: 8616.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74966

-
タンパク質 , 7種, 7分子 ELdmryz

#9: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / Sm-B / SmB


分子量: 15493.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10163
#16: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45 / Complexed with cdc5 protein 13 / Transcriptional coregulator snw1


分子量: 62798.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09882
#31: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ppi1 / PPIase ppi1 / Cyclophilin ppi1 / Rotamase ppi1


分子量: 16884.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P87051, peptidylprolyl isomerase
#33: タンパク質 G-patch domain-containing protein C1486.03


分子量: 91791.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UTK6
#34: タンパク質 UNK2


分子量: 29464.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#35: タンパク質 Uncharacterized protein C20H4.06c


分子量: 60850.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9HE07
#36: タンパク質 Putative pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase C20H4.09 / DEAH-box helicase C20H4.09


分子量: 73113.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9HE06, RNA helicase

-
Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 STUVa

#23: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19 / Complexed with cdc5 protein 8 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19


分子量: 54243.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14011, RING-type E3 ubiquitin transferase
#28: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 17


分子量: 63211.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O43071

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 f

#32: タンパク質・ペプチド UNK1


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

-
非ポリマー , 5種, 13分子

#37: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#38: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#39: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#40: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#41: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Bd-I complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#36 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 0.01% IGEPAL CA-630
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMSodium chlorideNaCl1
31.5 mMMagnesium chlorideMgCl21
40.01 %IGEPAL CA-630(C2H4O)nC14H22O1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 1.491 sec. / 電子線照射量: 49.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1PHENIX1.19.2_4158:モデル精密化
2SerialEM画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 929930
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61423 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00493232
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.779127200
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.34435778
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0514242
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00615465

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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