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万見
- PDB-9epo: High resolution structure of FZD7 in inactive conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9epo
タイトルHigh resolution structure of FZD7 in inactive conformation
要素Frizzled-7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCPR / Frizzled / FZD7
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / somatic stem cell division / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping ...negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / somatic stem cell division / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / stem cell population maintenance / positive regulation of phosphorylation / negative regulation of cell-substrate adhesion / canonical Wnt signaling pathway / cellular response to retinoic acid / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / Asymmetric localization of PCP proteins / PDZ domain binding / positive regulation of JNK cascade / G protein-coupled receptor activity / recycling endosome membrane / neuron differentiation / T cell differentiation in thymus / positive regulation of MAPK cascade / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. ...Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Frizzled-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bous, J. / Kinsolving, J. / Gratz, L. / Scharf, M.M. / Voss, J. / Selcuk, B. / Adebali, O. / Schulte, G.
資金援助 スウェーデン, ドイツ, 7件
組織認可番号国
Other government2021-00430 (Karolinska Instutet) スウェーデン
Swedish Research Council2019-01190 スウェーデン
Other government20 1102 (Swedish Cancer Society) スウェーデン
Other government23 2825 (Swedish Cancer Society) スウェーデン
Other privateUPD2021-0029 (Wenner Gren Foundation) スウェーデン
German Research Foundation (DFG)504098926 ドイツ
German Research Foundation (DFG)520506488 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of frizzled 7 activation and allosteric regulation.
著者: Julien Bous / Julia Kinsolving / Lukas Grätz / Magdalena M Scharf / Jan Hendrik Voss / Berkay Selcuk / Ogün Adebali / Gunnar Schulte /
要旨: Frizzleds (ten paralogs: FZD) belong to the class F of G protein-coupled receptors (GPCRs), which remains poorly understood despite its crucial role in multiple key biological functions including ...Frizzleds (ten paralogs: FZD) belong to the class F of G protein-coupled receptors (GPCRs), which remains poorly understood despite its crucial role in multiple key biological functions including embryonic development, stem cell regulation, and homeostasis in the adult. FZD, one of the most studied members of the family, is more specifically involved in the migration of mesendoderm cells during the development and renewal of intestinal stem cells in adults. Moreover, FZD has been highlighted for its involvement in tumor development predominantly in the gastrointestinal tract. This study reports the structure of inactive FZD, without any stabilizing mutations, determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM) at 1.9 Å resolution. We characterize a fluctuating water pocket in the core of the receptor important for FZD dynamics. Molecular dynamics simulations are used to investigate the temporal distribution of those water molecules and their importance for potential conformational changes in FZD. Moreover, we identify lipids interacting with the receptor core and a conserved cholesterol-binding site, which displays a key role in FZD association with a transducer protein, Disheveled (DVL), and initiation of downstream signaling and signalosome formation.
履歴
登録2024年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-7
D: Frizzled-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,3818
ポリマ－134,9222
非ポリマー2,4606
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Frizzled-7 / Fz-7 / hFz7 / FzE3


分子量: 67460.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75084
#2: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FZD7 anti-parallel Dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 134788 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.01 Mtris hydrochlorideTRIS-HCL1
20.1 MSodium ChlorideNaCl1
30.0002 %cholesteryl hemisuccinate tris saltCHS1
40.002 %Lauryl Maltose Neopentyl GlycolLMNG1
50.0002 %glyco-diosgeninGDN1
試料濃度: 3.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 3.5 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 21081

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.4.0CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9cryoSPARC4.4.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.4.0最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.4.0分類
12cryoSPARC4.4.0３次元再構成
13Rosettaモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7332734
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145595 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7evw

7evw
PDB 未公開エントリ


PDB chain-ID: R / Accession code: 7evw / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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