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- PDB-9epu: Crystal structure of the human CDKL5 kinase domain with compound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9epu
タイトルCrystal structure of the human CDKL5 kinase domain with compound CAF-382
要素Cyclin-dependent kinase-like 5
キーワードGENE REGULATION / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cilium assembly / regulation of dendrite development / ciliary tip / positive regulation of dendrite morphogenesis / regulation of postsynapse organization / dendritic growth cone / positive regulation of Rac protein signal transduction / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of axon extension ...regulation of cilium assembly / regulation of dendrite development / ciliary tip / positive regulation of dendrite morphogenesis / regulation of postsynapse organization / dendritic growth cone / positive regulation of Rac protein signal transduction / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of axon extension / dendrite cytoplasm / modulation of chemical synaptic transmission / small GTPase binding / neuron migration / kinase activity / protein kinase activity / ciliary basal body / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cyclin-dependent kinase-like 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Richardson, W. / Chen, X. / Newman, J.A. / Bakshi, S. / Lakshminarayana, B. / Brooke, L. / Bullock, A.N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative875510 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the human CDKL5 kinase domain with compound CAF-382
著者: Capener, J.L. / Kim, J.K. / Richardson, W. / Silvaroli, J.A. / Martinez, G.V. / Thorson, V.C. / Li, J. / Hoyt, K.R. / Satoskar, A.A. / Mallipattu, S.K. / Davidson, A.J. / Zepeda-Orozco, D. / ...著者: Capener, J.L. / Kim, J.K. / Richardson, W. / Silvaroli, J.A. / Martinez, G.V. / Thorson, V.C. / Li, J. / Hoyt, K.R. / Satoskar, A.A. / Mallipattu, S.K. / Davidson, A.J. / Zepeda-Orozco, D. / Bajwa, A. / Bullock, A.N. / Axtman, A.D. / Pabla, N.S.
履歴
登録2024年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase-like 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9896
ポリマ－35,2321
非ポリマー7575
水27015
1
A: Cyclin-dependent kinase-like 5
ヘテロ分子

A: Cyclin-dependent kinase-like 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,97712
ポリマ－70,4632
非ポリマー1,51410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area24950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)89.077, 89.077, 132.647
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase-like 5 / Serine/threonine-protein kinase 9


分子量: 35231.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDKL5, STK9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O76039, cyclin-dependent kinase

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非ポリマー , 5種, 20分子

#2: 化合物 ChemComp-A1H6P / ~{N}-[5-[(5-propan-2-yl-1,3-oxazol-2-yl)methylsulfanyl]-1,3-thiazol-2-yl]piperidine-4-carboxamide


分子量: 366.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22N4O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.9 M lithium sulfate, 0.1 M tri-sodium citrate, and 0.7 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50.29 Å / Num. obs: 10172 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.7 % / Biso Wilson estimate: 58.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 492 / CC1/2: 0.839

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→50.29 Å / SU ML: 0.367 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.2872
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 522 5.16 %
Rwork0.226 9595 -
obs0.2282 10117 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2213 0 47 15 2275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01322305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.80123112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0181394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7415320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.860.37721300.30262311X-RAY DIFFRACTION99.11
2.86-3.270.36241370.2932335X-RAY DIFFRACTION99.72
3.27-4.120.25771280.21482380X-RAY DIFFRACTION99.84
4.12-50.290.22171270.19942569X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.710745919450.576015919964-1.581796083055.8762751083-2.226389409176.77015879775-0.2431910904640.2805441063620.03020435372280.615612895140.245127466463-0.3221512439710.7151061076220.4361546934690.1492609759520.5512806421180.1196368675310.005422924606060.4836320928020.03289499732430.3381975149726.535451755419.16414704028.02613155693
22.14601415343-0.247567853844-0.2789533498854.34418728161-2.039370731525.91191604942-0.322953850153-0.3460325171-0.1519351224060.4192840475230.307194145915-0.4291615929630.3251204487190.227590282267-0.0004449151165980.4302541849420.0509002754968-0.06298484825280.5119311979030.001796575726360.45577581785128.901411443220.7581287763-3.70605216337
34.221930347790.7131711343790.1318963502523.46611180731-0.4440238903765.45144948334-0.2092845886110.0181684447352-0.339022453383-0.2237238361650.2373116195890.1570982097720.631057301409-0.684377888573-0.05204072307970.356824366551-0.0389566366797-0.004434838238320.362985254637-0.02325507664490.309385424220.884472862721.9348616587-16.3707591607
44.211791666031.74159627079-0.4065526915854.67510630927-0.007422686079754.97607760279-0.317001740850.440447452502-0.342577729536-0.6734748181980.4701446294340.3728893656820.775590267251-1.04642629283-0.09083917368350.477624944765-0.141567159081-0.0903275425010.6020610519960.04437238825220.34145207576918.317157884125.0486696972-28.1765197245
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 12 through 56 )12 - 561 - 36
22chain 'A' and (resid 57 through 108 )57 - 10837 - 84
33chain 'A' and (resid 109 through 227 )109 - 22785 - 200
44chain 'A' and (resid 228 through 303 )228 - 303201 - 276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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