PDB-9enz: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of picoplatin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9enz

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of picoplatin with lysozyme (structure A)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Picoplatin / proteins / interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2024
タイトル: Picoplatin binding to proteins: X-ray structures and mass spectrometry data on the adducts with lysozyme and ribonuclease A.
著者: Ferraro, G. / Lyckova, T. / Massai, L. / Starha, P. / Messori, L. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9enz.cif.gz	46.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9enz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9enz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/9enz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/9enz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eo2C 9eo5C 9eo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (3)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (3)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.400, 78.400, 37.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-331- HOH
2	1	AAA-342- HOH
3	1	AAA-368- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 115分子

#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア分子量: 17.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₃
#5: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% ethylene glycol, 0.6 M sodium nitrate and 0.1 sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→39.203 Å / Num. obs: 15767 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 21.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 23.5 % / R_merge(I) obs: 1.2532 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 762 / CC_1/2: 0.887 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→39.203 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.242 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	790	5.056 %
R_work	0.1832	14835	-
all	0.186	-	-
obs	-	15625	98.824 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.483 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.162 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.162 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.323 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.203 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	21	106	1128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	940
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.004	0.01	8
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.699	1.636	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.501	1.588	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.982	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.204	20.758	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.986	15	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.442	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.307	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.376	2.503	532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.313	2.49	529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.159	3.755	671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.137	3.752	667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.416	2.94	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.415	2.941	541
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.408	4.262	805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.395	4.255	799
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.047	30.851	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.005	30.466	1280

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.641	0.342	46	0.28	998	0.282	1138	0.828	0.861	91.7399	0.239
1.641-1.686	0.262	59	0.262	1031	0.262	1109	0.872	0.879	98.2867	0.22
1.686-1.735	0.332	59	0.26	1014	0.264	1080	0.877	0.895	99.3519	0.218
1.735-1.788	0.275	57	0.257	993	0.258	1054	0.881	0.892	99.6205	0.204
1.788-1.847	0.331	51	0.234	958	0.239	1024	0.868	0.908	98.5352	0.195
1.847-1.912	0.265	45	0.235	925	0.237	988	0.897	0.911	98.1781	0.184
1.912-1.984	0.247	50	0.197	902	0.2	960	0.927	0.938	99.1667	0.168
1.984-2.064	0.234	47	0.199	890	0.201	939	0.933	0.945	99.787	0.177
2.064-2.156	0.298	37	0.196	838	0.2	878	0.89	0.943	99.6583	0.179
2.156-2.261	0.224	41	0.184	801	0.186	845	0.932	0.946	99.645	0.172
2.261-2.383	0.24	39	0.175	783	0.178	823	0.932	0.956	99.8785	0.175
2.383-2.527	0.191	36	0.174	736	0.175	775	0.959	0.953	99.6129	0.173
2.527-2.7	0.194	38	0.164	695	0.166	734	0.952	0.958	99.8638	0.173
2.7-2.916	0.277	37	0.179	650	0.184	687	0.905	0.947	100	0.195
2.916-3.192	0.316	31	0.167	597	0.174	628	0.899	0.953	100	0.19
3.192-3.566	0.202	34	0.161	545	0.164	580	0.957	0.965	99.8276	0.197
3.566-4.112	0.178	24	0.151	502	0.152	526	0.967	0.968	100	0.183
4.112-5.022	0.187	26	0.14	415	0.143	441	0.967	0.976	100	0.18
5.022-7.045	0.208	23	0.197	340	0.198	363	0.961	0.965	100	0.245
7.045-39.203	0.208	9	0.238	216	0.237	231	0.959	0.951	97.4026	0.295

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