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万見
- PDB-9er4: Room temperature structure of Glycine max phyA in Pr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9er4
タイトルRoom temperature structure of Glycine max phyA in Pr
要素Phytochrome A-2
キーワードPLANT PROTEIN / Phytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-phycocyanobilin linkage / red, far-red light phototransduction / detection of visible light / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain ...Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Phytochrome A-2
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nagano, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1078 ドイツ
引用ジャーナル: Research Square / 年: 2024
タイトル: Pr and Pfr structures of plant phytochrome A
著者: Hughes, J. / Nagano, S. / Guan, K. / Chen, P.Y. / von Stetten, D. / Song, C. / Barends, T. / Weiss, M. / Feiler, C. / Dorner, K. / de Diego, I. / Schubert, R. / Bielecki, J. / Brings, L. / ...著者: Hughes, J. / Nagano, S. / Guan, K. / Chen, P.Y. / von Stetten, D. / Song, C. / Barends, T. / Weiss, M. / Feiler, C. / Dorner, K. / de Diego, I. / Schubert, R. / Bielecki, J. / Brings, L. / Kim, C. / Han, H. / Kharitonov, K. / Koliyadu, J. / Koua, F. / Round, E. / Sarma, A. / Sato, T. / Kloos, M. / Valerio, J. / Wrona, A. / Schmidt, C. / de Wijn, R. / Letrun, R. / Mancuso, A. / Bean, R. / Heyne, K. / Schulz, J.
履歴
登録2024年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytochrome A-2
B: Phytochrome A-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2304
ポリマ－80,0532
非ポリマー1,1772
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.450, 115.050, 69.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Phytochrome A-2 / GmphyA2


分子量: 40026.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: PHYA2, GLYMA_20G090000 / プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4YB07
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C33H40N4O6 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: PEG20K 9%, PEG500MME 18%, 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: Room temperature, Vacuum chamber / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: SPB/SFX / 波長: 1.33 Å
検出器タイプ: AGIPD / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.33 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20.49 Å / Num. obs: 45132 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 491.6 % / Biso Wilson estimate: 39.49 Å2 / CC1/2: 0.9775 / CC star: 0.9943 / R split: 0.1716 / Net I/σ(I): 5.58
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 371.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 2808 / CC1/2: 0.5286 / CC star: 0.8316 / R split: 0.9743 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: GVDN

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5156精密化
CrystFELv0.10.2データ削減
CrystFELPartialator v0.10.2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20.48 Å / SU ML: 0.3198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0336
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 2306 5.12 %
Rwork0.2038 42715 -
obs0.2058 45021 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4803 0 86 138 5027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46456789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0803770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0149851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.31451844
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.250.34751490.30912659X-RAY DIFFRACTION99.68
2.25-2.30.33341410.29932650X-RAY DIFFRACTION99.93
2.3-2.360.38421270.30922695X-RAY DIFFRACTION99.86
2.36-2.420.33281180.29222652X-RAY DIFFRACTION99.89
2.42-2.490.34191240.29462710X-RAY DIFFRACTION99.68
2.49-2.570.3291220.29972676X-RAY DIFFRACTION99.68
2.57-2.660.33151580.2762629X-RAY DIFFRACTION99.75
2.66-2.770.33261500.26172664X-RAY DIFFRACTION99.72
2.77-2.90.27161280.24662682X-RAY DIFFRACTION99.82
2.9-3.050.24731660.22622644X-RAY DIFFRACTION99.89
3.05-3.240.27451690.21252629X-RAY DIFFRACTION99.75
3.24-3.490.21681200.20332718X-RAY DIFFRACTION99.82
3.49-3.840.24541450.17812678X-RAY DIFFRACTION99.93
3.84-4.390.17061690.15392654X-RAY DIFFRACTION100
4.39-5.510.19141490.14832675X-RAY DIFFRACTION99.82
5.51-20.480.19621710.15542700X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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