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- PDB-9eq6: Cachd1 and FZD5 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eq6
タイトルCachd1 and FZD5 complex
要素
  • Frizzled-5
  • VWFA and cache domain-containing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cachd1 Frizzled-5 LRP6
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / Spemann organizer formation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Regulation of FZD by ubiquitination / embryonic camera-type eye morphogenesis / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / chorionic trophoblast cell differentiation / Asymmetric localization of PCP proteins / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / glandular epithelial cell maturation ...regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / Spemann organizer formation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Regulation of FZD by ubiquitination / embryonic camera-type eye morphogenesis / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / chorionic trophoblast cell differentiation / Asymmetric localization of PCP proteins / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / glandular epithelial cell maturation / embryonic camera-type eye development / post-embryonic camera-type eye development / apoptotic process involved in morphogenesis / anterior/posterior axis specification, embryo / Ca2+ pathway / cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial cell maturation / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / eye development / Wnt-protein binding / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / vasculature development / labyrinthine layer blood vessel development / regulation of bicellular tight junction assembly / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of T cell cytokine production / Wnt signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / calcium ion transport / positive regulation of tumor necrosis factor production / amyloid-beta binding / T cell differentiation in thymus / angiogenesis / perikaryon / axon / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / synapse / lipid binding / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-5, CRD domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / : / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily ...Frizzled-5, CRD domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / : / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
VWFA and cache domain-containing protein 1 / Frizzled-5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Zhao, Y. / Ren, J. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
Wellcome Trust223133/Z/21/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cachd1 is a Frizzled- and LRP6-interacting protein required for neurons to acquire left-right asymmetric character
著者: Zhao, Y. / Ren, J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2024年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Frizzled-5
A: VWFA and cache domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,62710
ポリマ－138,9822
非ポリマー1,6458
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area48520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.107, 123.107, 367.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Frizzled-5 / Fz-5 / mFz5


分子量: 15924.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fzd5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9EQD0
#2: タンパク質 VWFA and cache domain-containing protein 1 / Cache domain-containing protein 1


分子量: 123058.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cachd1, Kiaa1573, Vwcd1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PDJ1
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.45 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.0 M Ammonium sulphate; 0.1 M MES pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.0056 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→123.11 Å / Num. obs: 77011 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 46.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.72→2.77 Å / Num. unique obs: 3740 / CC1/2: 0.499

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
xia2.multiplexデータ削減
xia2.multiplexデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.72→91.91 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 3668 4.99 %
Rwork0.2584 --
obs0.2597 73510 95.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→91.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9089 0 103 1 9193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029389
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51512757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.8053480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.760.52951240.49632430X-RAY DIFFRACTION88
2.76-2.790.52671240.49072471X-RAY DIFFRACTION89
2.79-2.830.53221420.47372487X-RAY DIFFRACTION90
2.83-2.880.48291370.45692482X-RAY DIFFRACTION90
2.88-2.920.49251380.44892532X-RAY DIFFRACTION92
2.92-2.970.45441300.41322540X-RAY DIFFRACTION92
2.97-3.020.43861360.39992588X-RAY DIFFRACTION93
3.02-3.070.39951470.37272574X-RAY DIFFRACTION94
3.07-3.130.44531490.36442612X-RAY DIFFRACTION95
3.13-3.20.43531540.3532621X-RAY DIFFRACTION95
3.2-3.270.44271320.34112681X-RAY DIFFRACTION96
3.27-3.340.39141530.31492666X-RAY DIFFRACTION96
3.34-3.430.33611350.2922692X-RAY DIFFRACTION97
3.43-3.520.27191540.25832698X-RAY DIFFRACTION97
3.52-3.620.30481320.25242730X-RAY DIFFRACTION97
3.62-3.740.2931350.25912702X-RAY DIFFRACTION97
3.74-3.870.27991410.24222758X-RAY DIFFRACTION98
3.87-4.030.2871400.24032725X-RAY DIFFRACTION98
4.03-4.210.23521460.22382764X-RAY DIFFRACTION98
4.21-4.430.22561390.20752769X-RAY DIFFRACTION98
4.43-4.710.24841530.20522778X-RAY DIFFRACTION98
4.71-5.080.22061350.20092807X-RAY DIFFRACTION99
5.08-5.590.24911160.23032882X-RAY DIFFRACTION99
5.59-6.40.27071600.25382845X-RAY DIFFRACTION99
6.4-8.060.22361490.22932928X-RAY DIFFRACTION100
8.06-91.910.23221670.22243080X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.1587 Å / Origin y: 55.2699 Å / Origin z: 3.6918 Å
111213212223313233
T1.1779 Å20.6177 Å2-0.1347 Å2-0.8922 Å2-0.1296 Å2--0.6619 Å2
L0.348 °20.3067 °2-0.2682 °2-0.1707 °2-0.1351 °2--0.8838 °2
S-0.1321 Å °-0.1221 Å °0.2175 Å °0.0306 Å °0.0415 Å °0.1456 Å °-0.4388 Å °-0.1452 Å °0.047 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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