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- PDB-9eqk: WWP1 WW2-2,3-linker-WW3-WW4-HECT (WWP1-2L34H) with ordered WW2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eqk
タイトルWWP1 WW2-2,3-linker-WW3-WW4-HECT (WWP1-2L34H) with ordered WW2 domain
要素NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1
キーワードLIGASE / Ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


HECT-type E3 ubiquitin transferase / anchoring junction / ubiquitin ligase complex / Downregulation of ERBB4 signaling / central nervous system development / Stimuli-sensing channels / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...HECT-type E3 ubiquitin transferase / anchoring junction / ubiquitin ligase complex / Downregulation of ERBB4 signaling / central nervous system development / Stimuli-sensing channels / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / monoatomic ion transmembrane transport / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / symbiont entry into host cell / negative regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain ...E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dudey, A.P. / Hemmings, A.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateResearch Grant 19-14R 英国
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2024
タイトル: Expanding the inhibitor space of the WWP1 and WWP2 HECT E3 ligases.
著者: Dudey, A.P. / Rigby, J.M. / Hughes, G.R. / Stephenson, G.R. / Storr, T.E. / Chantry, A. / Hemmings, A.M.
履歴
登録2024年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1
B: NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,1452
ポリマ－130,1452
非ポリマー00
水30617
1
A: NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0721
ポリマ－65,0721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0721
ポリマ－65,0721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)226.984, 59.719, 108.258
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

-
要素

#1: タンパク質 NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1 / Atrophin-1-interacting protein 5 / AIP5 / HECT-type E3 ubiquitin transferase WWP1 / TGIF- ...Atrophin-1-interacting protein 5 / AIP5 / HECT-type E3 ubiquitin transferase WWP1 / TGIF-interacting ubiquitin ligase 1 / Tiul1 / WW domain-containing protein 1


分子量: 65072.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WWP1 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus RP / 参照: UniProt: Q9H0M0, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 % / 解説: Flat-rod Clusters
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Tris.HCl pH 6.5, 17.5 % reagent alcohol (90 % ethanol, 5 % methanol, 5 % isopropanol).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→106.823 Å / Num. obs: 29046 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 66.37 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.159 / Rrim(I) all: 0.42 / Net I/av σ(I): 1.42 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 3.171→8.605 Å / 冗長度: 7 % / Num. unique obs: 1181 / CC1/2: 0.368 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→84.49 Å / SU ML: 0.504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.0384
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2744 1492 5.14 %
Rwork0.2054 27554 -
obs0.2089 29046 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→84.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8661 0 0 17 8678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01028903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.188912075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05351252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00931567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.16011165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.090.40971240.34012383X-RAY DIFFRACTION95.5
3.09-3.20.33251370.30292457X-RAY DIFFRACTION99.88
3.2-3.330.37291360.30082510X-RAY DIFFRACTION99.89
3.33-3.480.36221550.26012479X-RAY DIFFRACTION99.85
3.48-3.670.28751290.22392504X-RAY DIFFRACTION99.96
3.67-3.90.30091350.21542498X-RAY DIFFRACTION99.96
3.9-4.20.30941270.21222509X-RAY DIFFRACTION100
4.2-4.620.2321450.16712508X-RAY DIFFRACTION100
4.62-5.290.24741310.16122529X-RAY DIFFRACTION100
5.29-6.660.23571130.18142589X-RAY DIFFRACTION99.93
6.67-84.490.20491600.16192588X-RAY DIFFRACTION99.24
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.30733437057-0.793055467377-2.448841348510.5805895519151.369916951164.97306687615-0.3572125762220.0687577891784-0.3931773532970.0180131607495-0.103555839399-0.2378814875560.360665936348-0.1666759787570.3452273412810.655018012158-0.009753575385360.1216911043760.404267156797-0.03541173535880.76362148070141.7103172786-19.456086718817.5605176157
22.31216847060.262709088603-1.233806460752.81471677673-3.129338215957.303478685370.0656929266765-0.6571753504040.446992653610.5481222195110.318930428095-0.0658518713865-0.249562319947-0.10149624041-0.4579192159580.688262253030.108795284329-0.001740899200860.717315128373-0.1363142511320.60896501181116.7215687801-1.8803061108944.3449685018
32.23905578979-0.272011550207-0.07328123738352.410261060510.8467394901971.20102880581-0.0423541443447-0.0815378882016-0.09030408874710.04375998624460.0404646352818-0.2227073783250.0358529380762-0.0865857371389-0.01213092500130.4084613891430.02796151272650.03200867582960.3026103158420.00406139806060.4400836086534.958108263-17.536267766518.6416347951
43.850409556530.1781164201771.995288729473.16076560334-0.9403528186495.37392942295-0.186711475980.05350682682260.399057910217-0.776037465284-0.1614277885680.3779543892910.1339353375110.1778649581940.317418925780.7296720533520.03485722000130.05405781558580.3851114966180.05332217103710.69155102794541.025377642711.48918660251.97602763251
52.775512218850.4311724456680.6439511156581.661180536370.4808317231962.078224990390.0895313738558-0.3608471385870.4277479315220.2440059601780.0913444839094-0.127000109953-0.07469122538650.0943799877274-0.1717450936920.4733279011270.02021957654510.06223679531080.341298718588-0.0978735651050.4844946069244.6495477453-0.65545523873329.1660197882
62.13349501032-0.0614436837-0.07367490861433.091517620190.2950823491134.646490397860.2700793563940.1182621380020.06955105338150.00970077523276-0.130513338533-0.3513259013420.0423519754989-0.26014320496-0.100512251370.728073723245-0.02596672160330.09015827775730.7762299341650.0276727736190.67014718512228.656844456-8.5564769075-24.7773043668
73.22529979957-3.121435749990.01715714956283.144599094120.2232613512310.8566492970140.458411685113-0.4973868720011.588816059220.0707136982728-0.363630991796-0.7605271871380.02478414091680.010710371126-0.2369674754870.699080209189-0.08985290139190.1657590255330.777645762675-0.01233199910770.824637861722-1.5205938041716.6389541705-12.3944986711
83.566322605510.804751057005-0.5052131837292.51873757111-0.5001255596172.54412047502-0.03831711952620.302986161358-0.2815862537540.118428936488-0.197475356069-0.1663390436910.09879075962540.7156012461250.1320224502480.8828591579380.1006850433690.15743738210.945149478690.1246735439581.01032940747-9.9036931343827.5385087962-23.2216206782
91.78791413134-0.225431410897-0.03220112327533.84515974241-0.4157825756421.704368483410.116038605610.028792217296-0.040563600165-0.00918563116518-0.03727932932970.8757982751560.177811242769-0.187154270756-0.05437210683770.514997687507-0.179402448778-0.09573273080350.7326460295810.008065790699920.57805772122410.82007409196.81143446048-25.4574291421
102.193678001490.97411095115-0.5026559160291.69695236038-0.8258419085840.395325291823-0.04262013898360.3233830705850.364963254361-0.251971258832-0.0557135655378-0.007088120674640.1312575542310.06777388599930.1131606710550.629251821826-0.0614941226048-0.04503243935570.8998279234720.1620238878380.62752875423929.834762000322.2491272385-36.1419197469
111.822111470910.2009011025320.6889529377721.864851907530.9116046988173.50420848880.09336103801560.1672696270120.00445035263413-0.006295427111960.03718594098160.0500486060675-0.0156112748454-0.308484526268-0.1238961988780.57694279117-0.06731789296590.03088155961870.5441819761050.01592412016320.54871764816119.568633973728.8958942738-9.16132358005
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 103 )AA3 - 1031 - 101
22chain 'A' and (resid 104 through 159 )AA104 - 159102 - 151
33chain 'A' and (resid 160 through 328 )AA160 - 328152 - 315
44chain 'A' and (resid 329 through 394 )AA329 - 394316 - 377
55chain 'A' and (resid 395 through 548 )AA395 - 548378 - 531
66chain 'B' and (resid 9 through 59 )BB9 - 591 - 51
77chain 'B' and (resid 60 through 89 )BB60 - 8952 - 77
88chain 'B' and (resid 90 through 174 )BB90 - 17478 - 155
99chain 'B' and (resid 175 through 328 )BB175 - 328156 - 309
1010chain 'B' and (resid 329 through 421 )BB329 - 421310 - 402
1111chain 'B' and (resid 422 through 544 )BB422 - 544403 - 525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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