PDB-9ery: Co-crystal strucutre of PD-L1 with low molecular weight inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ery

タイトル

Co-crystal strucutre of PD-L1 with low molecular weight inhibitor

要素

Programmed cell death 1 ligand 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PD-L1 / inhibitor / immunotheraphy

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Plewka, J. / Magiera-Mularz, K. / Zhang, W.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Design, synthesis, and evaluation of antitumor activity of 2-arylmethoxy-4-(2-fluoromethyl-biphenyl-3-ylmethoxy) benzylamine derivatives as PD-1/PD-l1 inhibitors.
著者: Zhang, F. / Zhang, H. / Zhou, S. / Plewka, J. / Wang, M. / Sun, S. / Wu, C. / Yu, Q. / Zhu, M. / Awadasseid, A. / Wu, Y. / Magiera-Mularz, K. / Zhang, W.

履歴

登録	2024年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ery.cif.gz	108.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ery.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ery.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9ery ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9ery	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (4) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (3) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (4)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (2)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Programmed cell death 1 ligand 1

B: Programmed cell death 1 ligand 1

ヘテロ分子

30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.534, 74.534, 95.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-201- HOH
2	1	B-206- HOH
3	1	B-207- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 117 / Label seq-ID: 4 - 117

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 / PD-L1 / PDCD1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1 分子量: 14954.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物	ChemComp-VVH / 5-[[5-[[2-[bis(fluoranyl)methyl]-3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)phenyl]methoxy]-2-[(2-hydroxyethylamino)methyl]phenoxy]methyl]pyridine-3-carbonitrile 分子量: 573.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₂₉F₂N₃O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0 M Ammonium sulfate and 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03321 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→47.7 Å / Num. obs: 8822 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 20.4 % / R_merge(I) obs: 3.835 / Num. unique obs: 1145 / CC_1/2: 0.342 / R_pim(I) all: 1.226 / R_rim(I) all: 4.028

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
PDB-REDO		精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→38.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 19.776 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.951 / ESU R Free: 0.361 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2755	464	5.275 %
R_work	0.2217	8333	-
all	0.225	-	-
obs	-	8797	99.943 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 119.224 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.45 Å²	0.725 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.702 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1831	0	47	11	1889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.811	1.647	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	1.573	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.979	5	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.757	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.219	10	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.952	10	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.209	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.123	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.122	0.2	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.147	0.2	862
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.063	0.2	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.123	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.093	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.067	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.521	11.858	926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.518	11.86	926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	14.552	21.469	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	14.548	21.47	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.747	12.608	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.545	12.6	984
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	17.61	22.935	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	17.267	22.928	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	21.357	111.748	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	21.367	111.783	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.175	0.05	2950

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17521	0.05006
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17521	0.05006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.7-2.77	0.456	23	0.417	628	0.418	651	0.861	0.79	100	0.417
2.77-2.846	0.315	32	0.363	576	0.36	608	0.894	0.89	100	0.353
2.846-2.928	0.287	38	0.324	558	0.321	596	0.935	0.934	100	0.303
2.928-3.017	0.349	36	0.321	546	0.323	582	0.906	0.928	100	0.3
3.017-3.115	0.406	39	0.324	537	0.329	576	0.877	0.922	100	0.295
3.115-3.224	0.371	24	0.306	528	0.31	552	0.908	0.935	100	0.272
3.224-3.345	0.37	26	0.27	507	0.275	533	0.92	0.952	100	0.241
3.345-3.48	0.366	30	0.261	485	0.266	515	0.91	0.958	100	0.233
3.48-3.634	0.235	12	0.233	469	0.233	481	0.961	0.968	100	0.215
3.634-3.809	0.287	20	0.229	460	0.231	480	0.941	0.967	100	0.212
3.809-4.013	0.262	37	0.221	420	0.224	458	0.957	0.969	99.7817	0.214
4.013-4.254	0.295	24	0.215	392	0.219	416	0.935	0.972	100	0.216
4.254-4.543	0.335	23	0.186	385	0.193	408	0.945	0.979	100	0.196
4.543-4.902	0.219	9	0.175	378	0.175	387	0.965	0.982	100	0.191
4.902-5.361	0.169	19	0.187	341	0.185	360	0.987	0.98	100	0.204
5.361-5.979	0.313	11	0.202	300	0.205	311	0.959	0.977	100	0.22
5.979-6.876	0.32	16	0.218	279	0.222	295	0.96	0.974	100	0.233
6.876-8.355	0.42	10	0.214	238	0.218	249	0.94	0.971	99.5984	0.236
8.355-11.545	0.235	20	0.175	186	0.18	206	0.961	0.983	100	0.205
11.545-38.36	0.233	15	0.293	119	0.286	134	0.976	0.948	100	0.358

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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