PDB-9eqh: WWP2 WW2-2,3-linker-HECT (WWP2-LH)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eqh

タイトル

WWP2 WW2-2,3-linker-HECT (WWP2-LH)

要素

Isoform 2 of NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP2

キーワード

LIGASE / Ubiquitin

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of transporter activity / negative regulation of protein transport / extracellular transport / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / HECT-type E3 ubiquitin transferase / transcription factor binding / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Dudey, A.P. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2024
タイトル: Expanding the inhibitor space of the WWP1 and WWP2 HECT E3 ligases.
著者: Dudey, A.P. / Rigby, J.M. / Hughes, G.R. / Stephenson, G.R. / Storr, T.E. / Chantry, A. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2024年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eqh.cif.gz	188.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eqh.ent.gz	145 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (4) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (4) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (6)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (4)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (4)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (2)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2 of NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP2

ヘテロ分子

53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.009, 90.27, 111.177
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoform 2 of NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP2 / Atrophin-1-interacting protein 2 / AIP2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase WWP2 / WW domain- ...Atrophin-1-interacting protein 2 / AIP2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase WWP2 / WW domain-containing protein 2 分子量: 53441.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WWP2 / プラスミド: pGEX6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus RP / 参照: UniProt: O00308, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.6 % / 解説: Square Plates
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM MMT pH 6.0, 25 % PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.046→70.079 Å / Num. obs: 28618 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.2 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.19 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.046→5.552 Å / Num. unique obs: 1419 / CC_1/2: 0.486 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→70.079 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 8.866 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2749	1357	4.783 %
R_work	0.2134	27012	-
all	0.216	-	-
obs	-	28369	99.272 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.688 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.44 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.221 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.781 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→70.079 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3518	0	13	105	3636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.222	1.844	4899
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.011	1.768	7635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.945	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.95	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.128	10	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.622	10	194
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.137	0.2	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.118	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.057	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.399	4.916	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.396	4.916	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.775	8.863	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.773	8.865	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.785	5.423	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.784	5.424	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.053	9.737	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.052	9.737	2785
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.067	49.708	4170
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.083	49.754	4156

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.331	116	0.34	1936	0.339	2095	0.901	0.888	97.9475	0.329
2.103-2.161	0.314	94	0.335	1866	0.334	1981	0.887	0.891	98.9399	0.322
2.161-2.223	0.346	94	0.304	1872	0.306	1976	0.912	0.919	99.4939	0.285
2.223-2.292	0.333	86	0.28	1819	0.283	1909	0.921	0.931	99.7905	0.258
2.292-2.367	0.298	79	0.271	1770	0.272	1850	0.908	0.94	99.9459	0.245
2.367-2.45	0.333	85	0.271	1736	0.274	1828	0.925	0.941	99.6171	0.247
2.45-2.542	0.31	94	0.236	1633	0.24	1730	0.944	0.958	99.8266	0.209
2.542-2.646	0.289	77	0.221	1577	0.225	1658	0.95	0.964	99.7587	0.198
2.646-2.763	0.255	72	0.207	1560	0.21	1634	0.956	0.97	99.8776	0.182
2.763-2.898	0.32	70	0.221	1464	0.226	1534	0.936	0.965	100	0.198
2.898-3.054	0.338	67	0.22	1413	0.225	1480	0.932	0.966	100	0.201
3.054-3.239	0.232	62	0.215	1340	0.216	1402	0.964	0.969	100	0.199
3.239-3.462	0.303	78	0.212	1236	0.217	1314	0.932	0.968	100	0.203
3.462-3.739	0.265	64	0.193	1169	0.196	1241	0.952	0.975	99.3554	0.19
3.739-4.095	0.247	54	0.184	1072	0.187	1139	0.955	0.977	98.8587	0.186
4.095-4.576	0.231	35	0.16	988	0.162	1040	0.97	0.983	98.3654	0.171
4.576-5.28	0.197	34	0.156	882	0.157	934	0.98	0.985	98.0728	0.169
5.28-6.458	0.255	40	0.181	737	0.185	795	0.962	0.982	97.7359	0.194
6.458-9.094	0.265	35	0.186	584	0.191	637	0.96	0.979	97.1743	0.209
9.094-70.079	0.232	21	0.206	347	0.208	388	0.965	0.976	94.8454	0.252

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)