PDB-9ep8: Crystal structure of ROCK2 in complex with a 8-(azaindolyl)-benzo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ep8

タイトル

Crystal structure of ROCK2 in complex with a 8-(azaindolyl)-benzoazepinone inhibitor

要素

Rho-associated protein kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / ROCK2 / kinase inhibitor / 8-(azaindolyl)-benzoazepinone

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of connective tissue growth factor production / cellular response to acetylcholine / positive regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of centrosome duplication / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process ...positive regulation of connective tissue growth factor production / cellular response to acetylcholine / positive regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of centrosome duplication / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of cell junction assembly / regulation of nervous system process / positive regulation of protein localization to early endosome / host-mediated perturbation of viral process / cellular response to testosterone stimulus / regulation of cellular response to hypoxia / embryonic morphogenesis / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of biomineral tissue development / regulation of cell motility / regulation of establishment of endothelial barrier / response to angiotensin / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of stress fiber assembly / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / aortic valve morphogenesis / cortical actin cytoskeleton organization / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of establishment of cell polarity / tau-protein kinase activity / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of amyloid-beta formation / RHOB GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RHOC GTPase cycle / mRNA destabilization / mitotic cytokinesis / centrosome duplication / RHOH GTPase cycle / smooth muscle contraction / epithelial to mesenchymal transition / RHOA GTPase cycle / Rho protein signal transduction / endopeptidase activator activity / regulation of cell adhesion / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of angiogenesis / blood vessel diameter maintenance / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / response to ischemia / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of circadian rhythm / tau protein binding / small GTPase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of protein phosphorylation / rhythmic process / G alpha (12/13) signalling events / actin cytoskeleton organization / protease binding / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / protein phosphorylation / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Pala, D. / Clark, D. / Pioselli, B. / Accetta, A. / Rancati, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2024
タイトル: Design and synthesis of novel 8-(azaindolyl)-benzoazepinones as potent and selective ROCK inhibitors.
著者: Pala, D. / Clark, D. / Edwards, C. / Pasqua, E. / Tigli, L. / Pioselli, B. / Malysa, P. / Facchinetti, F. / Rancati, F. / Accetta, A.

履歴

登録	2024年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ep8.cif.gz	639 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ep8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ep8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ep8_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ep8_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9ep8_validation.xml.gz	59.7 KB	表示
CIF形式データ	9ep8_validation.cif.gz	77.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/9ep8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/9ep8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (4) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (6) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (4) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (4)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (4)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (6)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (4)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Rho-associated protein kinase 2

B: Rho-associated protein kinase 2

C: Rho-associated protein kinase 2

D: Rho-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rho-associated protein kinase 2

B: Rho-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking
92.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Rho-associated protein kinase 2

D: Rho-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.409, 134.292, 93.548
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Rho-associated protein kinase 2 / Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing ...Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing protein kinase II / ROCK-II / p164 ROCK-2 分子量: 45900.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK2, KIAA0619 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75116, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1H6L / 8-(azaindolyl)-benzoazepinone / 3-phenyl-7-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)-2,5-dihydro-1~{H}-3-benzazepin-4-one 分子量: 353.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₉N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG6000, LiCl, MES/NaOH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99989 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→97.75 Å / Num. obs: 50205 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 14.06
反射シェル	解像度: 2.63→2.88 Å / R_merge(I) obs: 0.439 / Num. unique obs: 12069

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0155	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.63→97.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 33.803 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.107 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2418	851	1.7 %	RANDOM
R_work	0.20245	-	-	-
obs	0.20312	49354	95.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.99 Å²	-0 Å²	-1.65 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.63→97.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12379	0	112	79	12570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	12479
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	11535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.615	1.96	16930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.259	3	26403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.723	5	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.425	24.007	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.079	15	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.63	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	14214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.562	6.59	6074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.56	6.589	6073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.127	11.119	7565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.126	11.121	7566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.868	7.002	6405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.868	7.002	6405
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.612	11.598	9365
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.539	58.392	13504
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.538	58.386	13502
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8836	0.02
1	2	B	8836	0.02
2	1	A	9082	0.02
2	2	C	9082	0.02
3	1	A	9270	0.03
3	2	D	9270	0.03
4	1	B	8860	0.02
4	2	C	8860	0.02
5	1	B	8936	0.02
5	2	D	8936	0.02
6	1	C	9138	0.02
6	2	D	9138	0.02

LS精密化シェル

解像度: 2.63→2.698 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.604	52	-
R_work	0.43	3677	-
obs	-	-	96.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8377	0.6725	2.0573	0.797	1.6637	3.7544	-0.2976	0.2601	0.1479	-0.1743	0.1448	-0.026	-0.2332	0.2034	0.1528	0.2445	0.03	0.0953	0.4479	-0.0809	0.3056	50.481	7.838	19.339
2	2.8986	2.0857	-0.0244	3.1459	0.1448	4.0282	-0.1161	-0.0337	0.3625	-0.0386	0.0354	-0.2225	-0.3251	0.1101	0.0806	0.0818	0.1221	-0.0289	0.3437	0.0062	0.1936	28.622	4.443	16.173
3	4.6751	-0.5129	-0.4517	2.7425	-0.4237	2.6333	0.0434	-0.6118	0.3794	0.6133	-0.1043	-0.1452	-0.1029	0.0374	0.061	0.1658	0.0389	-0.0172	0.4786	-0.0281	0.0381	9.69	-3.241	30.899
4	3.2435	1.6038	0.834	2.1216	1.0686	1.3601	-0.1743	0.3267	0.3354	-0.1	0.1937	-0.2161	-0.1192	-0.0305	-0.0193	0.1373	0.0842	0.005	0.4504	0.0086	0.1599	24.295	0.755	16.914
5	6.0643	-0.7565	1.7015	1.6174	-1.6836	1.9677	-0.1856	-0.3047	-0.2245	-0.0363	0.1872	0.063	0.1072	-0.1401	-0.0016	0.2528	0.0617	0.1356	0.4091	-0.0429	0.3185	51.397	5.695	26.889
6	6.1477	-0.3171	-0.3711	3.5072	-0.6487	3.2485	-0.2591	-0.1104	0.4309	0.1946	0.0162	0.0695	-0.2741	-0.0259	0.2429	0.1074	-0.0105	-0.0089	0.4128	-0.0499	0.0736	73.664	5.677	29.019
7	4.2237	0.5877	-1.3136	4.2107	-0.6486	4.1821	-0.0168	0.5067	0.9362	-0.4391	-0.0677	-0.4229	-0.6886	0.2438	0.0844	0.2565	-0.0779	0.0751	0.6785	0.0735	0.4279	93.808	10.657	13.988
8	4.3707	-1.591	0.339	2.6847	0.0105	0.1543	-0.1653	-0.1617	0.2616	0.0227	0.0679	-0.0859	-0.0605	0.0201	0.0974	0.19	-0.0199	0.07	0.4983	0.0207	0.137	78.957	3.902	26.631
9	3.3288	1.6258	1.3923	1.4069	-0.0566	2.2923	-0.2782	0.4078	-0.0476	-0.0625	0.2363	-0.0456	-0.8156	0.0876	0.0418	0.4922	0.0267	-0.0032	0.5037	-0.0773	0.1196	-18.928	39.914	7.678
10	4.4355	0.9096	0.9249	2.2992	0.37	4.5802	-0.0909	0.3218	-0.6057	-0.1001	0.1684	-0.1647	-0.1777	0.0936	-0.0776	0.0905	0.0281	0.0568	0.4731	-0.0789	0.116	-0.088	39.838	19.748
11	2.9711	-0.2689	0.6724	5.0566	-0.9194	4.0555	0.111	-0.3676	-0.6647	0.6608	0.0422	-0.1398	0.2707	-0.109	-0.1533	0.32	0.036	-0.0166	0.5618	0.0022	0.1809	7.06	33.789	43.648
12	3.4808	1.7611	1.9445	2.4884	1.2531	1.2748	-0.0815	0.371	-0.2637	0.0577	0.2079	-0.1425	-0.1645	0.2626	-0.1264	0.2876	0.0453	0.0485	0.565	-0.0401	0.0594	2.632	41.272	24.622
13	6.8122	-1.6307	1.0631	0.6854	0.5223	2.4753	-0.2191	-0.1553	-0.2155	0.0837	0.1466	0.1111	-0.2318	0.1608	0.0725	0.3274	0.0845	0.0584	0.3278	-0.0754	0.146	-24.252	37.082	13.03
14	4.0735	-1.5829	-0.4491	3.7859	-1.2183	3.1897	-0.0669	0.1797	-0.4015	0.0427	-0.0032	-0.3143	0.152	0.1902	0.07	0.0404	0.0093	-0.012	0.3932	-0.091	0.1292	-43.713	40.337	2.408
15	2.2255	0.2064	1.0255	2.8072	-0.0952	3.6562	0.0541	0.4293	-0.2829	-0.4027	0.0873	-0.5812	0.1067	0.5438	-0.1415	0.1538	0.015	0.0751	0.6807	-0.071	0.1472	-50.432	49.871	-20.185
16	5.3085	-2.1387	1.4626	0.9134	-0.7436	1.4637	-0.1428	0.0705	-0.2255	0.1051	0.0789	0.0408	-0.1131	-0.1131	0.0639	0.1897	0.0082	0.0082	0.4606	-0.1114	0.0991	-47.132	44.097	-0.591

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	92 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	171 - 355
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	356 - 417
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	24 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	92 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	171 - 355
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	356 - 417
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	24 - 91
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	92 - 170
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	171 - 355
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	356 - 417
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	22 - 91
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	92 - 170
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	171 - 355
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	356 - 417

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)