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万見
- PDB-9ep1: Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14/15... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ep1
タイトルStructure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14/15 subunits (state 2)
要素
  • Integrator complex subunit 10
  • Integrator complex subunit 13
  • Integrator complex subunit 14
  • Integrator complex subunit 15
キーワードTRANSCRIPTION / Integrator complex assembly / RNA polymerase II transcription termination / transcription factors
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fertilization / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / INTAC complex / protein localization to nuclear envelope / eye development / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / flagellated sperm motility / integrator complex / RNA polymerase II transcription initiation surveillance ...regulation of fertilization / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / INTAC complex / protein localization to nuclear envelope / eye development / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / flagellated sperm motility / integrator complex / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / centrosome localization / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of mitotic cell cycle / mitotic spindle organization / mRNA splicing, via spliceosome / brain development / chromosome / DNA-binding transcription factor binding / nuclear body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Integrator complex subunit 10 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, C-terminal / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, alpha-helical domain / Integrator subunit 10 / Cell cycle regulator Mat89Bb ...Integrator complex subunit 10 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, C-terminal / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, alpha-helical domain / Integrator subunit 10 / Cell cycle regulator Mat89Bb / Cell cycle and development regulator Mat89Bb / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 13 / Integrator complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Razew, M. / Galej, W.P.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Structural basis of the Integrator complex assembly and association with transcription factors.
著者: Michal Razew / Angelique Fraudeau / Moritz M Pfleiderer / Romain Linares / Wojciech P Galej /
要旨: Integrator is a multi-subunit protein complex responsible for premature transcription termination of coding and non-coding RNAs. This is achieved via two enzymatic activities, RNA endonuclease and ...Integrator is a multi-subunit protein complex responsible for premature transcription termination of coding and non-coding RNAs. This is achieved via two enzymatic activities, RNA endonuclease and protein phosphatase, acting on the promoter-proximally paused RNA polymerase Ⅱ (RNAPⅡ). Yet, it remains unclear how Integrator assembly and recruitment are regulated and what the functions of many of its core subunits are. Here, we report the structures of two human Integrator sub-complexes: INTS10/13/14/15 and INTS5/8/10/15, and an integrative model of the fully assembled Integrator bound to the RNAPⅡ paused elongating complex (PEC). An in silico protein-protein interaction screen of over 1,500 human transcription factors (TFs) identified ZNF655 as a direct interacting partner of INTS13 within the fully assembled Integrator. We propose a model wherein INTS13 acts as a platform for the recruitment of TFs that could modulate the stability of the Integrator's association at specific loci and regulate transcription attenuation of the target genes.
履歴
登録2024年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrator complex subunit 13
B: Integrator complex subunit 14
C: Integrator complex subunit 15
D: Integrator complex subunit 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,6934
ポリマ－247,6934
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Integrator complex subunit 13 / Cell cycle regulator Mat89Bb homolog / Germ cell tumor 1 / Protein asunder homolog / Sarcoma antigen NY-SAR-95


分子量: 63873.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS13, ASUN, C12orf11, GCT1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVM9
#2: タンパク質 Integrator complex subunit 14 / von Willebrand factor A domain-containing protein 9


分子量: 57526.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS14, C15orf44, VWA9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96SY0
#3: タンパク質 Integrator complex subunit 15


分子量: 43952.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS15, C7orf26 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96N11
#4: タンパク質 Integrator complex subunit 10 / Int10


分子量: 82339.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS10, C8orf35 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVR2
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14/15 subunits (state 2)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.27 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54007 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00314612
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59219901
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.92030
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392379
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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