PDB-9eo2: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of picoplatin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eo2

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of picoplatin with lysozyme (structure B)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / picoplatin / lysozyme / protein / interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2024
タイトル: Picoplatin binding to proteins: X-ray structures and mass spectrometry data on the adducts with lysozyme and ribonuclease A.
著者: Ferraro, G. / Lyckova, T. / Massai, L. / Starha, P. / Messori, L. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eo2.cif.gz	47 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eo2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eo2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eo2_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eo2_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9eo2_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	9eo2_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/9eo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/9eo2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9enzC 9eo5C 9eo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (4)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.570, 77.570, 37.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-204- ACT
2	1	AAA-390- HOH
3	1	AAA-401- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 111分子

#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% ethylene glycol, 0.6 M sodium nitrate and 0.1 sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→38.78 Å / Num. obs: 25229 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.36→1.38 Å / 冗長度: 24.5 % / R_merge(I) obs: 2.079 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1253 / CC_1/2: 0.782 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.36→38.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.129 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2082	1189	4.823 %
R_work	0.1728	23465	-
all	0.174	-	-
obs	-	24654	97.562 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.421 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.039 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.039 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.078 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→38.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	36	101	1138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.004	0.01	7
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.877	1.646	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.611	1.59	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.523	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.277	19.861	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.312	15	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.518	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	958
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.05	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.267	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.348	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.759	1.862	564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.655	1.844	559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.414	2.774	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.417	2.779	715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.112	2.247	582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.109	2.248	583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.691	3.246	844
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.688	3.248	845
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.56	23.737	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.331	23.32	1369

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.36-1.395	0.269	80	0.263	1355	X-RAY DIFFRACTION	77.6936
1.395-1.433	0.299	77	0.26	1505	X-RAY DIFFRACTION	89.2273
1.433-1.475	0.266	87	0.243	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.475-1.52	0.235	87	0.23	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.57	0.253	68	0.222	1592	X-RAY DIFFRACTION	99.9398
1.57-1.625	0.237	82	0.191	1481	X-RAY DIFFRACTION	99.8722
1.625-1.686	0.191	79	0.178	1464	X-RAY DIFFRACTION	99.9352
1.686-1.755	0.29	70	0.181	1411	X-RAY DIFFRACTION	99.9325
1.755-1.833	0.189	85	0.183	1337	X-RAY DIFFRACTION	99.9297
1.833-1.922	0.209	67	0.179	1290	X-RAY DIFFRACTION	99.8528
1.922-2.026	0.222	55	0.172	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.026-2.148	0.19	48	0.16	1205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.148-2.296	0.175	42	0.156	1117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.479	0.189	50	0.155	1043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.479-2.715	0.188	62	0.15	954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.715-3.034	0.205	45	0.154	869	X-RAY DIFFRACTION	100
3.034-3.499	0.174	34	0.151	798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.499-4.277	0.161	33	0.154	677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.277-6.012	0.259	28	0.178	537	X-RAY DIFFRACTION	100
6.012-38.78	0.335	10	0.224	341	X-RAY DIFFRACTION	98.8732

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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