PDB-9eo8: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of picoplatin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eo8

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of picoplatin with bovine pancreatic ribonuclease (structure D)

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / picoplatin / lysozyme / protein / interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / nucleic acid binding / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2024
タイトル: Picoplatin binding to proteins: X-ray structures and mass spectrometry data on the adducts with lysozyme and ribonuclease A.
著者: Ferraro, G. / Lyckova, T. / Massai, L. / Starha, P. / Messori, L. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eo8.cif.gz	71.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eo8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eo8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eo8_validation.pdf.gz	7.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eo8_full_validation.pdf.gz	7.3 MB	表示
XML形式データ	9eo8_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	9eo8_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/9eo8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/9eo8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9enzC 9eo2C 9eo5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (8) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (8) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ribonuclease pancreatic

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

30.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.3 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.920, 32.880, 74.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.308, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P61824, pancreatic ribonuclease

-
非ポリマー , 5種, 215分子

#2: 化合物	ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア分子量: 17.031 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₃
#3: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-A1H58 / azanyl-chloranyl-(2-methylpyridin-1-ium-1-yl)platinum 分子量: 339.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₉ClN₂Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→28.83 Å / Num. obs: 24352 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.76→1.81 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1413 / CC_1/2: 0.792 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→28.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 3.123 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	1173	4.817 %
R_work	0.1976	23179	-
all	0.199	-	-
obs	-	24352	99.311 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	-0 Å²	0.143 Å²
2-	-	-0.048 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.117 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→28.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1824	0	40	193	2057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.092	0.01	31
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.642	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.405	1.581	3911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.07	5	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.38	24.02	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.286	15	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.004	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	905
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	785
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.593	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.33	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.463	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.428	2.806	990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.428	2.805	989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.639	4.173	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.629	4.177	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.557	3.237	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.556	3.235	988
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.487	4.692	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.481	4.689	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.08	34.551	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.023	34.186	2116

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.806	0.289	96	0.272	1600	X-RAY DIFFRACTION	96.2543
1.806-1.855	0.286	66	0.262	1688	X-RAY DIFFRACTION	99.6025
1.855-1.909	0.266	103	0.243	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.909-1.968	0.233	76	0.218	1595	X-RAY DIFFRACTION	99.7612
1.968-2.032	0.252	82	0.221	1503	X-RAY DIFFRACTION	99.6855
2.032-2.103	0.248	72	0.21	1476	X-RAY DIFFRACTION	99.9354
2.103-2.183	0.254	62	0.193	1450	X-RAY DIFFRACTION	99.8679
2.183-2.272	0.288	75	0.19	1367	X-RAY DIFFRACTION	99.9307
2.272-2.373	0.21	56	0.201	1302	X-RAY DIFFRACTION	97.8386
2.373-2.488	0.241	63	0.196	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.8487
2.488-2.623	0.23	53	0.201	1216	X-RAY DIFFRACTION	99.8426
2.623-2.782	0.263	71	0.198	1119	X-RAY DIFFRACTION	99.665
2.782-2.973	0.254	55	0.192	1085	X-RAY DIFFRACTION	99.9124
2.973-3.211	0.241	61	0.19	988	X-RAY DIFFRACTION	99.4313
3.211-3.517	0.218	40	0.178	935	X-RAY DIFFRACTION	99.4898
3.517-3.931	0.217	51	0.173	821	X-RAY DIFFRACTION	98.7542
3.931-4.537	0.18	34	0.149	739	X-RAY DIFFRACTION	99.7419
4.537-5.551	0.168	25	0.158	648	X-RAY DIFFRACTION	99.5562
5.551-7.829	0.236	28	0.227	501	X-RAY DIFFRACTION	98.8785
7.829-28.83	0.364	4	0.297	301	X-RAY DIFFRACTION	96.519

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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