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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9eoq | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of a 1033 Scaffold Base DNA Origami Nanostructure V4 and TBA | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA / DNA Origami / Multilayer / Square lattice / 1033 scaffold / TBA | ||||||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ali, K. / Georg, K. / Volodymyr, M. / Johanna, G. / Maximilian, N.H. / Lukas, K. / Simone, C. / Hendrik, D. | ||||||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nano Lett / 年: 2024 タイトル: Designing Rigid DNA Origami Templates for Molecular Visualization Using Cryo-EM. 著者: Ali Khoshouei / Georg Kempf / Volodymyr Mykhailiuk / Johanna Mariko Griessing / Maximilian Nicolas Honemann / Lukas Kater / Simone Cavadini / Hendrik Dietz / 要旨: DNA origami, a method for constructing nanostructures from DNA, offers potential for diverse scientific and technological applications due to its ability to integrate various molecular ...DNA origami, a method for constructing nanostructures from DNA, offers potential for diverse scientific and technological applications due to its ability to integrate various molecular functionalities in a programmable manner. In this study, we examined the impact of internal crossover distribution and the compositional uniformity of staple strands on the structure of multilayer DNA origami using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) single-particle analysis. A refined DNA object was utilized as an alignment framework in a host-guest model, where we successfully resolved an 8 kDa thrombin binding aptamer (TBA) linked to the host object. Our results broaden the spectrum of DNA in structural applications. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9eoq.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9eoq.ent.gz | 35.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9eoq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9eoq_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9eoq_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9eoq_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9eoq_validation.cif.gz | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/9eoq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/9eoq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 19867MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 13034.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4673.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM Structure of a 1033 Scaffold Base DNA Origami Nanostructure V4 and TBA タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 966383 / 対称性のタイプ: POINT |