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- PDB-9ep0: Dolichyl phosphate mannose synthase in complex with donor (GDP-Ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ep0
タイトルDolichyl phosphate mannose synthase in complex with donor (GDP-Man) and traces of acceptor (Dol55P) and product (Dol55P-Man)
要素Dolichol monophosphate mannose synthase
キーワードTRANSFERASE / Dolichyl phosphate mannose synthase / enzyme / integral membrane protein / protein glycosylation / glycosylphosphatidylinositol synthesis / GDP-mannose / dolichyl monophosphate / dolichol monophosphate mannose / donor-acceptor and product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-phosphate beta-D-mannosyltransferase / dolichyl-phosphate beta-D-mannosyltransferase activity / dolichol phosphate mannose biosynthetic process / GPI anchor biosynthetic process / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / protein O-linked glycosylation via mannose / polysaccharide biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GtrA-like protein / DPM1-like / GtrA/DPMS, transmembrane domain / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / dolichyl phosphate mannose / Dolichol-phosphate mannosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gandini, R. / Keskitalo, M.M. / Reichenbach, T. / Divne, C.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-03877 スウェーデン
Swedish Research Council2013-5717 スウェーデン
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Pyrococcus furiosus dolichylphosphate mannose synthase in complex with substrates (GDP-Man and DolP) and traces of a flipped glycolipid product (DolP-Man)
著者: Gandini, R. / Keskitalo, M. / Reichenbach, T. / Divne, C.
履歴
登録2024年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dolichol monophosphate mannose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4525
ポリマ－42,6851
非ポリマー1,7674
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The protein is a monomer in solution (SEC) and in the crystal
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.800, 145.250, 99.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Dolichol monophosphate mannose synthase


分子量: 42684.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal hexa-histdine tag and TEV protease cleavage site added by the expression plasmid
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
株: DSM 3638 / 遺伝子: PF0058 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U4M3
#2: 化合物 ChemComp-GDD / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE


分子量: 605.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EFS / ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE


分子量: 126.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MJC / dolichyl phosphate mannose


分子量: 1011.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C61H103O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.1 M trisodium citrate (pH 5.5), 37% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 50 mM Hepes (pH 7.5), 150 mM NaCl, 10% (v/v) glycerol, 0.05% LDAO, 5 mM GDP- ...詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.1 M trisodium citrate (pH 5.5), 37% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 50 mM Hepes (pH 7.5), 150 mM NaCl, 10% (v/v) glycerol, 0.05% LDAO, 5 mM GDP-mannose, 5 mM MgCl2, 0.25 mM C55 dolichyl phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→43.9 Å / Num. obs: 14327 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 89.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 13.7 % / Num. unique obs: 1357 / CC1/2: 0.715 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→43.9 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3006 1442 10.07 %
Rwork0.2369 --
obs0.2429 14315 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2771 0 88 0 2859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1833963
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.17423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-30.51551360.50241257X-RAY DIFFRACTION99
3-3.120.43491510.37591245X-RAY DIFFRACTION99
3.12-3.270.41021400.31071290X-RAY DIFFRACTION99
3.27-3.440.35421370.27541250X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.650.34411470.26391271X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.940.30221440.23861277X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.330.32291430.21881292X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.960.26171400.19271309X-RAY DIFFRACTION100
4.96-6.240.24571500.22211308X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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